9j48

GFP bound to 24-mer DARPin-apoferritin model 6c

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 286.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j48
沉积日期 deposition_date	2024-08-09
结构标题 title	GFP bound to 24-mer DARPin-apoferritin model 6c
关键词 keywords	GFP, DARPin, apoferritin, scaffold, METAL BINDING PROTEIN/LUMINESCENT PROTEIN, METAL BINDING PROTEIN-LUMINESCENT PROTEIN complex; METAL BINDING PROTEIN/LUMINESCENT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	81.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	80.82 Å
零角强度 I(0) i0	30332800000.00
分子量 molecular_weight	1466700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1826700 Å³
包络体积 envelope_volume	3133900 Å³
水化壳体积 shell_volume	308920 Å³
包络直径 envelope_diameter	238.8 Å
壳层 Rg shell_rg	91.52 Å
包络 Rg envelope_rg	76.19 Å
形状 Rg shape_rg	80.81 Å
总 Rg total_rg	80.92 Å
总原子数 total_atoms	103512
残基数 n_residues	13176
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	286.2 Å
Rg (实空间) rg_real	82.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9910e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7330e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	83.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	30510000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8903
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	120.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.251
峰度 Kurtosis kurtosis	0.182
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.2020
最高正则化参数 α highest_alpha	17540000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.640; Stabil: 0.934; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.929

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
分子量 formula_weight	43268.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,V,W,X,Y
原子数 atom_count	103512

MGHHHHHHGPGSRMKQLEDKVEELLSKNYHLENEVARLKKLVGGSGGSGGSELGKELLEAARAGQDDEVAVLMARGAEVNAADDVGVTPLHLAAQRGHLAIVSVLLAFGASVNAADLWGQTPLHLAATAGHLEIVEVLLRSGASVNARDNIGHTPLHLAAWAGHLEIVEVLLAYGADVFAQDKFGKTPFDLAIDNGNEDIAEVLQRLLECRRDAEAAINYQINLELYASYVYLSMSYYFDRDDVALKNFAKYFLHQSHEEREHAEKLMKLQNQRGGEISLQSISSPDSDDWESGLNAMESALHLEKAVNASLLRLHKLATDCNDPHLCDFIETHYLNEQVKAIKELGDHVTNLRKMGAPESGLAEYLFDKHTLGSGSGAEIEQAKKEIAYLIKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Green fluorescent protein
分子量 formula_weight	26623.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n,o,p,q,r,s,t,v,w,x,y

MSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVRGEGEGDATNGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLXVQCFSRYPDHMKRHDFFKSAMPEGYVQERTISFKDDGTYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNFNSHNVYITADKQKNGIKANFKIRHNVEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Aequorea victoria
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6100
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.04 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	17397

fit	/app/data/saxs_computation/j4/9j48/9j48.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j4/9j48/9j48.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j4/9j48/9j48.dat

GFP bound to 24-mer DARPin-apoferritin model 6c

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)