6m52

Human apo ferritin frozen on TEM grid with amorphous carbon supporting film

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 137.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferritin heavy chain

Homo sapiens

UniProt P02794

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–183 链 B; UniProt 1–183 链 C; UniProt 1–183 链 D; UniProt 1–183 链 E; UniProt 1–183 链 F; UniProt 1–183 链 G; UniProt 1–183 链 H; UniProt 1–183 链 I; UniProt 1–183 链 J; UniProt 1–183 链 K; UniProt 1–183 链 L; UniProt 1–183 链 M; UniProt 1–183 链 N; UniProt 1–183 链 O; UniProt 1–183 链 P; UniProt 1–183 链 Q; UniProt 1–183 链 R; UniProt 1–183 链 S; UniProt 1–183 链 T; UniProt 1–183 链 U; UniProt 1–183 链 V; UniProt 1–183 链 W; UniProt 1–183 链 X; UniProt 1–183 未记录 FE2 FE (II) ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、174 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FRIH_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 B; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 C; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 D; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 E; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 F; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 G; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 H; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 I; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 J; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 K; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 L; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 M; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 N; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 O; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 P; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 Q; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 R; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 S; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 T; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 U; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 V; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 W; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 X; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6m52

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6m52
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6m52
沉积日期 deposition_date2020-03-09
结构标题 titleHuman apo ferritin frozen on TEM grid with amorphous carbon supporting film
关键词 keywordsApoferritin heavy chain, Homo sapiens, METAL TRANSPORT, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.80
回转半径 Rg (电子) rg_electron55.74
零角强度 I(0) i03414560000.00
分子量 molecular_weight474770.0 kDa
排除体积 excluded_volume587070 ų
包络体积 envelope_volume1084000 ų
水化壳体积 shell_volume159960 ų
包络直径 envelope_diameter141.1
壳层 Rg shell_rg66.14
包络 Rg envelope_rg49.71
形状 Rg shape_rg55.66
总 Rg total_rg56.29
总原子数 total_atoms33270
残基数 n_residues4080
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax137.8
Rg (实空间) rg_real56.16
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real3.4150e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.5070e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal57.32
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3420000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8058
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary93.5
偏度 Skewness skewness-0.400
峰度 Kurtosis kurtosis-0.637
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha42870000000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.899; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

结构域编号 domain_idd6m52a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52c_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52d_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52e_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52f_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52g_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52h_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52i_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52j_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52k_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52l_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52m_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52n_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52o_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52p_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52q_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52r_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52s_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52t_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52u_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52v_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52w_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin
结构域编号 domain_idd6m52x_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id6m52A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52E00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52F00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52G00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52H00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52I00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52J00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52K00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52L00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52M00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52N00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52O00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52P00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52Q00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52R00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52S00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52T00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52U00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52V00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52W00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id6m52X00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)