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6loy

crystal structure of alpha-momorcharin in complex with dAMP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribosome-inactivating protein momordin I

物种未注明

UniProt P16094

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–286 未记录 D5M 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5 分辨率 1.35 Å R-free 0.349

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6LOY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AHA THE N-GLYCOSIDASE MECHANISM OF RIBOSOME-INACTIVATING PROTEINS IMPLIED BY CRYSTAL STRUCTURES OF ALPHA-MOMORCHARIN 提交 1994-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–269（246 aa）
未记录 ADE ADENINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å
1AHB THE N-GLYCOSIDASE MECHANISM OF RIBOSOME-INACTIVATING PROTEINS IMPLIED BY CRYSTAL STRUCTURES OF ALPHA-MOMORCHARIN 提交 1994-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–269（246 aa）
未记录 FMP FORMYCIN-5'-MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å
1AHC THE N-GLYCOSIDASE MECHANISM OF RIBOSOME-INACTIVATING PROTEINS IMPLIED BY CRYSTAL STRUCTURES OF ALPHA-MOMORCHARIN 提交 1994-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–269（246 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1F8Q CRYSTAL STRUCTURE OF ALPHA-MOMORCHARIN IN ACETONITRILE-WATER MIXTURE 提交 2000-07-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–286（263 aa）
未记录 PTD PENTANEDIAL × 3 CCN ACETONITRILE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；295 K；PEG 3350, Tris-HCl, ATP, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
分辨率 2.20 Å R-free 0.272
1MOM CRYSTAL STRUCTURE OF MOMORDIN, A TYPE I RIBOSOME INACTIVATING PROTEIN FROM THE SEEDS OF MOMORDICA CHARANTIA 提交 1994-03-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–269（246 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.16 Å
1MRG STUDIES ON CRYSTAL STRUCTURES ACTIVE CENTER GEOMETRY AND DEPURINE MECHANISM OF TWO RIBOSOME-INACTIVATING PROTEINS 提交 1994-07-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–286（263 aa）
未记录 ADN ADENOSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å
1MRH STUDIES ON CRYSTAL STRUCTURES ACTIVE CENTER GEOMETRY AND DEPURINE MECHANISM OF TWO RIBOSOME-INACTIVATING PROTEINS 提交 1994-07-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–286（263 aa）
未记录 FMC (1S)-1-(7-amino-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl)-1,4-anhydro-D-ribitol × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1MRI STUDIES ON CRYSTAL STRUCTURES ACTIVE CENTER GEOMETRY AND DEPURINE MECHANISM OF TWO RIBOSOME-INACTIVATING PROTEINS 提交 1994-07-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–286（263 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å
4YP2 Cleavage of nicotinamide adenine dinucleotides by the ribosome inactivating protein from Momordica charantia 提交 2015-03-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 24–269（246 aa） 片段：UNP residues 24-269
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 4000, sodium phosphate
分辨率 1.35 Å R-free 0.168
5CF9 Cleavage of nicotinamide adenine dinucleotide by the ribosome inactivating protein of Momordica charantia - enzyme-NADP+ co-crystallisation. 提交 2015-07-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 24–269（246 aa） 片段：residues 24-269
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG 4000, sodium phosphate
分辨率 1.52 Å R-free 0.168
6LOQ crystal structure of alpha-momorcharin in complex with cAMP 提交 2020-01-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–286（286 aa）
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5
分辨率 1.33 Å R-free 0.257
6LOR crystal structure of alpha-momorcharin in complex with ADP 提交 2020-01-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–286（286 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate,pH 6.5
分辨率 1.35 Å R-free 0.251
6LOV crystal structure of alpha-momorcharin in complex with xanthosine 提交 2020-01-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–286（286 aa）
未记录 4UO 2,3-dihydroxanthosine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5
分辨率 1.35 Å R-free 0.259
6LOW crystal structure of alpha-momorcharin in complex with GMP 提交 2020-01-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–286（286 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5
分辨率 1.39 Å R-free 0.210
6LOZ crystal structure of alpha-momorcharin in complex with adenine 提交 2020-01-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–286（286 aa）
未记录 ADE ADENINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5
分辨率 1.08 Å R-free 0.222
6LP0 crystal structure of alpha-momorcharin in complex with AMP 提交 2020-01-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–286（286 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5
分辨率 1.52 Å R-free 0.299

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RIP1_MOMCH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–286； UniProt 1–286

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6loy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6loy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6loy
沉积日期 deposition_date2020-01-07
结构标题 titlecrystal structure of alpha-momorcharin in complex with dAMP
关键词 keywordsalpha-momorcharin, ribosome-inactivating protein, rRNA N-glycosidase, dAMP, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.67 Å
零角强度 I(0) i013132700.00
分子量 molecular_weight27688.0 kDa
排除体积 excluded_volume34932 ų
包络体积 envelope_volume39370 ų
水化壳体积 shell_volume18466 ų
包络直径 envelope_diameter63.6 Å
壳层 Rg shell_rg24.09 Å
包络 Rg envelope_rg17.98 Å
形状 Rg shape_rg17.65 Å
总 Rg total_rg18.70 Å
总原子数 total_atoms1954
残基数 n_residues246
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.5 Å
Rg (实空间) rg_real18.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13130000.0000
解质量估计 total_estimate0.8113
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.4 Å
偏度 Skewness skewness0.228
峰度 Kurtosis kurtosis-0.279
角度范围 angular_range— – 0.4200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3423000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6loya_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamilyd.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family familyd.165.1.0 — automated matches
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)