SAXSdb — 6kvm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class II alpha chain

Gallus gallus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MHC class II beta chain 2 × 1 （Q4U600） peptide from 60S ribosomal protein L30 × 1 （P67883） GLYCEROL × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4U5Z6_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–194； UniProt 24–217

MHC class II beta chain 2

Gallus gallus

UniProt Q4U600

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MHC class II alpha chain × 1 （Q4U5Z6） peptide from 60S ribosomal protein L30 × 1 （P67883） GLYCEROL × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4U600_CHICK
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 17–214； UniProt 27–224

peptide from 60S ribosomal protein L30

Gallus gallus

UniProt P67883

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MHC class II alpha chain × 1 （Q4U5Z6） MHC class II beta chain 2 × 1 （Q4U600） GLYCEROL × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL30_CHICK
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–17； UniProt 99–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6kvm
沉积日期 deposition_date	2019-09-04
结构标题 title	Crystal structure of Chicken MHC Class II for 1.9 angstrom
关键词 keywords	Complex crystal structure MHC class II chicken evolution, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6kvm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6kvm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6kvm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.55 Å
Rg（电子密度）	23.49 Å
总 Rg	24.41 Å
原子数	3107
残基数	380
排除体积	54575 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6kvm__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MHC class II alpha chain
分子量 formula_weight	22125.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3317

LKPHVLLQAEFYQRSEGPDKAWAQFGFHFDADELFHVELDAAQTVWRLPEFGRFASFEAQGALQNMAVGKQNLEVMISNSNRSQQDFVTPELALFPAEAVSLEEPNVLICYADKFWPPVATMEWRRNGAVVSEGVYDSVYYGRPDLLFRKFSYLPFVPQRGDVYSCAVRHWGAEGPVQRMWEPEVPEPPSESSA

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	Chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MHC class II beta chain 2
分子量 formula_weight	24113.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SGGGSLVPRGSGGGGSTRPSAFFFCGAISECHYLNGTERVRYLQRYIYNRQQYAHFDSDVGKFVADSPLGEPQAEYWNSNAELLENRMNEVDRFCRHNYGGVESFTVQRSVEPKVRVSALQSGSLPETDRLACYVTGFYPPEIEVKWFLNGREETERVVSTDVMQNGDWTYQVLVVLETVPRRGDSYVCRVEHASLRQPISQAWEPPADAGRSK

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	Chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	peptide from 60S ribosomal protein L30
分子量 formula_weight	1892.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

PGDSDIIRSMPEQTSEK

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	Chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	210

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6kvma1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kvma2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kvmb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kvmb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6kvmA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	6kvmA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	152.397 Å
晶胞边长 b length_b	57.297 Å
晶胞边长 c length_c	58.057 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.68 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.897 Å
最低分辨率 resolution_low	54.377 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2028
R_free r_free	0.2274

Crystal structure of Chicken MHC Class II for 1.9 angstrom

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class II alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MHC class II beta chain 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

peptide from 60S ribosomal protein L30

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6kvm__assembly_1__model_1

6kvm__assembly_1__model_1 | I(q)

6kvm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Chicken MHC Class II for 1.9 angstrom

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class II alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

MHC class II beta chain 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

peptide from 60S ribosomal protein L30

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6kvm__assembly_1__model_1

6kvm__assembly_1__model_1 | I(q)

6kvm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)