6lje

Crystal structure of gelsolin G3 domain (calcium and magnesium condition)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gelsolin

Homo sapiens

UniProt P06396

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 297–397 片段:UNP residues 297-397 GOL GLYCEROL × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG3350, ammonium sulphate, calcium chloride, magnesium chloride 分辨率 1.40 Å R-free 0.189
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 297–397 片段:UNP residues 297-397 GOL GLYCEROL × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG3350, ammonium sulphate, calcium chloride, magnesium chloride 分辨率 1.40 Å R-free 0.189

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 60 个其他 PDB 条目、93 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GELS_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–101; UniProt 297–397 作者链 B; PDB构建体 1–101; UniProt 297–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6lje

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6lje
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6lje
沉积日期 deposition_date2019-12-14
结构标题 titleCrystal structure of gelsolin G3 domain (calcium and magnesium condition)
关键词 keywordsfragmin, gelsolin family protein, calcium regulation, actin filament severing, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.09
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.91
零角强度 I(0) i09117160.00
分子量 molecular_weight22758.0 kDa
排除体积 excluded_volume28753 ų
包络体积 envelope_volume33969 ų
水化壳体积 shell_volume16170 ų
包络直径 envelope_diameter62.2
壳层 Rg shell_rg23.52
包络 Rg envelope_rg18.16
形状 Rg shape_rg17.86
总 Rg total_rg19.00
总原子数 total_atoms1600
残基数 n_residues202
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.0
Rg (实空间) rg_real19.03
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39
I(0) (实空间) i0_real9.1170e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.04
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9117000.0000
解质量估计 total_estimate0.7323
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.1
偏度 Skewness skewness0.232
峰度 Kurtosis kurtosis-0.404
角度范围 angular_range— – 0.4150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1470000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.884; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.295; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.982

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6ljeA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Severin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Severin
结构域编号 domain_id6ljeB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Severin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Severin

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)