SAXSdb — 6j5g

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein E

Tick-borne encephalitis virus European subtype (strain Neudoerfl)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	antibody heavy chain × 2 antibody light chain × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_TBEVW
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–401； UniProt 281–681

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6j5g
沉积日期 deposition_date	2019-01-10
结构标题 title	Complex structure of MAb 4.2-scFv with tick-borne encephalitis virus envelope protein
关键词 keywords	protective and neutralizing antibody, flavivirus envelope protein, ANTIVIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6j5g__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6j5g__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6j5g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	58.93 Å
Rg（电子密度）	60.74 Å
总 Rg	60.22 Å
原子数	9158
残基数	1202
排除体积	161660 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6j5g__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope protein E
分子量 formula_weight	44618.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4579

SRCTHLENRDFVTGTQGTTRVTLVLELGGCVTITAEGKPSMDVWLDAIYQENPAKTREYCLHAKLSDTKVAARCPTMGPATLAEEHQGGTVCKRDQSDRGWGNHCGLFGKGSIVACVKAACEAKKKATGHVYDANKIVYTVKVEPHTGDYVAANETHSGRKTASFTISSEKTILTMGEYGDVSLLCRVASGVDLAQTVILELDKTVEHLPTAWQVHRDWFNDLALPWKHEGAQNWNNAERLVEFGAPHAVKMDVYNLGDQTGVLLKALAGVPVAHIEGTKYHLKSGHVTCEVGLEKLKMKGLTYTMCDKTKFTWKRAPTDSGHDTVVMEVTFSGTKPCRIPVRAVAHGSPDVNVAMLITPNPTIENNGGGFIEMQLPPGDNIIYVGELSHQWFQKGSSIGRHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Tick-borne encephalitis virus European subtype (strain Neudoerfl)
通用名 common_name	NEUV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11088
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	antibody heavy chain
分子量 formula_weight	13169.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQQSGPELVKPGASVKMSCKASGYTFTDYVIGWVKQRTGQGLEWIGEIYPGSGTTYYNEKFKDKATLTADKSSNTAYMQLSSLTSEDSAVYFCARGEDGYYIALDYWGQGTTVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	antibody light chain
分子量 formula_weight	11977.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIELTQSPASLSASVGETVTITCRASGNIHNYLAWYQQKQGKSPQLLVYKAQTLADGVPSRFSGSGSGTQYSLKINSLQPEDFGSYYCQHFWSTPPWTFGGGTKLEIKR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6j5gA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1

结构域编号 domain_id	6j5gA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	67 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 2

结构域编号 domain_id	6j5gA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	387 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 3

结构域编号 domain_id	6j5gA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

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晶胞边长 a length_a	135.731 Å
晶胞边长 b length_b	100.693 Å
晶胞边长 c length_c	140.236 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.25 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.291 Å
最低分辨率 resolution_low	46.000 Å
R 因子 r_factor	0.2084
R_work r_work	0.2077
R_free r_free	0.2218

Complex structure of MAb 4.2-scFv with tick-borne encephalitis virus envelope protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6j5g__assembly_1__model_1

6j5g__assembly_1__model_1 | I(q)

6j5g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex structure of MAb 4.2-scFv with tick-borne encephalitis virus envelope protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6j5g__assembly_1__model_1

6j5g__assembly_1__model_1 | I(q)

6j5g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)