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6l53

Structure of SMG1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 171.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase SMG1

Homo sapiens

UniProt Q96Q15

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–3661 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.63 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6L53 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6L54 Structure of SMG189 提交 2019-10-22 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–3661（3661 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.43 Å
6SYT Structure of the SMG1-SMG8-SMG9 complex 提交 2019-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 311–1638（1328 aa）
链 A 1727–1978（252 aa）
链 A 2035–2056（22 aa）
链 A 2088–2232（145 aa）
链 A 2275–3661（1387 aa）
突变：D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A 突变：D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A 突变：D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A 突变：D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A 突变：D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A,D2335A IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；PBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.45 Å
6Z3R Structure of SMG1-8-9 kinase complex bound to UPF1-LSQ 提交 2020-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 259–1638（1380 aa）
链 A 1727–2056（330 aa）
链 A 2088–3661（1574 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.97 Å
7PW4 Human SMG1-8-9 kinase complex bound to a SMG1 inhibitor 提交 2021-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 311–1638（1328 aa）
链 A 1727–1978（252 aa）
链 A 2035–2056（22 aa）
链 A 2088–3661（1574 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 88C 1-[4-[4-[2-[[4-chloranyl-3-(diethylsulfamoyl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl]phenyl]-3-methyl-urea × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.27 Å
7PW5 Human SMG1-8-9 kinase complex with AlphaFold predicted SMG8 C-terminus, bound to a SMG1 inhibitor 提交 2021-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 311–1638（1328 aa）
链 A 1727–1978（252 aa）
链 A 2035–2056（22 aa）
链 A 2088–3661（1574 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 88C 1-[4-[4-[2-[[4-chloranyl-3-(diethylsulfamoyl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl]phenyl]-3-methyl-urea × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.40 Å
7PW6 Human SMG1-8-9 kinase complex bound to a SMG1 inhibitor - SMG1 body 提交 2021-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 766–1638（873 aa）
链 A 1727–1978（252 aa）
链 A 2035–2056（22 aa）
链 A 2088–3661（1574 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 88C 1-[4-[4-[2-[[4-chloranyl-3-(diethylsulfamoyl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl]phenyl]-3-methyl-urea × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.05 Å
7PW7 Human SMG1-9 kinase complex bound to a SMG1 inhibitor 提交 2021-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 311–1638（1328 aa）
链 A 1727–1978（252 aa）
链 A 2035–2056（22 aa）
链 A 2088–3661（1574 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 88C 1-[4-[4-[2-[[4-chloranyl-3-(diethylsulfamoyl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl]phenyl]-3-methyl-urea × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.59 Å
7PW8 Human SMG1-8-9 kinase complex bound to AMPPNP 提交 2021-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 311–1638（1328 aa）
链 A 1727–1978（252 aa）
链 A 1895–1916（22 aa）
链 A 2088–3661（1574 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.82 Å
7PW9 Human SMG1-9 kinase complex bound to AMPPNP 提交 2021-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 311–1638（1328 aa）
链 A 1727–1978（252 aa）
链 A 2035–2056（22 aa）
链 A 2088–3661（1574 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.12 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMG1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–3661； UniProt 1–3661

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6l53

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6l53
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6l53
沉积日期 deposition_date2019-10-22
结构标题 titleStructure of SMG1
关键词 keywordsSMG1, Cryo-EM, Nonsense-mediated mRNA decay, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier50.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron50.52 Å
零角强度 I(0) i0591238000.00
分子量 molecular_weight199000.0 kDa
排除体积 excluded_volume248690 ų
包络体积 envelope_volume415630 ų
水化壳体积 shell_volume72057 ų
包络直径 envelope_diameter181.7 Å
壳层 Rg shell_rg50.58 Å
包络 Rg envelope_rg50.48 Å
形状 Rg shape_rg50.51 Å
总 Rg total_rg50.56 Å
总原子数 total_atoms13991
残基数 n_residues1935
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax171.9 Å
Rg (实空间) rg_real50.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.89 Å
I(0) (实空间) i0_real5.9120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2200e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal590900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8525
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary49.9 Å
偏度 Skewness skewness0.470
峰度 Kurtosis kurtosis-0.382
角度范围 angular_range— – 0.1550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha41670000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.823; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.919; Smooth: 0.691
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)