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6mk3

Crystallographic solvent mapping analysis of DMSO bound to APE1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase

Homo sapiens

UniProt P27695

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 40–318 片段：UNP residues 40-318 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, pH 6.0, 200 mM sodium chloride, 18-21% PEG4000 分辨率 1.48 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6MK3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BIX THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN DNA REPAIR ENDONUCLEASE HAP1 SUGGESTS THE RECOGNITION OF EXTRA-HELICAL DEOXYRIBOSE AT DNA ABASIC SITES 提交 1998-06-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 31–317（287 aa）
未记录 SM SAMARIUM (III) ION × 4 PT PLATINUM (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4
分辨率 2.20 Å R-free 0.269
1CQG HIGH RESOLUTION SOLUTION NMR STRUCTURE OF MIXED DISULFIDE INTERMEDIATE BETWEEN HUMAN THIOREDOXIN (C35A, C62A, C69A, C73A) MUTANT AND A 13 RESIDUE PEPTIDE COMPRISING ITS TARGET SITE IN HUMAN REF-1 (RESIDUES 59-71 OF THE P50 SUBUNIT OF NFKB), NMR, 31 STRUCTURES 提交 1996-04-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 58–70（13 aa） 片段：RESIDUES 59 - 71 OF THE P50 SUBUNIT OF NFKB
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1CQH HIGH RESOLUTION SOLUTION NMR STRUCTURE OF MIXED DISULFIDE INTERMEDIATE BETWEEN HUMAN THIOREDOXIN (C35A, C62A, C69A, C73A) MUTANT AND A 13 RESIDUE PEPTIDE COMPRISING ITS TARGET SITE IN HUMAN REF-1 (RESIDUES 59-71 OF THE P50 SUBUNIT OF NFKB), NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-04-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 58–70（13 aa） 片段：RESIDUES 59 - 71 OF THE P50 SUBUNIT OF NFKB
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1DE8 HUMAN APURINIC/APYRIMIDINIC ENDONUCLEASE-1 (APE1) BOUND TO ABASIC DNA 提交 1999-11-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 42–317（276 aa） 片段：APE1
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；MPEG 5000, LITHIUM SULFATE, MES BUFFER, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.95 Å R-free 0.312
1DE8 HUMAN APURINIC/APYRIMIDINIC ENDONUCLEASE-1 (APE1) BOUND TO ABASIC DNA 提交 1999-11-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 42–317（276 aa） 片段：APE1
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；MPEG 5000, LITHIUM SULFATE, MES BUFFER, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.95 Å R-free 0.312
1DE9 HUMAN APE1 ENDONUCLEASE WITH BOUND ABASIC DNA AND MN2+ ION 提交 1999-11-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 42–317（276 aa） 片段：APE1
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；MPEG 2000, LITHIUM SULFATE, MANGANESE CHLORIDE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.274
1DE9 HUMAN APE1 ENDONUCLEASE WITH BOUND ABASIC DNA AND MN2+ ION 提交 1999-11-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 42–317（276 aa） 片段：APE1
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；MPEG 2000, LITHIUM SULFATE, MANGANESE CHLORIDE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.274
1DEW CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN APE1 BOUND TO ABASIC DNA 提交 1999-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 39–317（279 aa） 片段：APE1
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；MPEG 2000, LITHIUM SULFATE, CACODYLATE BUFFER, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.65 Å R-free 0.286
1DEW CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN APE1 BOUND TO ABASIC DNA 提交 1999-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 39–317（279 aa） 片段：APE1
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；MPEG 2000, LITHIUM SULFATE, CACODYLATE BUFFER, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.65 Å R-free 0.286
1E9N A second divalent metal ion in the active site of a new crystal form of human apurinic/apyrimidinic endonuclease, Ape1, and its implications for the catalytic mechanism 提交 2000-10-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–317（317 aa）
未记录 PB LEAD (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP, DROP 2+2 UL, 15MG/ML PROTEIN, 1 ML WELL, 0.1M TRIS-HCL, PH 7.5, 0.2M NAOAC, 30% PEG4K, 20MM HECAMEG, 1MM PB(OAC)2, 1MM DTT
分辨率 2.20 Å R-free 0.252
1E9N A second divalent metal ion in the active site of a new crystal form of human apurinic/apyrimidinic endonuclease, Ape1, and its implications for the catalytic mechanism 提交 2000-10-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–317（317 aa）
未记录 PB LEAD (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP, DROP 2+2 UL, 15MG/ML PROTEIN, 1 ML WELL, 0.1M TRIS-HCL, PH 7.5, 0.2M NAOAC, 30% PEG4K, 20MM HECAMEG, 1MM PB(OAC)2, 1MM DTT
分辨率 2.20 Å R-free 0.252
1HD7 A Second Divalent Metal Ion in the Active Site of a New Crystal Form of Human Apurinic/Apyridinimic Endonuclease, Ape1, and its Implications for the Catalytic Mechanism 提交 2000-11-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–317（317 aa）
未记录 PB LEAD (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；0.1M NAOAC PH 4.6, 25% PEG 4K, 1 MM PB(II)OAC, 10-12 MG/ML PROTEIN.
