SAXSdb — 6la5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement decay-accelerating factor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	Capsid protein VP1 × 60 Capsid protein VP2 × 60 Capsid protein VP3 × 60 Capsid protein VP4 × 60 SPHINGOSINE × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Capsid protein VP1 × 1 Capsid protein VP2 × 1 Capsid protein VP3 × 1 Capsid protein VP4 × 1 SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 25	Capsid protein VP1 × 5 Capsid protein VP2 × 5 Capsid protein VP3 × 5 Capsid protein VP4 × 5 SPHINGOSINE × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Capsid protein VP1 × 6 Capsid protein VP2 × 6 Capsid protein VP3 × 6 Capsid protein VP4 × 6 SPHINGOSINE × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Capsid protein VP1 × 1 Capsid protein VP2 × 1 Capsid protein VP3 × 1 Capsid protein VP4 × 1 SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DAF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–125； UniProt 161–285

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6la5
沉积日期 deposition_date	2019-11-12
结构标题 title	Cryo-EM structure of echovirus 11 complexed with its attaching receptor CD55 at pH 7.4
关键词 keywords	Cryo-EM structure, echovirus 11, CD55, pH 7.4, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6la5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6la5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6la5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	137.80 Å
总 Rg	137.90 Å
原子数	447960
残基数	57480
排除体积	7922200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6la5__assembly_1__model_1`	300-meric （300）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6la5__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`6la5__assembly_3__model_1`	25-meric （25）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`6la5__assembly_4__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`6la5__assembly_5__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	32277.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7466

VVEAVENAVARVADTISSGPSNSQAVPALTAVETGHTSQVTPSDTIQTRHVRNYHSRSESSIENFLCRSACVYMGEYHTTNTDTSKLFASWTINARRMVQMRRKLELFTYVRFDMEVTFVITSKQDQGTQLGQDMPPLTHQIMYIPPGGPIPKSVTDYTWQTSTNPSIFWTEGNAPPRMSIPFISIGNAYSNFYDGWSHFSQNGVYGYNTLNHMGQIYVRHVNGSSPLPMTSTVRMYFKPKHVKVWVPRPPRLCQYKNASTVNFTPTNITEKRQSINYIPETVKP

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP2
分子量 formula_weight	27968.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DRVRSITLGNSTITTQESANVVVAYGRWPEYLKDNEATAEDQPTQPDVATCRFYTLESVTWERDSPGWWWKFPDALKDMGLFGQNMYYHYLGRAGYTIHVQCNASKFHQGCLMVVCVPEAEMGCSQVDGTVNEHSLSEGETAKKFASTSTNGTNTVQSIVTNAGMGVGVGNLTIFPHQWINLRTNNCATIVMPYINNVPMDNMFRHHNFTLMIIPFVPLDYSSDSSTYVPITVTVAPMCAEYNGLRLATSL

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein VP3
分子量 formula_weight	26062.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GLPVMNTPGSNQFLTSDDFQSPSAMPQFDVTPELNIPGEVQNLMEIAEVDSVVPVNNVEGKLDTMEIYRIPVQSGNHQSSQVFGFQVQPGLDNVFKHTLLGEILNYYAHWSGSIKLTFVFCGSAMATGKFLLAYAPPGANAPKSRKDAMLGTHIIWDVGLQSSCVLCIPWISQTHYRLVQQDEYTSAGNVTCWYQTGIVVPAGTPTSCSIMCFVSACNDFSVRLLKDTPFIEQSALLQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Capsid protein VP4
分子量 formula_weight	7495.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGAQVSTQKTGAHETGLNASGRSIIHYTNINYYKDAASNSANRQDFSQDPGKFTEPVKDIMVKSLPALN

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Complement decay-accelerating factor
分子量 formula_weight	13586.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

KSCPNPGEIRNGQIDVPGGILFGATISFSCNTGYKLFGSTSSFCLISGSSVQWSDPLPECREIYCPAPPQIDNGIIQGERDHYGYRQSVTYACNKGFTMIGEHSIYCTVNNDEGEWSGPPPECRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SPHINGOSINE
分子量 formula_weight	299.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6la5a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d6la5c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d6la5e1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.18 — Complement control module/SCR domain
超家族 Superfamily superfamily	g.18.1 — Complement control module/SCR domain
家族 Family family	g.18.1.1 — Complement control module/SCR domain

结构域编号 domain_id	d6la5e2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.18 — Complement control module/SCR domain
超家族 Superfamily superfamily	g.18.1 — Complement control module/SCR domain
家族 Family family	g.18.1.1 — Complement control module/SCR domain

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.86 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	25524

Cryo-EM structure of echovirus 11 complexed with its attaching receptor CD55 at pH 7.4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement decay-accelerating factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6la5__assembly_1__model_1

6la5__assembly_1__model_1 | I(q)

6la5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of echovirus 11 complexed with its attaching receptor CD55 at pH 7.4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement decay-accelerating factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6la5__assembly_1__model_1

6la5__assembly_1__model_1 | I(q)

6la5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

7. 引用文献 (1)