6kr4

Crystal structure of the liprin-alpha3_SAM123/LAR_D1D2 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 171.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1332–1907	未记录	Liprin-alpha-3 × 1 （P60469） PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；296 K；50mM Tris-HCl, 200mM NaCl, 1mM ethylenediaminetetraacetic acid, 1mM dithiothreitol	分辨率 2.85 Å R-free 0.230
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1332–1907	未记录	Liprin-alpha-3 × 1 （P60469） PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；296 K；50mM Tris-HCl, 200mM NaCl, 1mM ethylenediaminetetraacetic acid, 1mM dithiothreitol	分辨率 2.85 Å R-free 0.230
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1332–1907	未记录	Liprin-alpha-3 × 1 （P60469） PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；296 K；50mM Tris-HCl, 200mM NaCl, 1mM ethylenediaminetetraacetic acid, 1mM dithiothreitol	分辨率 2.85 Å R-free 0.230
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1332–1907	未记录	Liprin-alpha-3 × 1 （P60469） PO4 PHOSPHATE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；296 K；50mM Tris-HCl, 200mM NaCl, 1mM ethylenediaminetetraacetic acid, 1mM dithiothreitol	分辨率 2.85 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6KR4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1LAR CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM PHOSPHATASE DOMAINS OF RPTP LAR 提交 1999-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1323–1897（575 aa）片段：PHOSPHATASE	突变：P1307M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.274
1LAR CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM PHOSPHATASE DOMAINS OF RPTP LAR 提交 1999-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1323–1897（575 aa）片段：PHOSPHATASE	突变：P1307M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.274
2DJU Solution structures of the fn3 domain of human receptor-type tyrosine-protein phosphatase F 提交 2006-04-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 309–401（93 aa）片段：Fibronectin type III domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1mM fn3 domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2DN7 Solution structures of the 6th fn3 domain of human receptor-type tyrosine-protein phosphatase F 提交 2006-04-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 811–904（94 aa）片段：Fibronectin type III domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1mM fn3 domain U-15N,13C; 20mM d-Tris HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2EDY Solution structures of the fn3 domain of human receptor-type tyrosine-protein phosphatase F 提交 2007-02-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 905–1000（96 aa）片段：Fibronectin type III domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1mM fn3 domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2YD5 Crystal structure of the N-terminal Ig1-2 module of Human Receptor Protein Tyrosine Phosphatase LAR 提交 2011-03-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–231（203 aa）片段：IG1-2, RESIDUES 29-231	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, 20% ISOPROPANOL, 20% (W/V) PEG 4000, 0.25 MM HEPARIN DP10, PH 5.6 .	分辨率 2.20 Å R-free 0.233
2YD8 Crystal structure of the N-terminal Ig1-2 module of Human Receptor Protein Tyrosine Phosphatase LAR in complex with sucrose octasulphate 提交 2011-03-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–231（203 aa）片段：IG1-2, RESIDUES 29-231	未记录	YYJ 1,3,4,6-tetra-O-sulfo-beta-D-fructofuranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1 M MES, 30% PEG 6000, PH 6.0 .	分辨率 2.05 Å R-free 0.227
4N5U Crystal structure of the 4th FN3 domain of human Protein Tyrosine phosphatase, receptor type F [PSI-NYSGRC-006240] 提交 2013-10-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 601–705（105 aa）片段：Fibronectin type-III 4 domain, residues 601-705	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；298 K；Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, Reservoir (0.2M Lithium Sulfate, 0.1M CAPS, 1.2M NaH2PO4/0.8M K2HPO4), Cryoprotection (2M Li2SO4), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.46 Å R-free 0.198
6TPT Crystal structures of FNIII domain three and four of the human leucocyte common antigen-related protein, LAR 提交 2019-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 512–706（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；0.2 M Sodium fluoride, 0.1 M Bis-tris propane pH 6.5, and 20% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.269
6TPU Crystal structures of FNIII domain three and four of the human leucocyte common antigen-related protein, LAR 提交 2019-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 513–706（194 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；1.8 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0	分辨率 1.55 Å R-free 0.193
6TPU Crystal structures of FNIII domain three and four of the human leucocyte common antigen-related protein, LAR 提交 2019-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 513–706（194 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；1.8 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0	分辨率 1.55 Å R-free 0.193
6TPV Crystal structures of FNIII domain one and two of the human leucocyte common antigen-related protein, LAR 提交 2019-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 319–512（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；277 K；0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 8.3, 20 % PEG 3,350	分辨率 1.80 Å R-free 0.220
6TPV Crystal structures of FNIII domain one and two of the human leucocyte common antigen-related protein, LAR 提交 2019-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 319–512（194 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；277 K；0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 8.3, 20 % PEG 3,350	分辨率 1.80 Å R-free 0.220
6TPW Crystal structures of FNIII domain one through four of the human leucocyte common antigen-related protein ( LAR) 提交 2019-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 319–706（388 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；0.2 M Ammonium sulfate and 30% PEG8000	分辨率 2.90 Å R-free 0.301

