SAXSdb — 6m14

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BRCA1-associated RING domain protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 568–777	突变：V695L	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate,22% PEG 5000	分辨率 1.88 Å R-free 0.198
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 568–777	突变：V695L	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate,22% PEG 5000	分辨率 1.88 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6M14	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JM7 Solution structure of the BRCA1/BARD1 RING-domain heterodimer 提交 2001-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 26–140（115 aa）片段：RING-Domain	未记录	ZN ZINC ION × 4	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；315 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2M NaCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.8；315 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2M NaCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.8；315 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2M NaCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.8；315 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2M NaCl；压力 ambient NMR样品组成 sample 1: 0.8-1.1mM U-15N,13C BRCA1; unlabeled BARD1, 25mM sodium phosphate, 0.2M NaCl, 2mM DTT. Sample 2: 0.8-1.1mM U-15N,13C BARD1; unlabeled BRCA1, 25mM sodium phosphate, 0.2M NaCl, 2mM DTT. Sample 3: 0.8-1.1mM U-15N,13C,85%-2H BRCA1; unlabeled BARD1, 25mM sodium phosphate, 0.2M NaCl, 2mM DTT. SAMPLE 4: 0.8-1.1mM U-15N,13C,85%-2H BARD1; unlabeled BRCA,1 25mM sodium phosphate, 0.2M NaCl, 2mM DTT. \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8-1.1mM U-15N,13C BARD1; unlabeled BRCA1 25mM sodium phosphate 0.2M NaCl 2mM DTT \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8-1.1mM U-15N,13C,85%-2H BRCA1; unlabeled BARD1 25mM sodium phosphate 0.2M NaCl 2mM DTT \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8-1.1mM U-15N,13C,85%-2H BARD1; unlabeled BRCA1 25mM sodium phosphate 0.2M NaCl 2mM DTT \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2NTE Crystal Structure of the BARD1 BRCT Domains 提交 2006-11-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 568–777（210 aa）片段：BRCT domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100mM MES, 20% PEG 8K, 150mM Ammonium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.247
2NTE Crystal Structure of the BARD1 BRCT Domains 提交 2006-11-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 568–777（210 aa）片段：BRCT domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100mM MES, 20% PEG 8K, 150mM Ammonium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.247
2R1Z Crystal Structure of the BARD1 BRCT Repeat 提交 2007-08-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 569–777（209 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；pSDDE peptide, 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium chloride, 100 mM NaCl, 5 mM tris-HCl, 1 mM DTT, pH 7.5, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.262
2R1Z Crystal Structure of the BARD1 BRCT Repeat 提交 2007-08-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 569–777（209 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；pSDDE peptide, 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium chloride, 100 mM NaCl, 5 mM tris-HCl, 1 mM DTT, pH 7.5, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.262
3C5R Crystal Structure of the BARD1 Ankyrin Repeat Domain and Its Functional Consequences 提交 2008-02-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 425–555（131 aa）片段：BARD1 Ankyrin Repeat Domain (UNP residues 425-555)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 Mg Chloride, 0.1 M Tris Hydrochloride pH 8.5, 25% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.268
3C5R Crystal Structure of the BARD1 Ankyrin Repeat Domain and Its Functional Consequences 提交 2008-02-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 425–555（131 aa）片段：BARD1 Ankyrin Repeat Domain (UNP residues 425-555)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 Mg Chloride, 0.1 M Tris Hydrochloride pH 8.5, 25% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.268
3C5R Crystal Structure of the BARD1 Ankyrin Repeat Domain and Its Functional Consequences 提交 2008-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 425–555（131 aa）片段：BARD1 Ankyrin Repeat Domain (UNP residues 425-555) 链 B 425–555（131 aa）片段：BARD1 Ankyrin Repeat Domain (UNP residues 425-555)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 Mg Chloride, 0.1 M Tris Hydrochloride pH 8.5, 25% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.268
3FA2 Crystal Structure of the BRCA1 Associated Ring Domain (BARD1) Tandem BRCT Domains 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 566–777（212 aa）片段：Tandem BRCT Domains	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M MES 15% w/v PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.298
3FA2 Crystal Structure of the BRCA1 Associated Ring Domain (BARD1) Tandem BRCT Domains 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 566–777（212 aa）片段：Tandem BRCT Domains	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M MES 15% w/v PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.298
7E8I Structural insight into BRCA1-BARD1 complex recruitment to damaged chromatin 提交 2021-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 K 425–777（353 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7JZV Cryo-EM structure of the BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module bound to a nucleosome 提交 2020-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 B 26–140（115 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7LYB Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with BRCA1-BARD1-UbcH5c 提交 2021-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric	链 N 26–122（97 aa）片段：RING domain (UNP residues 26-122)	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
7LYC Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A Lys13 and Lys15 in complex with BARD1 (residues 415-777) 提交 2021-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 N 415–777（363 aa）片段：Ankyrine repeat domain and the tandem BRCT domain (UNP residues 415-777)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
8GRQ Cryo-EM structure of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome 提交 2022-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric	链 M 26–117（92 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.87 Å

共 10 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BARD1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–210； UniProt 568–777 作者链 B； PDB构建体 1–210； UniProt 568–777

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6m14
沉积日期 deposition_date	2020-02-24
结构标题 title	Crystal Structure of the BARD1 BRCT Mutant
关键词 keywords	BRCT, disease mutation, OLA1, ANTITUMOR PROTEIN, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.11 Å
零角强度 I(0) i0	37129900.00
分子量 molecular_weight	48158.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60767 Å³
包络体积 envelope_volume	75461 Å³
水化壳体积 shell_volume	25724 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.8 Å
壳层 Rg shell_rg	31.38 Å
包络 Rg envelope_rg	25.17 Å
形状 Rg shape_rg	25.07 Å
总 Rg total_rg	25.95 Å
总原子数 total_atoms	6791
残基数 n_residues	418
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.0 Å
Rg (实空间) rg_real	25.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3010e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8593
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.376
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.178
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.756; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.907; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BRCA1-associated RING domain protein 1
分子量 formula_weight	24116.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
突变 mutation	V695L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	7140

GPLVLIGSGLSSEQQKMLSELAVILKAKKYTEFDSTVTHVVVPGDAVQSTLKCMLGILNGCWILKFEWVKACLRRKVCEQEEKYEIPEGPRRSRLNREQLLPKLFDGCYFYLWGTFKHHPKDNLIKLLTAGGGQILSRKPKPDSDVTQTINTVAYHARPDSDQRFCTQYIIYEDLCNYHPERVRQGKVWKAPSSWFIDCVMSFELLPLDS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	349

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.850 Å
晶胞边长 b length_b	75.254 Å
晶胞边长 c length_c	116.824 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.880 Å
最低分辨率 resolution_low	27.754 Å
R 因子 r_factor	0.1710
R_work r_work	0.1699
R_free r_free	0.1975

fit	/app/data/saxs_computation/m1/6m14/6m14.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m1/6m14/6m14.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m1/6m14/6m14.dat

Crystal Structure of the BARD1 BRCT Mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BRCA1-associated RING domain protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction