6jbt

Complex structure of toripalimab-Fab and PD-1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 114.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Programmed cell death protein 1

Homo sapiens

UniProt Q15116

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 2 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 21–170 未记录 Heavy chain × 1 Light chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;277 K;0.09 M Halogens consisting of NaF, NaBr and NaI additives, 0.1 M Tris-Base (pH8.5), 37.5% (v/v) MPD-P1K-P3350 consisting of MPD (racemic), PEG 1K and PEG 3350 分辨率 2.47 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、56 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PDCD1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 2–151; UniProt 21–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6jbt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6jbt
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6jbt
沉积日期 deposition_date2019-01-26
结构标题 titleComplex structure of toripalimab-Fab and PD-1
关键词 keywordstoripalimab-Fab, PD-1, glycosylation, complex structure, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.90
零角强度 I(0) i061453300.00
分子量 molecular_weight60976.0 kDa
排除体积 excluded_volume75987 ų
包络体积 envelope_volume99884 ų
水化壳体积 shell_volume29617 ų
包络直径 envelope_diameter122.1
壳层 Rg shell_rg34.75
包络 Rg envelope_rg31.03
形状 Rg shape_rg30.84
总 Rg total_rg31.44
总原子数 total_atoms4291
残基数 n_residues546
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax114.5
Rg (实空间) rg_real31.51
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.24
I(0) (实空间) i0_real6.1450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1080e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.35
I(0) (倒空间) i0_reciprocal61440000.0000
解质量估计 total_estimate0.7949
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.4
偏度 Skewness skewness0.644
峰度 Kurtosis kurtosis-0.022
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8327000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.626; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.516; Smooth: 0.934

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd6jbtf_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd6jbth_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6jbtl1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6jbtl2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6jbtF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6jbtH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6jbtL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6jbtL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)