6z3r

Structure of SMG1-8-9 kinase complex bound to UPF1-LSQ

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1 ;

Homo sapiens

UniProt Q96Q15

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Protein SMG8 × 1 (Q8ND04) Protein SMG9 × 1 (Q9H0W8) Regulator of nonsense transcripts 1 × 1 (Q92900) PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMG1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 70–1449; UniProt 259–1638 作者链 A; PDB构建体 1492–1821; UniProt 1727–2056 作者链 A; PDB构建体 1838–3411; UniProt 2088–3661

Protein SMG8

Homo sapiens

UniProt Q8ND04

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 ;Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1 ; × 1 (Q96Q15) Protein SMG9 × 1 (Q9H0W8) Regulator of nonsense transcripts 1 × 1 (Q92900) PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMG8_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–991; UniProt 1–991

Protein SMG9

Homo sapiens

UniProt Q9H0W8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 ;Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1 ; × 1 (Q96Q15) Protein SMG8 × 1 (Q8ND04) Regulator of nonsense transcripts 1 × 1 (Q92900) PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMG9_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–520; UniProt 1–520

Regulator of nonsense transcripts 1

物种未注明

UniProt Q92900

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 ;Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1 ; × 1 (Q96Q15) Protein SMG8 × 1 (Q8ND04) Protein SMG9 × 1 (Q9H0W8) PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RENT1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–11; UniProt 1085–1095

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6z3r
沉积日期 deposition_date2020-05-21
结构标题 titleStructure of SMG1-8-9 kinase complex bound to UPF1-LSQ
关键词 keywordsCryo-EM, Structural Biology, Nonsense-mediated mRNA decay, RNA quality control, PIKK, NMD, Substrate, Phosphorylation, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6z3r__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6z3r__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

6z3r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)50.16 Å
Rg(电子密度)49.44 Å
总 Rg49.28 Å
原子数36011
残基数2636
排除体积338390 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6z3r__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 引用文献 (1)