SAXSdb — 2xzo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 295–914	片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 295-914	5'-R(UPUPUPUPUPUPUP)-3' × 1 1PE* PENTAETHYLENE GLYCOL × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.6；100 MM SODIUM ACETATE PH 4.6, 20 MM CACL2, 15% MPD	分辨率 2.40 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2XZO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2GJK Structural and functional insights into the human Upf1 helicase core 提交 2006-03-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 295–914（620 aa）片段：helicase core domain(residues 295-914)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；295 K；50mM MES, 0.5-3% PEG4000, 0.005mM MgSO4, 10mM DTT, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.271
2GK6 Structural and Functional insights into the human Upf1 helicase core 提交 2006-03-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 295–914（620 aa）片段：helicase core domain(residues 295-914)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；295 K；100mM Tris, 8-13% PEG3350, 140mM (NH4)3PO4, 10% EG, 10mM DTT, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.272
2GK6 Structural and Functional insights into the human Upf1 helicase core 提交 2006-03-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 295–914（620 aa）片段：helicase core domain(residues 295-914)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；295 K；100mM Tris, 8-13% PEG3350, 140mM (NH4)3PO4, 10% EG, 10mM DTT, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.272
2GK7 Structural and Functional insights into the human Upf1 helicase core 提交 2006-03-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 295–914（620 aa）片段：helicase core domain(residues 295-914)	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.8；295 K；100mM Na/K Phosphate, 6-8% PEG3350, 10mM DTT, pH 5.8, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.298
2IYK Crystal structure of the UPF2-interacting domain of nonsense mediated mRNA decay factor UPF1 提交 2006-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–272（158 aa）片段：UPF2-INTERACTING DOMAIN, RESIDUES 115-272	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；30% PENTAERYTHRITOL ETHOXYLATE (15/4EO/OH) (V/V), 50 MM AMMONIUM SULPHATE,50 MM BIS-TRIS PH 6.5	分辨率 2.95 Å R-free 0.259
2IYK Crystal structure of the UPF2-interacting domain of nonsense mediated mRNA decay factor UPF1 提交 2006-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 115–272（158 aa）片段：UPF2-INTERACTING DOMAIN, RESIDUES 115-272	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；30% PENTAERYTHRITOL ETHOXYLATE (15/4EO/OH) (V/V), 50 MM AMMONIUM SULPHATE,50 MM BIS-TRIS PH 6.5	分辨率 2.95 Å R-free 0.259
2WJV Crystal structure of the complex between human nonsense mediated decay factors UPF1 and UPF2 提交 2009-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 115–914（800 aa）片段：CH-DOMAIN AND HELICASE DOMAIN, RESIDUES 115-914	未记录	ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.5-1.6M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM MES PH 6.3-6.5 AND 2% V/V GLYCEROL	分辨率 2.85 Å R-free 0.248
2WJV Crystal structure of the complex between human nonsense mediated decay factors UPF1 and UPF2 提交 2009-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 115–914（800 aa）片段：CH-DOMAIN AND HELICASE DOMAIN, RESIDUES 115-914	未记录	ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.5-1.6M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM MES PH 6.3-6.5 AND 2% V/V GLYCEROL	分辨率 2.85 Å R-free 0.248
2WJY Crystal structure of the complex between human nonsense mediated decay factors UPF1 and UPF2 Orthorhombic form 提交 2009-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–914（800 aa）片段：CH-DOMAIN AND HELICASE DOMAIN, RESIDUES 115-914	未记录	ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；1.6M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM MES PH 6, 10% DIOXANE	分辨率 2.50 Å R-free 0.240
2XZP Upf1 helicase 提交 2010-11-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 295–914（620 aa）片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 295-914	未记录	GOL GLYCEROL × 9 MLI MALONATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；50MM SODIUM CITRATE PH 6.0, 1.5M SODIUM MALONATE	分辨率 2.72 Å R-free 0.214
6EJ5 A conserved structural element in the RNA helicase UPF1 regulates its catalytic activity in an isoform-specific manner 提交 2017-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 295–925（631 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；291 K；1.4 M sodium malonate, 50 mM sodium citrate pH 6.2	分辨率 3.34 Å R-free 0.309
6Z3R Structure of SMG1-8-9 kinase complex bound to UPF1-LSQ 提交 2020-05-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1085–1095（11 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.97 Å
8RXB Human UPF1 CH domain in complex with SMG6 peptide 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 115–287（173 aa）链 D 115–287（173 aa）链 E 115–287（173 aa）链 I 115–287（173 aa）链 L 115–287（173 aa）链 P 115–287（173 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；solution (28% (w/v) PEG 3500, 0.2M Lithium sulfate and 0.1 M Tris pH 7.8)	分辨率 2.60 Å R-free 0.295
9QWN Human UPF1 in complex with the histone stem loop RNA 提交 2025-04-14	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 115–914（800 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 11 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RENT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–623； UniProt 295–914