共 11 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PTPRF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–580； UniProt 1332–1907 作者链 B； PDB构建体 5–580； UniProt 1332–1907 作者链 C； PDB构建体 5–580； UniProt 1332–1907 作者链 D； PDB构建体 5–580； UniProt 1332–1907

Liprin-alpha-3

Mus musculus

UniProt P60469

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 806–1126	未记录	Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F × 1 （P10586） PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；296 K；50mM Tris-HCl, 200mM NaCl, 1mM ethylenediaminetetraacetic acid, 1mM dithiothreitol	分辨率 2.85 Å R-free 0.230
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 806–1126	未记录	Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F × 1 （P10586） PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；296 K；50mM Tris-HCl, 200mM NaCl, 1mM ethylenediaminetetraacetic acid, 1mM dithiothreitol	分辨率 2.85 Å R-free 0.230
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 806–1126	未记录	Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F × 1 （P10586） PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；296 K；50mM Tris-HCl, 200mM NaCl, 1mM ethylenediaminetetraacetic acid, 1mM dithiothreitol	分辨率 2.85 Å R-free 0.230
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 806–1126	未记录	Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F × 1 （P10586） PO4 PHOSPHATE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；296 K；50mM Tris-HCl, 200mM NaCl, 1mM ethylenediaminetetraacetic acid, 1mM dithiothreitol	分辨率 2.85 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6KR4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4UWX Structure of liprin-alpha3 in complex with mDia1 Diaphanous- inhibitory domain 提交 2014-08-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 567–587（21 aa）片段：COILED-COIL DOMAIN	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 144 TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.2 M NACL, 0.1 M TRIS/HCL PH 8.0, 20% PEG6000	分辨率 1.65 Å R-free 0.210
4UWX Structure of liprin-alpha3 in complex with mDia1 Diaphanous- inhibitory domain 提交 2014-08-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 567–587（21 aa）片段：COILED-COIL DOMAIN	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 144 TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.2 M NACL, 0.1 M TRIS/HCL PH 8.0, 20% PEG6000	分辨率 1.65 Å R-free 0.210
6KIP Crystal structure of PTPRD phosphatase domain in complex with Liprin-alpha3 tandem SAM domains 提交 2019-07-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 806–1127（322 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；15% PEG 3350 and 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5)	分辨率 1.91 Å R-free 0.208

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LIPA3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 5–325； UniProt 806–1126 作者链 F； PDB构建体 5–325； UniProt 806–1126 作者链 G； PDB构建体 5–325； UniProt 806–1126 作者链 H； PDB构建体 5–325； UniProt 806–1126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6kr4
沉积日期 deposition_date	2019-08-20
结构标题 title	Crystal structure of the liprin-alpha3_SAM123/LAR_D1D2 complex
关键词 keywords	Complex, Phosphatase, TRANSFERASE-PROTEIN BINDING complex; TRANSFERASE/PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.25 Å
零角强度 I(0) i0	1798990000.00
分子量 molecular_weight	349800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	435820 Å³
包络体积 envelope_volume	634320 Å³
水化壳体积 shell_volume	101260 Å³
包络直径 envelope_diameter	176.8 Å
壳层 Rg shell_rg	56.62 Å
包络 Rg envelope_rg	49.95 Å
形状 Rg shape_rg	51.26 Å
总 Rg total_rg	51.40 Å
总原子数 total_atoms	24573
残基数 n_residues	3065
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	171.7 Å
Rg (实空间) rg_real	51.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7990e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3670e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1799000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8775
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.248
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.366
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	123600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.841

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F
分子量 formula_weight	66584.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	24833

