6mid

Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 480 其他聚合物 180	monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain × 60 monoclonal antibody ZIKV-195 light chain × 60 （A0A0B4J1U3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 180	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 8 其他聚合物 3	monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain × 1 monoclonal antibody ZIKV-195 light chain × 1 （A0A0B4J1U3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 40 其他聚合物 15	monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain × 5 monoclonal antibody ZIKV-195 light chain × 5 （A0A0B4J1U3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	与蛋白数一致
4	其他组合	异源复合物	蛋白 48 其他聚合物 18	monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain × 6 monoclonal antibody ZIKV-195 light chain × 6 （A0A0B4J1U3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	与蛋白数一致
5	其他组合	异源复合物	蛋白 8 其他聚合物 3	monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain × 1 monoclonal antibody ZIKV-195 light chain × 1 （A0A0B4J1U3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_ZIKVF
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–504； UniProt 291–794 作者链 C； PDB构建体 1–504； UniProt 291–794 作者链 E； PDB构建体 1–504； UniProt 291–794 作者链 B； PDB构建体 1–75； UniProt 216–290 作者链 D； PDB构建体 1–75； UniProt 216–290 作者链 F； PDB构建体 1–75； UniProt 216–290

monoclonal antibody ZIKV-195 light chain

物种未注明

UniProt A0A0B4J1U3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 480 其他聚合物 180	E protein × 180 （A0A024B7W1） M protein × 180 （A0A024B7W1） monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain × 60 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 180	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 8 其他聚合物 3	E protein × 3 （A0A024B7W1） M protein × 3 （A0A024B7W1） monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 40 其他聚合物 15	E protein × 15 （A0A024B7W1） M protein × 15 （A0A024B7W1） monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain × 5 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	与蛋白数一致
4	其他组合	异源复合物	蛋白 48 其他聚合物 18	E protein × 18 （A0A024B7W1） M protein × 18 （A0A024B7W1） monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	与蛋白数一致
5	其他组合	异源复合物	蛋白 8 其他聚合物 3	E protein × 3 （A0A024B7W1） M protein × 3 （A0A024B7W1） monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LV136_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–96； UniProt 20–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6mid
沉积日期 deposition_date	2018-09-19
结构标题 title	Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195
关键词 keywords	virus, monoclonal antibody, complex, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex; VIRUS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6mid__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6mid__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6mid__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	211.80 Å
总 Rg	211.90 Å
原子数	903240
残基数	117840
排除体积	16079000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6mid__assembly_1__model_1`	480-meric （480）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6mid__assembly_2__model_1`	octameric （8）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`6mid__assembly_3__model_1`	40-meric （40）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`6mid__assembly_4__model_1`	48-meric （48）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`6mid__assembly_5__model_1`	octameric （8）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E protein
分子量 formula_weight	54444.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	15055

IRCIGVSNRDFVEGMSGGTWVDVVLEHGGCVTVMAQDKPTVDIELVTTTVSNMAEVRSYCYEASISDMASDSRCPTQGEAYLDKQSDTQYVCKRTLVDRGWGNGCGLFGKGSLVTCAKFACSKKMTGKSIQPENLEYRIMLSVHGSQHSGMIVNDTGHETDENRAKVEITPNSPRAEATLGGFGSLGLDCEPRTGLDFSDLYYLTMNNKHWLVHKEWFHDIPLPWHAGADTGTPHWNNKEALVEFKDAHAKRQTVVVLGSQEGAVHTALAGALEAEMDGAKGRLSSGHLKCRLKMDKLRLKGVSYSLCTAAFTFTKIPAETLHGTVTVEVQYAGTDGPCKVPAQMAVDMQTLTPVGRLITANPVITESTENSKMMLELDPPFGDSYIVIGVGEKKITHHWHRSGSTIGKAFEATVRGAKRMAVLGDTAWDFGSVGGALNSLGKGIHQIFGAAFKSLFGGMSWFSQILIGTLLMWLGLNTKNGSISLMCLALGGVLIFLSTAVSA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	M protein
分子量 formula_weight	8496.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

AVTLPSHSTRKLQTRSQTWLESREYTKHLIRVENWIFRNPGFALAAAAIAWLLGSSTSQKVIYLVMILLIAPAYS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain
分子量 formula_weight	14148.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLVESGGGVVHPGRSLRLSCAASGFTFSSSAMHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYGDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMHSLRAEDTAVYYCAKDRDAYNTVGYFAYYYGMDVWGQGTLVTVSS

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	monoclonal antibody ZIKV-195 light chain
分子量 formula_weight	11750.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QSVLTQPPSVSEAPRQRVTISCSGSSSNIGNNAVNWYQQLPGKAPKLLIYYDDLLPSGVSDRFSGSKSGTSASLAISGLQSEDEADYYCAAWDDSLTRYVFGTGTKVTVL

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	6midA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1

结构域编号 domain_id	6midA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	67 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 2

结构域编号 domain_id	6midA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	387 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 3

结构域编号 domain_id	6midA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

结构域编号 domain_id	6midA05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 —

结构域编号 domain_id	6midB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Flavivirus envelope glycoprotein M-like

结构域编号 domain_id	6midC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1

结构域编号 domain_id	6midC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	67 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 2

结构域编号 domain_id	6midC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	387 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 3

结构域编号 domain_id	6midC04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

结构域编号 domain_id	6midC05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 —

结构域编号 domain_id	6midD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Flavivirus envelope glycoprotein M-like

结构域编号 domain_id	6midE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1

结构域编号 domain_id	6midE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	67 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 2

结构域编号 domain_id	6midE03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	387 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 3

结构域编号 domain_id	6midE04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

结构域编号 domain_id	6midE05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 —

结构域编号 domain_id	6midF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Flavivirus envelope glycoprotein M-like

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	10687

Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

monoclonal antibody ZIKV-195 light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6mid__assembly_1__model_1

6mid__assembly_1__model_1 | I(q)

6mid__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

monoclonal antibody ZIKV-195 light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6mid__assembly_1__model_1

6mid__assembly_1__model_1 | I(q)

6mid__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)