6lam

Crystal structure of rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*098 complexed with lysophosphatidylethanolamine

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I antigen

Macaca mulatta

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Beta-2-microglobulin × 1 （Q6V7J5） ZINC ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 10 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Beta-2-microglobulin × 1 （Q6V7J5） ZINC ION × 4 1,2-ETHANEDIOL × 16 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1E1GJG5_MACMU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–277； UniProt 24–300 作者链 C； PDB构建体 1–277； UniProt 24–300

Beta-2-microglobulin

Macaca mulatta

UniProt Q6V7J5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	MHC class I antigen × 1 （A0A1E1GJG5） ZINC ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 10 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	MHC class I antigen × 1 （A0A1E1GJG5） ZINC ION × 4 1,2-ETHANEDIOL × 16 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_MACMU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–100； UniProt 20–119 作者链 D； PDB构建体 1–100； UniProt 20–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6lam
沉积日期 deposition_date	2019-11-12
结构标题 title	Crystal structure of rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*098 complexed with lysophosphatidylethanolamine
关键词 keywords	MHC class I protein, complex, lysophospholipid, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6lam__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6lam__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6lam__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.06 Å
Rg（电子密度）	22.79 Å
总 Rg	23.66 Å
原子数	3134
残基数	377
排除体积	54826 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6lam__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6lam__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MHC class I antigen
分子量 formula_weight	31687.7 kDa
突变 mutation	C167S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6969

AGSHSMRYFSTTVSRPGRGEPRFIVVGYVDDTQFVRFDSDAASPKMEPRAPWMEQEGPEYWEEQTRRVKDAAQTFRVSLGNLRGYYNQSEAGSHTLQTMSGCDLGPDGRLLRGYYQQAYDGRDYIALNEDLRSWTAADEAAQNTQRKWEAAGVAEQWRAYLEGECLESLRRYLENGKETLQRAEPPKTHVTHHPVSDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPGGDGTFQKWGAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLTLRWEP

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus macaque
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11731.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

AIQRTPKIQVYSRHPPENGKPNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGEKMGKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPNEKDEYACRVNHVTLSGPRTVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus macaque
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate
分子量 formula_weight	330.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	502

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d6lama1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d6lama2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lamb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d6lamc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d6lamc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lamd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6lamA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	6lamA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6lamB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6lamC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	6lamC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6lamD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	251.879 Å
晶胞边长 b length_b	46.729 Å
晶胞边长 c length_c	84.983 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	40.090 Å
R 因子 r_factor	0.1932
R_work r_work	0.1914
R_free r_free	0.2287

Crystal structure of rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*098 complexed with lysophosphatidylethanolamine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lam__assembly_1__model_1

6lam__assembly_1__model_1 | I(q)

6lam__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*098 complexed with lysophosphatidylethanolamine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lam__assembly_1__model_1

6lam__assembly_1__model_1 | I(q)

6lam__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)