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6l87

Solution structure of the tandem PWWP-ARID domains of human RBBP1

Method: SOLUTION NMR Dmax: 70.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AT-rich interactive domain-containing protein 4A

Homo sapiens

UniProt P29374

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 171–414 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；302 K；离子强度（mmCIF原始值）720；压力 1 NMR样品组成：10 mM sodium phosphate, 700 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：10 mM sodium phosphate, 700 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6L87 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2LCC Solution structure of RBBP1 chromobarrel domain 提交 2011-04-28 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 568–635（68 aa） 片段：UNP RESIDUES 568-635
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM [U-95% 15N] entity-1, 50 mM sodium phosphate-2, 50 mM sodium chloride-3, 5 mM DTT-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] entity-5, 50 mM sodium phosphate-6, 50 mM sodium chloride-7, 5 mM DTT-8, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2MAM Solution structure of the interdigitated double Tudor domain of RBBP1 提交 2013-07-15 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–121（118 aa） 片段：UNP RESIDUES 4-121
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR样品组成 0.6 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] entity-1, 10 % [U-99% 2H] D2O-2, 0.0004 % DSS-3, 15 mM DTT-4, 50 mM sodium chloride-5, 50 mM TRIS-6, 2 mM EDTA-7, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2YRV Solution structure of the RBB1NT domain of human RB(retinoblastoma)-binding protein 1 提交 2007-04-03 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 170–273（104 aa） 片段：UNP region 170-273
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.2mM sample U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6BPH Crystal structure of the chromodomain of RBBP1 提交 2017-11-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 568–635（68 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 34 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5
分辨率 1.85 Å R-free 0.226
7SMC p107 pocket domain complexed with ARID4A peptide 提交 2021-10-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 953–967（15 aa） 片段：UNP residues 953-967
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES, pH 6.5, 4% PEG400, 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 2.70 Å R-free 0.298
7SMC p107 pocket domain complexed with ARID4A peptide 提交 2021-10-25 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 953–967（15 aa） 片段：UNP residues 953-967
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES, pH 6.5, 4% PEG400, 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 2.70 Å R-free 0.298
7V8N Crystal structure of the PWWP-ARID domain of ARID4A 提交 2021-08-23 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 169–417（249 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.4 M ammonium phosphate dibasic, 0.1 M Tris pH8.0
分辨率 2.05 Å R-free 0.231
7V8N Crystal structure of the PWWP-ARID domain of ARID4A 提交 2021-08-23 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 169–417（249 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.4 M ammonium phosphate dibasic, 0.1 M Tris pH8.0
分辨率 2.05 Å R-free 0.231

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARI4A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–221； UniProt 171–414

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6l87

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6l87
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6l87
沉积日期 deposition_date2019-11-05
结构标题 titleSolution structure of the tandem PWWP-ARID domains of human RBBP1
关键词 keywordsDNA binding, PWWP, ARID, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.67 Å
零角强度 I(0) i03834800000.00
分子量 molecular_weight531200.0 kDa
排除体积 excluded_volume666130 ų
包络体积 envelope_volume88455 ų
水化壳体积 shell_volume29728 ų
包络直径 envelope_diameter83.1 Å
壳层 Rg shell_rg32.24 Å
包络 Rg envelope_rg25.37 Å
形状 Rg shape_rg19.67 Å
总 Rg total_rg19.87 Å
总原子数 total_atoms74600
残基数 n_residues4580
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.7 Å
Rg (实空间) rg_real20.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real3.8350e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9430e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3835000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7814
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary63.6 Å
偏度 Skewness skewness0.385
峰度 Kurtosis kurtosis-0.209
角度范围 angular_range— – 0.3950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1816000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.732; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)