分辨率 1.95 Å R-free 0.255
2ISI Crystal structure of Ape1 from Homo sapiens in a new crystal form complexed with a ligand 提交 2006-10-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–317（317 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；0.1M hepes, 70% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.76 Å R-free 0.284
2ISI Crystal structure of Ape1 from Homo sapiens in a new crystal form complexed with a ligand 提交 2006-10-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–317（317 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；0.1M hepes, 70% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.76 Å R-free 0.284
2ISI Crystal structure of Ape1 from Homo sapiens in a new crystal form complexed with a ligand 提交 2006-10-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–317（317 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；0.1M hepes, 70% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.76 Å R-free 0.284
2O3H Crystal structure of the human C65A Ape 提交 2006-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 39–317（279 aa）
突变：C65A SM SAMARIUM (III) ION × 2 ACT ACETATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；20% PEG 8000, 100 mM MES pH 6.0, 7.5 mM samarium acetate, 4% dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.226
3U8U Crystal structure of Human Apurinic/Apyridinimic Endonuclease, Ape1 in a new crystal form 提交 2011-10-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–318（318 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；280 K；0.05M MGCL2.6H2O, 0.1M HEPES PH 7.5, 30% PEG 550MME, 1 MICRO-MOLAR HYCANTHONE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 280K
分辨率 2.15 Å R-free 0.243
3U8U Crystal structure of Human Apurinic/Apyridinimic Endonuclease, Ape1 in a new crystal form 提交 2011-10-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–318（318 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；280 K；0.05M MGCL2.6H2O, 0.1M HEPES PH 7.5, 30% PEG 550MME, 1 MICRO-MOLAR HYCANTHONE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 280K
分辨率 2.15 Å R-free 0.243
3U8U Crystal structure of Human Apurinic/Apyridinimic Endonuclease, Ape1 in a new crystal form 提交 2011-10-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；280 K；0.05M MGCL2.6H2O, 0.1M HEPES PH 7.5, 30% PEG 550MME, 1 MICRO-MOLAR HYCANTHONE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 280K
分辨率 2.15 Å R-free 0.243
3U8U Crystal structure of Human Apurinic/Apyridinimic Endonuclease, Ape1 in a new crystal form 提交 2011-10-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–318（318 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；280 K；0.05M MGCL2.6H2O, 0.1M HEPES PH 7.5, 30% PEG 550MME, 1 MICRO-MOLAR HYCANTHONE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 280K
分辨率 2.15 Å R-free 0.243
3U8U Crystal structure of Human Apurinic/Apyridinimic Endonuclease, Ape1 in a new crystal form 提交 2011-10-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 1–318（318 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；280 K；0.05M MGCL2.6H2O, 0.1M HEPES PH 7.5, 30% PEG 550MME, 1 MICRO-MOLAR HYCANTHONE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 280K
分辨率 2.15 Å R-free 0.243
3U8U Crystal structure of Human Apurinic/Apyridinimic Endonuclease, Ape1 in a new crystal form 提交 2011-10-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 1–318（318 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；280 K；0.05M MGCL2.6H2O, 0.1M HEPES PH 7.5, 30% PEG 550MME, 1 MICRO-MOLAR HYCANTHONE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 280K
分辨率 2.15 Å R-free 0.243
4IEM Human apurinic/apyrimidinic endonuclease (APE1) with product DNA and Mg2+ 提交 2012-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–318（317 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；50 mM MES pH 6.0, 200 mM LiSO4, and 25% mPEG 2K, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 2.39 Å R-free 0.246
4IEM Human apurinic/apyrimidinic endonuclease (APE1) with product DNA and Mg2+ 提交 2012-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 2–318（317 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；50 mM MES pH 6.0, 200 mM LiSO4, and 25% mPEG 2K, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 2.39 Å R-free 0.246
4IEM Human apurinic/apyrimidinic endonuclease (APE1) with product DNA and Mg2+ 提交 2012-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 C 2–318（317 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；50 mM MES pH 6.0, 200 mM LiSO4, and 25% mPEG 2K, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 2.39 Å R-free 0.246
4IEM Human apurinic/apyrimidinic endonuclease (APE1) with product DNA and Mg2+ 提交 2012-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 D 2–318（317 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；50 mM MES pH 6.0, 200 mM LiSO4, and 25% mPEG 2K, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 2.39 Å R-free 0.246
