6miy

Crystal structure of the mCD1d/xxa (JJ239)/iNKTCR ternary complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN ;

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 3	Beta-chain,T cell receptor chain,T cell receptor beta constant 2, CHIMERIC PROTEIN × 1 （A0A5B9,A0N8J3,A2NTY6） Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （A0A0R4J090） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 1 N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 3	Beta-chain,T cell receptor chain,T cell receptor beta constant 2, CHIMERIC PROTEIN × 1 （A0A5B9,A0N8J3,A2NTY6） Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （A0A0R4J090） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 2 N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A0B4J1J9_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–93； UniProt 22–113 作者链 G； PDB构建体 2–93； UniProt 22–113

;T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN ;

Homo sapiens

UniProt K7N5M3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 3	Beta-chain,T cell receptor chain,T cell receptor beta constant 2, CHIMERIC PROTEIN × 1 （A0A5B9,A0N8J3,A2NTY6） Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （A0A0R4J090） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 1 N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 3	Beta-chain,T cell receptor chain,T cell receptor beta constant 2, CHIMERIC PROTEIN × 1 （A0A5B9,A0N8J3,A2NTY6） Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （A0A0R4J090） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 2 N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	K7N5M3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 115–209； UniProt 116–210 作者链 G； PDB构建体 115–209； UniProt 116–210

Beta-chain,T cell receptor chain,T cell receptor beta constant 2, CHIMERIC PROTEIN

Homo sapiens

UniProt A0A5B9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 3	;T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN ; × 1 （A0A0B4J1J9,K7N5M3） Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （A0A0R4J090） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 1 N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 3	;T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN ; × 1 （A0A0B4J1J9,K7N5M3） Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （A0A0R4J090） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 2 N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TRBC2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 132–241； UniProt 19–128 作者链 H； PDB构建体 132–241； UniProt 19–128

Beta-chain,T cell receptor chain,T cell receptor beta constant 2, CHIMERIC PROTEIN

Homo sapiens

UniProt A0N8J3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 3	;T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN ; × 1 （A0A0B4J1J9,K7N5M3） Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （A0A0R4J090） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 1 N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 3	;T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN ; × 1 （A0A0B4J1J9,K7N5M3） Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （A0A0R4J090） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 2 N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0N8J3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 100–131； UniProt 96–127 作者链 H； PDB构建体 100–131； UniProt 96–127

Beta-chain,T cell receptor chain,T cell receptor beta constant 2, CHIMERIC PROTEIN

Homo sapiens

UniProt A2NTY6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 3	;T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN ; × 1 （A0A0B4J1J9,K7N5M3） Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （A0A0R4J090） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 1 N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 3	;T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN ; × 1 （A0A0B4J1J9,K7N5M3） Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （A0A0R4J090） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 2 N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A2NTY6_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–95； UniProt 29–123 作者链 H； PDB构建体 1–95； UniProt 29–123

Antigen-presenting glycoprotein CD1d1

Mus musculus

UniProt A0A0R4J090

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 3	;T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN ; × 1 （A0A0B4J1J9,K7N5M3） Beta-chain,T cell receptor chain,T cell receptor beta constant 2, CHIMERIC PROTEIN × 1 （A0A5B9,A0N8J3,A2NTY6） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 1 N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 3	;T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN ; × 1 （A0A0B4J1J9,K7N5M3） Beta-chain,T cell receptor chain,T cell receptor beta constant 2, CHIMERIC PROTEIN × 1 （A0A5B9,A0N8J3,A2NTY6） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 2 N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A0R4J090_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–279； UniProt 19–297 作者链 E； PDB构建体 1–279； UniProt 19–297

