SAXSdb — 6jwi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiqutin

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 8 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–76 链 I； UniProt 1–76	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Nuclear protein localization protein 4 × 1 （P33755） alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose × 8 ZN ZINC ION × 2 BCN BICINE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100mM Bicine-NaOH (pH 6.5), 18% PEG 3350, 200mM lithium sulfate	分辨率 2.55 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A5JUZ1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 I； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

Nuclear protein localization protein 4

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt P33755

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 8 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 113–580	未记录	Ubiqutin × 2 （A5JUZ1） alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose × 8 ZN ZINC ION × 2 BCN BICINE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100mM Bicine-NaOH (pH 6.5), 18% PEG 3350, 200mM lithium sulfate	分辨率 2.55 Å R-free 0.226
2	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 6 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 113–580	未记录	alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 2 BCN BICINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100mM Bicine-NaOH (pH 6.5), 18% PEG 3350, 200mM lithium sulfate	分辨率 2.55 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6JWI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6JWH Yeast Npl4 zinc finger, MPN and CTD domains 提交 2019-04-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 113–580（468 aa）	突变：E123A,K124A,E125A	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；4% Tacsimat (pH 6.0), 12% PEG 3350	分辨率 1.72 Å R-free 0.193
6JWJ Npl4 in complex with Ufd1 提交 2019-04-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 113–580（468 aa）	突变：E123A,K124A,E125A	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；90mM BisTris-HCl (pH 7.5), 19% PEG 3350, 10mM ATP	分辨率 1.58 Å R-free 0.206
6OA9 Cdc48-Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ATP 提交 2019-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 G 1–580（580 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Waited 20 seconds before blotting for 2.5-3 seconds.	分辨率 3.90 Å
6OAA Cdc48-Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ADP-BeFx, state 1 提交 2019-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 1–580（580 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Waited 20 seconds before blotting for 2.5-3 seconds.	分辨率 4.10 Å
8DAR Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex unbound but in the presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP 提交 2022-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 1–580（580 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.00 Å
8DAS Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two ubiquitin moieties in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (intA) 提交 2022-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 G 1–580（580 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.50 Å
8DAT Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (intB) 提交 2022-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 G 1–580（580 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.80 Å
8DAU Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two folded ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (uA) 提交 2022-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 G 1–580（580 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.70 Å
8DAV Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uC) 提交 2022-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 G 1–580（580 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.50 Å
8DAW Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uD) 提交 2022-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 1–580（580 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.60 Å
9OFV Consensus reconstruction of the eukaryotic Ribosome-associated Quality Control complex 提交 2025-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：64-meric	链 G 1–580（580 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 12 SPD SPERMIDINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NPL4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–473； UniProt 113–580 作者链 E； PDB构建体 6–473； UniProt 113–580

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6jwi
沉积日期 deposition_date	2019-04-20
结构标题 title	Yeast Npl4 in complex with Lys48-linked diubiquitin
关键词 keywords	UBIQUITIN, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.71 Å
零角强度 I(0) i0	255771000.00
分子量 molecular_weight	127710.0 kDa
排除体积 excluded_volume	159080 Å³
包络体积 envelope_volume	216250 Å³
水化壳体积 shell_volume	49424 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.2 Å
壳层 Rg shell_rg	42.19 Å
包络 Rg envelope_rg	37.20 Å
形状 Rg shape_rg	36.62 Å
总 Rg total_rg	37.35 Å
总原子数 total_atoms	8946
残基数 n_residues	1059
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.7 Å
Rg (实空间) rg_real	37.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	255800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8891
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.307
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.371
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.956

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiqutin
分子量 formula_weight	8623.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,G
原子数 atom_count	9116

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nuclear protein localization protein 4
分子量 formula_weight	53939.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E

GPLGSIKELAVDEELEKEDGLIPRQKSKLCKHGDRGMCEYCSPLPPWDKEYHEKNKIKHISFHSYLKKLNENANKKENGSSYISPLSEPDFRINKRCHNGHEPWPRGICSKCQPSAITLQQQEFRMVDHVEFQKSEIINEFIQAWRYTGMQRFGYMYGSYSKYDNTPLGIKAVVEAIYEPPQHDEQDGLTMDVEQVKNEMLQIDRQAQEMGLSRIGLIFTDLSDAGAGDGSVFCKRHKDSFFLSSLEVIMAARHQTRHPNVSKYSEQGFFSSKFVTCVISGNLEGEIDISSYQVSTEAEALVTADMISGSTFPSMAYINDTTDERYVPEIFYMKSNEYGITVKENAKPAFPVDYLLVTLTHGFPNTDTETNSKFVSSTGFPWSNRQAMGQSQDYQELKKYLFNVASSGDFNLLHEKISNFHLLLYINSLQILSPDEWKLLIESAVKNEWEESLLKLVSSAGWQTLVMILQESG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	BICINE
分子量 formula_weight	163.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	170

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6jwig_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6jwii_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	86.351 Å
晶胞边长 b length_b	103.103 Å
晶胞边长 c length_c	99.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	48.990 Å
R 因子 r_factor	0.1924
R_work r_work	0.1905
R_free r_free	0.2257

fit	/app/data/saxs_computation/jw/6jwi/6jwi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jw/6jwi/6jwi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jw/6jwi/6jwi.dat

Yeast Npl4 in complex with Lys48-linked diubiquitin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiqutin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nuclear protein localization protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)