6mc1

Structure of MAP kinase phosphatase 5 in complex with 3,3-dimethyl-1-((9-(methylthio)-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazolin-2-yl)thio)butan-2-one, an allosteric inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 94.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dual specificity protein phosphatase 10

Homo sapiens

UniProt Q9Y6W6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 320–467 片段:UNP residues 320-467 CJA 3,3-dimethyl-1-{[9-(methylsulfanyl)-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazolin-2-yl]sulfanyl}butan-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;25% PEG 3350, 200 mM ammonium acetate, 100 mM HEPES 分辨率 2.70 Å R-free 0.227
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 320–467 片段:UNP residues 320-467 CJA 3,3-dimethyl-1-{[9-(methylsulfanyl)-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazolin-2-yl]sulfanyl}butan-2-one × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;25% PEG 3350, 200 mM ammonium acetate, 100 mM HEPES 分辨率 2.70 Å R-free 0.227
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 320–467 片段:UNP residues 320-467 CJA 3,3-dimethyl-1-{[9-(methylsulfanyl)-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazolin-2-yl]sulfanyl}butan-2-one × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;25% PEG 3350, 200 mM ammonium acetate, 100 mM HEPES 分辨率 2.70 Å R-free 0.227
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 320–467 片段:UNP residues 320-467 CJA 3,3-dimethyl-1-{[9-(methylsulfanyl)-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazolin-2-yl]sulfanyl}butan-2-one × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;25% PEG 3350, 200 mM ammonium acetate, 100 mM HEPES 分辨率 2.70 Å R-free 0.227
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 320–467 片段:UNP residues 320-467 CJA 3,3-dimethyl-1-{[9-(methylsulfanyl)-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazolin-2-yl]sulfanyl}butan-2-one × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;25% PEG 3350, 200 mM ammonium acetate, 100 mM HEPES 分辨率 2.70 Å R-free 0.227
6 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 320–467 片段:UNP residues 320-467 CJA 3,3-dimethyl-1-{[9-(methylsulfanyl)-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazolin-2-yl]sulfanyl}butan-2-one × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;25% PEG 3350, 200 mM ammonium acetate, 100 mM HEPES 分辨率 2.70 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、96 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DUS10_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–152; UniProt 320–467 作者链 B; PDB构建体 5–152; UniProt 320–467 作者链 C; PDB构建体 5–152; UniProt 320–467 作者链 D; PDB构建体 5–152; UniProt 320–467 作者链 E; PDB构建体 5–152; UniProt 320–467 作者链 F; PDB构建体 5–152; UniProt 320–467

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6mc1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6mc1
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6mc1
沉积日期 deposition_date2018-08-30
结构标题 titleStructure of MAP kinase phosphatase 5 in complex with 3,3-dimethyl-1-((9-(methylthio)-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazolin-2-yl)thio)butan-2-one, an allosteric inhibitor
关键词 keywords;phosphatase, protein-tyrosine phosphatase, dual specificity phosphatase, phosphatase-inhibitor complex, HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex ;; Hydrolase/Hydrolase Inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.22
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.32
零角强度 I(0) i0164218000.00
分子量 molecular_weight103960.0 kDa
排除体积 excluded_volume130820 ų
包络体积 envelope_volume165480 ų
水化壳体积 shell_volume43384 ų
包络直径 envelope_diameter102.1
壳层 Rg shell_rg38.90
包络 Rg envelope_rg30.94
形状 Rg shape_rg31.33
总 Rg total_rg31.94
总原子数 total_atoms7292
残基数 n_residues881
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax94.3
Rg (实空间) rg_real31.99
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57
I(0) (实空间) i0_real1.6420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.09
I(0) (倒空间) i0_reciprocal164200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8996
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary44.3
偏度 Skewness skewness0.075
峰度 Kurtosis kurtosis-0.501
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha38110000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.813

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd6mc1a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamilyc.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family familyc.45.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6mc1b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamilyc.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family familyc.45.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6mc1c1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamilyc.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family familyc.45.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6mc1c2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6mc1d_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamilyc.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family familyc.45.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6mc1e_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamilyc.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family familyc.45.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6mc1f_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamilyc.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family familyc.45.1.0 — automated matches

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)