Beta-2-microglobulin

Mus musculus

UniProt P01887

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 3	;T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN ; × 1 （A0A0B4J1J9,K7N5M3） Beta-chain,T cell receptor chain,T cell receptor beta constant 2, CHIMERIC PROTEIN × 1 （A0A5B9,A0N8J3,A2NTY6） Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （A0A0R4J090） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 1 N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 3	;T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN ; × 1 （A0A0B4J1J9,K7N5M3） Beta-chain,T cell receptor chain,T cell receptor beta constant 2, CHIMERIC PROTEIN × 1 （A0A5B9,A0N8J3,A2NTY6） Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （A0A0R4J090） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 2 N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	B2MG_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119 作者链 F； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6miy
沉积日期 deposition_date	2018-09-20
结构标题 title	Crystal structure of the mCD1d/xxa (JJ239)/iNKTCR ternary complex
关键词 keywords	MHC-fold, Ig-fold, glycolipid antigen presentation, T cell receptor, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6miy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6miy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6miy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.21 Å
Rg（电子密度）	39.77 Å
总 Rg	39.73 Å
原子数	6567
残基数	809
排除体积	116150 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6miy__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6miy__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN ;
分子量 formula_weight	23055.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G
原子数 atom_count	13394

MKTQVEQSPQSLVVRQGENCVLQCNYSVTPDNHLRWFKQDTGKGLVSLTVLVDQKDKTSNGRYSATLDKDAKHSTLHITATLLDDTATYICVVGDRGSALGRLHFGAGTQLIVIPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-chain,T cell receptor chain,T cell receptor beta constant 2, CHIMERIC PROTEIN
分子量 formula_weight	27027.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MEAAVTQSPRNKVAVTGGKVTLSCNQTNNHNNMYWYRQDTGHGLRLIHYSYGAGSTEKGDIPDGYKASRPSQENFSLILELATPSQTSVYFCASGDEGYTQYFGPGTRLLVLEDLRNVTPPKVSLFEPSKAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYSLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
分子量 formula_weight	32632.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E

SEAQQKNYTFRCLQMSSFANRSWSRTDSVVWLGDLQTHRWSNDSATISFTKPWSQGKLSNQQWEKLQHMFQVYRVSFTRDIQELVKMMSPKEDYPIEIQLSAGCEMYPGNASESFLHVAFQGKYVVRFWGTSWQTVPGAPSWLDLPIKVLNADQGTSATVQMLLNDTCPLFVRGLLEAGKSDLEKQEKPVAWLSSVPSSAHGHRQLVCHVSGFYPKPVWVMWMRGDQEQQGTHRGDFLPNADETWYLQATLDVEAGEEAGLACRVKHSSLGGQDIILYWHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11660.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

IQKTPQIQVYSRHPPENGKPNILNCYVTQFHPPHIEIQMLKNGKKIPKVEMSDMSFSKDWSFYILAHTEFTPTETDTYACRVKHASMAEPKTVYWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide
分子量 formula_weight	948.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	253

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d6miya1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6miya2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6miyb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d6miyc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6miyc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d6miyd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6miyd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6miye1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6miye2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6miyf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d6miyg1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6miyg2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d6miyh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6miyh2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	6miyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	6miyA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6miyB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6miyC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6miyD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6miyD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6miyE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	6miyE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6miyF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6miyG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6miyH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6miyH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	78.865 Å
晶胞边长 b length_b	192.477 Å
晶胞边长 c length_c	150.418 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.79 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	47.420 Å
R 因子 r_factor	0.1944
R_work r_work	0.1917
R_free r_free	0.2473

Crystal structure of the mCD1d/xxa (JJ239)/iNKTCR ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha variable 11,T cell receptor alpha joining 18,Human nkt tcr alpha chain, CHIMERIC PROTEIN ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-chain,T cell receptor chain,T cell receptor beta constant 2, CHIMERIC PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-chain,T cell receptor chain,T cell receptor beta constant 2, CHIMERIC PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-chain,T cell receptor chain,T cell receptor beta constant 2, CHIMERIC PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Antigen-presenting glycoprotein CD1d1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6miy__assembly_1__model_1

6miy__assembly_1__model_1 | I(q)

6miy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer