SAXSdb — 6kn1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-4

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CASP4_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–164； UniProt 102–265 作者链 B； PDB构建体 1–87； UniProt 287–373 作者链 C； PDB构建体 1–155； UniProt 110–264 作者链 D； PDB构建体 1–88； UniProt 286–373

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6kn1
沉积日期 deposition_date	2019-08-02
结构标题 title	P20/P12 of caspase-11 mutant C254A
关键词 keywords	pyroptosis, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6kn1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6kn1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6kn1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.64 Å
Rg（电子密度）	18.42 Å
总 Rg	19.49 Å
原子数	2015
残基数	251
排除体积	35935 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6kn1__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6kn1__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Caspase-4
分子量 formula_weight	18553.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.64
突变 mutation	C254A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4288

LKLCSPEEFTRLCREKTQEIYPIKEANGRTRKALIICNTEFKHLSLRYGANFDIIGMKGLLEDLGYDVVVKEELTAEGMESEMKDFAALSEHQTSDSTFLVLMSHGTLHGICGTMHSEKTPDVLQYDTIYQIFNNCHCPGLRDKPKVIIVQAARGGNSGEMWIR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Caspase-4
分子量 formula_weight	10212.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.64
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

VKLSHVEKDFIAFYSTTPHHLSYRDKTGGSYFITRLISCFRKHACSCHLFDIFLKVQQSFEKASIHSQMPTIDRATLTRYFYLFPGN

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Caspase-4
分子量 formula_weight	17495.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.64
突变 mutation	C254A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

FTRLCREKTQEIYPIKEANGRTRKALIICNTEFKHLSLRYGANFDIIGMKGLLEDLGYDVVVKEELTAEGMESEMKDFAALSEHQTSDSTFLVLMSHGTLHGICGTMHSEKTPDVLQYDTIYQIFNNCHCPGLRDKPKVIIVQAARGGNSGEMWI

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Caspase-4
分子量 formula_weight	10283.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.64
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

AVKLSHVEKDFIAFYSTTPHHLSYRDKTGGSYFITRLISCFRKHACSCHLFDIFLKVQQSFEKASIHSQMPTIDRATLTRYFYLFPGN

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	326

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6kn1A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	6kn1B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

结构域编号 domain_id	6kn1C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	6kn1D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

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晶胞边长 a length_a	52.001 Å
晶胞边长 b length_b	99.941 Å
晶胞边长 c length_c	58.294 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.38 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	46.890 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1875
R_free r_free	0.2175

P20/P12 of caspase-11 mutant C254A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6kn1__assembly_1__model_1

6kn1__assembly_1__model_1 | I(q)

6kn1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

P20/P12 of caspase-11 mutant C254A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6kn1__assembly_1__model_1

6kn1__assembly_1__model_1 | I(q)

6kn1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)