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2xzo
沉积日期 deposition_date	2010-11-26
结构标题 title	Upf1 helicase - RNA complex
关键词 keywords	HYDROLASE-RNA COMPLEX, NMD, RNA DEGRADATION, ALLOSTERIC REGULATION; HYDROLASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.57 Å
零角强度 I(0) i0	77542600.00
分子量 molecular_weight	68449.0 kDa
排除体积 excluded_volume	85436 Å³
包络体积 envelope_volume	105620 Å³
水化壳体积 shell_volume	33787 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.53 Å
包络 Rg envelope_rg	25.66 Å
形状 Rg shape_rg	25.64 Å
总 Rg total_rg	26.19 Å
总原子数 total_atoms	4807
残基数 n_residues	620
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.4 Å
Rg (实空间) rg_real	26.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77540000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9072
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.210
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.473
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1
分子量 formula_weight	70028.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4932

GHMRYEDAYQYQNIFGPLVKLEADYDKKLKESQTQDNITVRWDLGLNKKRIAYFTLPKTDSDMRLMQGDEICLRYKGDLAPLWKGIGHVIKVPDNYGDEIAIELRSSVGAPVEVTHNFQVDFVWKSTSFDRMQSALKTFAVDETSVSGYIYHKLLGHEVEDVIIKCQLPKRFTAQGLPDLNHSQVYAVKTVLQRPLSLIQGPPGTGKTVTSATIVYHLARQGNGPVLVCAPSNIAVDQLTEKIHQTGLKVVRLCAKSREAIDSPVSFLALHNQIRNMDSMPELQKLQQLKDETGELSSADEKRYRALKRTAERELLMNADVICCTCVGAGDPRLAKMQFRSILIDESTQATEPECMVPVVLGAKQLILVGDHCQLGPVVMCKKAAKAGLSQSLFERLVVLGIRPIRLQVQYRMHPALSAFPSNIFYEGSLQNGVTAADRVKKGFDFQWPQPDKPMFFYVTQGQEEIASSGTSYLNRTEAANVEKITTKLLKAGAKPDQIGIITPYEGQRSYLVQYMQFSGSLHTKLYQEVEIASVDAFQGREKDFIILSCVRANEHQGIGFLNDPRRLNVALTRARYGVIIVGNPKALSKQPLWNHLLNYYKEQKVLVEGPLNNLRESLMQFS

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-R(UPUPUPUPUPUP*UP)-3'
分子量 formula_weight	2098.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

UUUUUUU

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAFLUOROALUMINATE ION
分子量 formula_weight	103.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	125

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2xzoA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2xzoA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 —

结构域编号 domain_id	2xzoA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.066 Å
晶胞边长 b length_b	101.896 Å
晶胞边长 c length_c	112.320 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.395 Å
最低分辨率 resolution_low	49.184 Å
R 因子 r_factor	0.1947
R_work r_work	0.1927
R_free r_free	0.2329

fit	/app/data/saxs_computation/xz/2xzo/2xzo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xz/2xzo/2xzo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xz/2xzo/2xzo.dat

Upf1 helicase - RNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)