HMGSIPITDLADNIERLKANDGLKFSQEYESIDPGQQFTWENSNLEVNKPKNRYANVIAYDHSRVILTSIDGVPGSDYINANYIDGYRKQNAYIATQGPLPETMGDFWRMVWEQRTATVVMMTRLEEKSRVKCDQYWPARGTETCGLIQVTLLDTVELATYTVRTFALHKSGSSEKRELRQFQFMAWPDHGVPEYPTPILAFLRRVKACNPLDAGPMVVHCSAGVGRTGCFIVIDAMLERMKHEKTVDIYGHVTCMRSQRNYMVQTEDQYVFIHEALLEAATCGHTEVPARNLYAHIQKLGQVPPGESVTAMELEFKLLASSKAHTSRFISANLPCNKFKNRLVNIMPYELTRVCLQPIRGVEGSDYINASFLDGYRQQKAYIATQGPLAESTEDFWRMLWEHNSTIIVMLTKLREMGREKCHQYWPAERSARYQYFVVDPMAEYNMPQYILREFKVTDARDGQSRTIRQFQFTDWPEQGVPKTGEGFIDFIGQVHKTKEQFGQDGPITVHCSAGVGRTGVFITLSIVLERMRYEGVVDMFQTVKTLRTQRPAMVQTEDQYQLCYRAALEYLGSFDHYAT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Liprin-alpha-3
分子量 formula_weight	36935.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,H,G

GPGSAKLTGPGDKDRRNKRKHELLEEACRQGLPFAAWDGPTVVSWLELWVGMPAWYVAACRANVKSGAIMANLSDTEIQREIGISNPLHRLKLRLAIQEMVSLTSPSAPASSRTPTGNVWMTHEEMESLTAATKPETKEISWEQILAYGDMNHEWVGNDWLPSLGLPQYRSYFMESLVDARMLDHLNKKELRGQLKMVDSFHRVSLHYGIMCLKRLNYDRKDLERRREESQTQIRDVMVWSNERVMGWVSGLGLKEFATNLTESGVHGALLALDETFDYSDLALLLQIPTQNAQARQLLEKEFSNLISLGTDRRLDEDSAKSFSR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	161

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d6kr4a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamily	c.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family family	c.45.1.2 — Higher-molecular-weight phosphotyrosine protein phosphatases

结构域编号 domain_id	d6kr4a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamily	c.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family family	c.45.1.2 — Higher-molecular-weight phosphotyrosine protein phosphatases

结构域编号 domain_id	d6kr4a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6kr4b1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamily	c.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family family	c.45.1.2 — Higher-molecular-weight phosphotyrosine protein phosphatases

结构域编号 domain_id	d6kr4b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamily	c.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family family	c.45.1.2 — Higher-molecular-weight phosphotyrosine protein phosphatases

结构域编号 domain_id	d6kr4b3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6kr4c1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamily	c.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family family	c.45.1.2 — Higher-molecular-weight phosphotyrosine protein phosphatases

结构域编号 domain_id	d6kr4c2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamily	c.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family family	c.45.1.2 — Higher-molecular-weight phosphotyrosine protein phosphatases

结构域编号 domain_id	d6kr4c3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6kr4d1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamily	c.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family family	c.45.1.2 — Higher-molecular-weight phosphotyrosine protein phosphatases

结构域编号 domain_id	d6kr4d2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamily	c.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family family	c.45.1.2 — Higher-molecular-weight phosphotyrosine protein phosphatases

结构域编号 domain_id	d6kr4d3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	6kr4A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

结构域编号 domain_id	6kr4A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

结构域编号 domain_id	6kr4B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

结构域编号 domain_id	6kr4B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

结构域编号 domain_id	6kr4C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

结构域编号 domain_id	6kr4C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

结构域编号 domain_id	6kr4D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

结构域编号 domain_id	6kr4D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

结构域编号 domain_id	6kr4E01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	6kr4E02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	6kr4E03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	6kr4F01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	6kr4F02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	6kr4F03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	6kr4H01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	6kr4H02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	250.378 Å
晶胞边长 b length_b	147.678 Å
晶胞边长 c length_c	143.972 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.85 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	42.173 Å
R 因子 r_factor	0.1922
R_work r_work	0.1915
R_free r_free	0.2298

Crystal structure of the liprin-alpha3_SAM123/LAR_D1D2 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Liprin-alpha-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/kr/6kr4/6kr4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kr/6kr4/6kr4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kr/6kr4/6kr4.dat