6lkn

Crystal structure of ATP11C-CDC50A in PtdSer-bound E2P state

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phospholipid-transporting ATPase IG

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cell cycle control protein 50A × 1 （Q9NV96） O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 MAGNESIUM ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 1-deoxy-alpha-D-mannopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cell cycle control protein 50A × 1 （Q9NV96） O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 MAGNESIUM ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 1-deoxy-alpha-D-mannopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cell cycle control protein 50A × 1 （Q9NV96） O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 MAGNESIUM ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 1-deoxy-alpha-D-mannopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cell cycle control protein 50A × 1 （Q9NV96） O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 MAGNESIUM ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 1-deoxy-alpha-D-mannopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AT11C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 10–1129； UniProt 13–1132 作者链 E； PDB构建体 10–1129； UniProt 13–1132 作者链 I； PDB构建体 10–1129； UniProt 13–1132 作者链 M； PDB构建体 10–1129； UniProt 13–1132

Cell cycle control protein 50A

Homo sapiens

UniProt Q9NV96

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Phospholipid-transporting ATPase IG × 1 （Q8NB49） O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 MAGNESIUM ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 1-deoxy-alpha-D-mannopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Phospholipid-transporting ATPase IG × 1 （Q8NB49） O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 MAGNESIUM ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 1-deoxy-alpha-D-mannopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Phospholipid-transporting ATPase IG × 1 （Q8NB49） O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 MAGNESIUM ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 1-deoxy-alpha-D-mannopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Phospholipid-transporting ATPase IG × 1 （Q8NB49） O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 MAGNESIUM ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 1-deoxy-alpha-D-mannopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CC50A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 F； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 J； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 N； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6lkn
沉积日期 deposition_date	2019-12-19
结构标题 title	Crystal structure of ATP11C-CDC50A in PtdSer-bound E2P state
关键词 keywords	P-type ATPase, flippase, apoptosis, phosphatidylserine, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6lkn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6lkn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6lkn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.10 Å
Rg（电子密度）	46.14 Å
总 Rg	46.23 Å
原子数	11346
残基数	1387
排除体积	204190 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6lkn__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6lkn__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6lkn__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6lkn__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phospholipid-transporting ATPase IG
分子量 formula_weight	129710.6 kDa
EC 编号 ec_number	7.6.2.1
突变 mutation	C111W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M
原子数 atom_count	45252

MFRRSLNRFCAGEEKRVGTRTVFVGNHPVSETEAYIAQRFCDNRIVSSKYTLWNFLPKNLFEQFRRIANFYFLIIFLVQVTVDTPTSPVTSGLPLFFVITVTAIKQGYEDWLRHRADNEVNKSTVYIIENAKRVRKESEKIKVGDVVEVQADETFPCDLILLSSCTTDGTCYVTTASLDGESNCKTHYAVRDTIALCTAESIDTLRAAIECEQPQPDLYKFVGRINIYSNSLEAVARSLGPENLLLKGATLKNTEKIYGVAVYTGMETKMALNYQGKSQKRSAVEKSINAFLIVYLFILLTKAAVCTTLKYVWQSTPYNDEPWYNQKTQKERETLKVLKMFTDFLSFMVLFNFIIPVSMYVTVEMQKFLGSFFISWDKDFYDEEINEGALVNTSDLNEELGQVDYVFTDKTGTLTENSMEFIECCIDGHKYKGVTQEVDGLSQTDGTLTYFDKVDKNREELFLRALCLCHTVEIKTNDAVDGATESAELTYISSSPDEIALVKGAKRYGFTFLGNRNGYMRVENQRKEIEEYELLHTLNFDAVRRRMSVIVKTQEGDILLFCKGADSAVFPRVQNHEIELTKVHVERNAMDGYRTLCVAFKEIAPDDYERINRQLIEAKMALQDREEKMEKVFDDIETNMNLIGATAVEDKLQDQAAETIEALHAAGLKVWVLTGDKMETAKSTCYACRLFQTNTELLELTTKTIEESERKEDRLHELLIEYRKKLLHEFPKSTRSFKKAWTEHQEYGLIIDGSTLSLILNSSQDSSSNNYKSIFLQICMKCTAVLCCRMAPLQKAQIVRMVKNLKGSPITLSIGDGANDVSMILESHVGIGIKGKEGRQAARNSDYSVPKFKHLKKLLLAHGHLYYVRIAHLVQYFFYKNLCFILPQFLYQFFCGFSQQPLYDAAYLTMYNICFTSLPILAYSLLEQHINIDTLTSDPRLYMKISGNAMLQLGPFLYWTFLAAFEGTVFFFGTYFLFQTASLEENGKVYGNWTFGTIVFTVLVFTVTLKLALDTRFWTWINHFVIWGSLAFYVFFSFFWGGIIWPFLKQQRMYFVFAQMLSSVSTWLAIILLIFISLFPEILLIVLKNVRRRSARRNLSCRRASDSLSARPSVRPLLLRTFSDESNVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cell cycle control protein 50A
分子量 formula_weight	40840.7 kDa
突变 mutation	N190Q, S292W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,J,N

MAMNYNAKDEVDGGPPCAPGGTAKTRRPDNTAFKQQRLPAWQPILTAGTVLPIFFIIGLIFIPIGIGIFVTSNNIREIEIDYTGTEPSSPCNKCLSPDVTPCFCTINFTLEKSFEGNVFMYYGLSNFYQNHRRYVKSRDDSQLNGDSSALLNPSKECEPYRRNEDKPIAPCGAIANSMFNDTLELFLIGQDSYPIPIALKKKGIAWWTDKNVKFRNPPGGDNLEERFKGTTKPVNWLKPVYMLDSDPDNNGFINEDFIVWMRTAALPTFRKLYRLIERKSDLHPTLPAGRYWLNVTYNYPVHYFDGRKRMILSTISWMGGKNPFLGIAYIAVGSISFLLGVVLLVINHKYRNSSNTADITI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
分子量 formula_weight	792.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1-deoxy-alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	164.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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晶胞边长 a length_a	100.460 Å
晶胞边长 b length_b	232.830 Å
晶胞边长 c length_c	492.890 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.900 Å
最低分辨率 resolution_low	49.970 Å
R 因子 r_factor	0.2846
R_work r_work	0.2812
R_free r_free	0.3501

Crystal structure of ATP11C-CDC50A in PtdSer-bound E2P state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phospholipid-transporting ATPase IG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cell cycle control protein 50A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lkn__assembly_1__model_1

6lkn__assembly_1__model_1 | I(q)

6lkn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of ATP11C-CDC50A in PtdSer-bound E2P state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phospholipid-transporting ATPase IG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cell cycle control protein 50A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lkn__assembly_1__model_1

6lkn__assembly_1__model_1 | I(q)

6lkn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)