SAXSdb — 6ke5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ion transport protein

Arcobacter butzleri RM4018

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	[1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE × 3 CALCIUM ION × 3 SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 5 amlodipine × 1 [(2~{S},3~{R})-5-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-(4-methoxyphenyl)-4-oxidanylidene-2,3-dihydro-1,5-benzothiazepin-3-yl] ethanoate × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8EVM5_ARCB4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 18–284； UniProt 1–267 作者链 B； PDB构建体 18–284； UniProt 1–267 作者链 C； PDB构建体 18–284； UniProt 1–267 作者链 D； PDB构建体 18–284； UniProt 1–267

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ke5
沉积日期 deposition_date	2019-07-03
结构标题 title	Structure of CavAb in complex with Diltiazem and Amlodipine
关键词 keywords	Voltage gated Ion Channel, Voltage-gated Calcium Channel, Block, Tetrameric, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6ke5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6ke5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6ke5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.85 Å
Rg（电子密度）	33.11 Å
总 Rg	33.70 Å
原子数	7575
残基数	902
排除体积	140500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6ke5__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ion transport protein
分子量 formula_weight	32957.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7576

DYKDDDDKGSLVPRGSHMYLRITNIVESSFFTKFIIYLIVLNGITMGLETSKTFMQSFGVYTTLFNQIVITIFTIEIILRIYVHRISFFKDPWSLFDFFVVAISLVPTSSGFEILRVLRVLRLFRLVTAVPQMRKIVSALISVIPGMLSVIALMTLFFYIFAIMATQLFGERFPEWFGTLGESFYTLFQVMTLDDWSNGIVRPLMEVYPYAYVFFIPFIFVVTFVMINLVVAIIVDAMAILNQKEEQHIIDEVQSHEDNINNEIIKLREEIVELKELIKTSLKN

来源 Source

来源生物 organism	Arcobacter butzleri RM4018
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	367737
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	[1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE
分子量 formula_weight	468.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	172.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	amlodipine
分子量 formula_weight	408.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	[(2~{S},3~{R})-5-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-(4-methoxyphenyl)-4-oxidanylidene-2,3-dihydro-1,5-benzothiazepin-3-yl] ethanoate
分子量 formula_weight	414.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6ke5a_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamily	f.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family family	f.14.1.2 — Voltage-gated Na/Ca cation channels

结构域编号 domain_id	d6ke5b_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamily	f.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family family	f.14.1.2 — Voltage-gated Na/Ca cation channels

结构域编号 domain_id	d6ke5c_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamily	f.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family family	f.14.1.2 — Voltage-gated Na/Ca cation channels

结构域编号 domain_id	d6ke5d_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamily	f.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family family	f.14.1.2 — Voltage-gated Na/Ca cation channels

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晶胞边长 a length_a	124.730 Å
晶胞边长 b length_b	124.990 Å
晶胞边长 c length_c	191.940 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.803 Å
最低分辨率 resolution_low	44.706 Å
R 因子 r_factor	0.2522
R_work r_work	0.2486
R_free r_free	0.2921

Structure of CavAb in complex with Diltiazem and Amlodipine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ion transport protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ke5__assembly_1__model_1

6ke5__assembly_1__model_1 | I(q)

6ke5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of CavAb in complex with Diltiazem and Amlodipine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ion transport protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ke5__assembly_1__model_1

6ke5__assembly_1__model_1 | I(q)

6ke5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

7. 引用文献 (1)