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6kvm

Crystal structure of Chicken MHC Class II for 1.9 angstrom

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class II alpha chain

Gallus gallus

UniProt Q4U5Z6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 24–217 未记录 MHC class II beta chain 2 × 1 （Q4U600） peptide from 60S ribosomal protein L30 × 1 （P67883） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 4000, 100mM Tris base/Hydrochloric acid pH 8.5, 200mM Lithium sulfate 分辨率 1.90 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6KVM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6T3Y Improved High Resolution Structure of MHC Class II complex 提交 2019-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 27–207（181 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M Na Acetate 0.1 M TRIS 30 %w/v PEG 4K
分辨率 1.70 Å R-free 0.202
6ZWA CLIP peptide bound to chicken MHC class II molecule (BL-2) from B19 haplotype 提交 2020-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 27–207（181 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M TRIS pH 8.5, 20.0% w/v PEG 4000, 200mM CaCl2
分辨率 1.68 Å R-free 0.252
7APZ CLIP peptide bound to chicken MHC class II molecule (BL-2) from B2 haplotype with a decamer mode of binding 提交 2020-10-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 27–207（181 aa）
未记录 IMD IMIDAZOLE × 4 ACE ACETYL GROUP × 20 ZN ZINC ION × 20 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Zinc Acetate (Salt) 0.1 M Imidazole pH 6.5 (Buffer) 10 %w/v PEG 8000 (Precipitant)
分辨率 1.97 Å R-free 0.255
7PDY A viral peptide from Marek's disease virus bound to chicken MHC-II molecule 提交 2021-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 27–214（188 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；PEG 4000, sodium acetate
分辨率 2.54 Å R-free 0.252
7PDY A viral peptide from Marek's disease virus bound to chicken MHC-II molecule 提交 2021-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 27–214（188 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；PEG 4000, sodium acetate
分辨率 2.54 Å R-free 0.252
7PDY A viral peptide from Marek's disease virus bound to chicken MHC-II molecule 提交 2021-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 27–214（188 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；PEG 4000, sodium acetate
分辨率 2.54 Å R-free 0.252

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q4U5Z6_CHICK
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–194； UniProt 24–217

MHC class II beta chain 2

Gallus gallus

UniProt Q4U600

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 27–224 未记录 MHC class II alpha chain × 1 （Q4U5Z6） peptide from 60S ribosomal protein L30 × 1 （P67883） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 4000, 100mM Tris base/Hydrochloric acid pH 8.5, 200mM Lithium sulfate 分辨率 1.90 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q4U600_CHICK
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 17–214； UniProt 27–224

peptide from 60S ribosomal protein L30

Gallus gallus

UniProt P67883

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 99–115 未记录 MHC class II alpha chain × 1 （Q4U5Z6） MHC class II beta chain 2 × 1 （Q4U600） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 4000, 100mM Tris base/Hydrochloric acid pH 8.5, 200mM Lithium sulfate 分辨率 1.90 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6KVM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8Q7Z Structure of the G. gallus 80S non-rotated ribosome 提交 2023-08-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 Bc 1–115（115 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 494 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
8Q87 Structure of the G. gallus 80S rotated ribosome in complex with eEF2 and SERBP1 提交 2023-08-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：85-meric
链 Bc 1–115（115 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 492 ZN ZINC ION × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL30_CHICK
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–17； UniProt 99–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6kvm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6kvm
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6kvm
沉积日期 deposition_date2019-09-04
结构标题 titleCrystal structure of Chicken MHC Class II for 1.9 angstrom
关键词 keywordsComplex crystal structure MHC class II chicken evolution, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.49 Å
零角强度 I(0) i033621000.00
分子量 molecular_weight43945.0 kDa
排除体积 excluded_volume54575 ų
包络体积 envelope_volume66684 ų
水化壳体积 shell_volume24077 ų
包络直径 envelope_diameter87.9 Å
壳层 Rg shell_rg30.09 Å
包络 Rg envelope_rg23.89 Å
形状 Rg shape_rg23.45 Å
总 Rg total_rg24.41 Å
总原子数 total_atoms3107
残基数 n_residues380
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.3 Å
Rg (实空间) rg_real24.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real3.3620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal33620000.0000
解质量估计 total_estimate0.8662
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.4 Å
偏度 Skewness skewness0.390
峰度 Kurtosis kurtosis-0.280
角度范围 angular_range— – 0.3250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9372000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.804; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.893; Smooth: 0.953
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd6kvma1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6kvma2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6kvmb1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6kvmb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6kvmA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id6kvmA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)