SAXSdb — 6lnt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 720	Fab DV62.5 heavy-chain variable region × 120 Fab DV62.5 light-chain variable region × 120	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Fab DV62.5 heavy-chain variable region × 2 Fab DV62.5 light-chain variable region × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 60	Fab DV62.5 heavy-chain variable region × 10 Fab DV62.5 light-chain variable region × 10	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 72	Fab DV62.5 heavy-chain variable region × 12 Fab DV62.5 light-chain variable region × 12	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Fab DV62.5 heavy-chain variable region × 2 Fab DV62.5 light-chain variable region × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_ZIKVF
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 5
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–504； UniProt 291–794 作者链 B； PDB构建体 1–504； UniProt 291–794 作者链 C； PDB构建体 1–504； UniProt 291–794 作者链 D； PDB构建体 1–163； UniProt 128–290 作者链 E； PDB构建体 1–163； UniProt 128–290 作者链 F； PDB构建体 1–163； UniProt 128–290 作者链 M； PDB构建体 1–117； UniProt 6–122 作者链 N； PDB构建体 1–117； UniProt 6–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6lnt
沉积日期 deposition_date	2020-01-02
结构标题 title	Cryo-EM structure of immature Zika virus in complex with human antibody DV62.5 Fab
关键词 keywords	immature Zika virus, human antibody, virus; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6lnt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6lnt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6lnt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	222.40 Å
总 Rg	222.50 Å
原子数	0
残基数	0
排除体积	21185000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6lnt__assembly_1__model_1`	720-meric （720）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6lnt__assembly_2__model_1`	dodecameric （12）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`6lnt__assembly_3__model_1`	60-meric （60）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`6lnt__assembly_4__model_1`	72-meric （72）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`6lnt__assembly_5__model_1`	dodecameric （12）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope protein
分子量 formula_weight	54444.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.91,3.6.1.15,3.6.4.13,2.1.1.56,2.1.1.57,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	2642

IRCIGVSNRDFVEGMSGGTWVDVVLEHGGCVTVMAQDKPTVDIELVTTTVSNMAEVRSYCYEASISDMASDSRCPTQGEAYLDKQSDTQYVCKRTLVDRGWGNGCGLFGKGSLVTCAKFACSKKMTGKSIQPENLEYRIMLSVHGSQHSGMIVNDTGHETDENRAKVEITPNSPRAEATLGGFGSLGLDCEPRTGLDFSDLYYLTMNNKHWLVHKEWFHDIPLPWHAGADTGTPHWNNKEALVEFKDAHAKRQTVVVLGSQEGAVHTALAGALEAEMDGAKGRLSSGHLKCRLKMDKLRLKGVSYSLCTAAFTFTKIPAETLHGTVTVEVQYAGTDGPCKVPAQMAVDMQTLTPVGRLITANPVITESTENSKMMLELDPPFGDSYIVIGVGEKKITHHWHRSGSTIGKAFEATVRGAKRMAVLGDTAWDFGSVGGALNSLGKGIHQIFGAAFKSLFGGMSWFSQILIGTLLMWLGLNTKNGSISLMCLALGGVLIFLSTAVSA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	pre-membrane protein
分子量 formula_weight	18561.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.91,3.6.1.15,3.6.4.13,2.1.1.56,2.1.1.57,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

RGSAYYMYLDRNDAGEAISFPTTLGMNKCYIQIMDLGHMCDATMSYECPMLDEGVEPDDVDCWCNTTSTWVVYGTCHHKKGEARRSRRAVTLPSHSTRKLQTRSQTWLESREYTKHLIRVENWIFRNPGFALAAAAIAWLLGSSTSQKVIYLVMILLIAPAYS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fab DV62.5 heavy-chain variable region
分子量 formula_weight	13344.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,P

QVQLVQSGAEVKKPGASLKVSCKASGYTFTSYGLSWVRQAPGQGLEWMGWITPYNGNTKYTQKLQGRVTMTTDTSTSTVYMELRSLRSDDTAVYYCARDSGTYAFYFDYWGQGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Human gammaherpesvirus 4

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Fab DV62.5 light-chain variable region
分子量 formula_weight	11376.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,Q

SYELTQPLSVSVALGQTASITCGGNNIGSKNVHWYQQKPGQAPVLVIYKYVNRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRAQAGDEADYYCQVWDSSTYVFGTGTKVTVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Human gammaherpesvirus 4

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	capsid protein
分子量 formula_weight	12747.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.91,3.6.1.15,3.6.4.13,2.1.1.56,2.1.1.57,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N

KKSGGFRIVNMLKRGVARVSPFGGLKRLPAGLLLGHGPIRMVLAILAFLRFTAIKPSLGLINRWGSVGKKEAMEIIKKFKKDLAAMLRIINARKEKKRRGADTSVGIVGLLLTTAMA

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分辨率 resolution	8.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	19295

Cryo-EM structure of immature Zika virus in complex with human antibody DV62.5 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lnt__assembly_1__model_1

6lnt__assembly_1__model_1 | I(q)

6lnt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of immature Zika virus in complex with human antibody DV62.5 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lnt__assembly_1__model_1

6lnt__assembly_1__model_1 | I(q)

6lnt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)