SAXSdb — 9hk1

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hk1
沉积日期 deposition_date	2024-12-02
最后修订 last_revision	2025-01-15
结构标题 title	PD1 signaling receptor bound to FAB Complex
关键词 keywords	Immune signaling receptor FAB complex, SIGNALING PROTEIN, SIGNALING PROTEIN-Immune System complex, IMMUNOSUPPRESSANT; IMMUNOSUPPRESSANT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.44 Å
零角强度 I(0) i0	211229000.00
分子量 molecular_weight	116220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	144850 Å³
包络体积 envelope_volume	195070 Å³
水化壳体积 shell_volume	44110 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.1 Å
壳层 Rg shell_rg	41.33 Å
包络 Rg envelope_rg	39.54 Å
形状 Rg shape_rg	39.39 Å
总 Rg total_rg	39.71 Å
总原子数 total_atoms	8191
残基数 n_residues	1058
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.9 Å
Rg (实空间) rg_real	39.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	211200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8043
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.675
峰度 Kurtosis kurtosis	0.118
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.684; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.814; Smooth: 0.584

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Programmed cell death protein 1
分子量 formula_weight	14365.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8487

GPSGALDSPDRPWNPPTFSPALLVVTEGDNATFTCSFSNTSESFVLNWYRMSPSNQTDKLAAFPEDRSQPGQDSRFRVTQLPNGRDFHMSVVRARRNDSGTYLCGAISLAPKAQIKESLRAELRVTERR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Expression vector pcDNA-inf

Entity 2 polymer

描述 description	Antibody FAB light chain
分子量 formula_weight	23442.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M

ENQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASSSVISSYLHWYQQKPGKAPKLLIYSTSNLASGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSLQPEDFATYYCQQYNSYPLTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Expression vector pcDNA-inf

Entity 3 polymer

描述 description	Antibody FAB heavy chain
分子量 formula_weight	24493.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I

QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKAFGYTFTTYPIEWMRQAPGKGLEWIGNFHPYNDDTKYNEKFQGRVTLTVDKSSTTVYMELSSLRSEDTAVYYCARENYGSHGGFVYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Expression vector pcDNA-inf

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	293

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.161 Å
晶胞边长 b length_b	53.794 Å
晶胞边长 c length_c	103.003 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	104.80 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	92.57 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.030 Å
最低分辨率 resolution_low	51.848 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2755

fit	/app/data/saxs_computation/hk/9hk1/9hk1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hk/9hk1/9hk1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hk/9hk1/9hk1.dat

PD1 signaling receptor bound to FAB Complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)