4LND Crystal structure of human apurinic/apyrimidinic endonuclease 1 with essential Mg2+ cofactor 提交 2013-07-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 39–318（280 aa） 片段：UNP residues 39-318
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M MES pH 6.5, 30% (v/v) PEG 300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.92 Å R-free 0.241
4LND Crystal structure of human apurinic/apyrimidinic endonuclease 1 with essential Mg2+ cofactor 提交 2013-07-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 39–318（280 aa） 片段：UNP residues 39-318
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M MES pH 6.5, 30% (v/v) PEG 300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.92 Å R-free 0.241
4LND Crystal structure of human apurinic/apyrimidinic endonuclease 1 with essential Mg2+ cofactor 提交 2013-07-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 39–318（280 aa） 片段：UNP residues 39-318
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M MES pH 6.5, 30% (v/v) PEG 300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.92 Å R-free 0.241
4QH9 Crystal structure of Mn2+ bound human APE1 提交 2014-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 38–318（281 aa） 片段：UNP residues 38-318
突变：C138A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES, 0.2M Sodium Chloride, 19% PEG 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.17 Å R-free 0.256
4QHD Crystal structure of apo human APE1 提交 2014-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 38–318（281 aa） 片段：UNP residues 38-318
突变：C138A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES, 0.2M Sodium Chloride, 19% PEG 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.65 Å R-free 0.238
4QHE Crystal structure of Mg2+ bound human APE1 提交 2014-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 38–318（281 aa）
突变：C138A MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES, 0.2M Sodium Chlorid, 19% PEG 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.40 Å R-free 0.193
5CFG C2 crystal form of APE1 with Mg2+ 提交 2015-07-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 44–318（275 aa） 片段：UNP residues 44-318
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG 8000, 0.2 M MgAc and 0.1 M Cacodylate
分辨率 1.80 Å R-free 0.204
5DFF Human APE1 product complex 提交 2015-08-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 43–318（276 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；10% PEG20000, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, and 200 mM MgCl2
分辨率 1.57 Å R-free 0.211
5DFF Human APE1 product complex 提交 2015-08-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；10% PEG20000, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, and 200 mM MgCl2
分辨率 1.57 Å R-free 0.211
5DFH Human APE1 mismatch product complex 提交 2015-08-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 43–318（276 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；10% Peg20000, 100 mM sodium citrate, 200 mM MgCl
分辨率 1.95 Å R-free 0.219
5DFH Human APE1 mismatch product complex 提交 2015-08-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；10% Peg20000, 100 mM sodium citrate, 200 mM MgCl
分辨率 1.95 Å R-free 0.219
5DFI Human APE1 phosphorothioate substrate complex 提交 2015-08-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 43–318（276 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；10% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 200 mM MgCl
分辨率 1.63 Å R-free 0.195
5DFI Human APE1 phosphorothioate substrate complex 提交 2015-08-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；10% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 200 mM MgCl
分辨率 1.63 Å R-free 0.195
5DFJ Human APE1 E96Q/D210N mismatch substrate complex 提交 2015-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 43–318（276 aa）
突变：E96Q, D210N CL CHLORIDE ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；10% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 200 mM MgCl
分辨率 1.85 Å R-free 0.200
5DFJ Human APE1 E96Q/D210N mismatch substrate complex 提交 2015-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa）
突变：E96Q, D210N CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；10% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 200 mM MgCl
分辨率 1.85 Å R-free 0.200
5DG0 Human APE1 phosphorothioate substrate complex with Mn2+ 提交 2015-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 43–318（276 aa） 片段：UNP residues 43-318
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；10% Peg 20000, 100 mM sodium citrate, 200 mM MgCl2
分辨率 1.80 Å R-free 0.205
5DG0 Human APE1 phosphorothioate substrate complex with Mn2+ 提交 2015-08-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa） 片段：UNP residues 43-318
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；10% Peg 20000, 100 mM sodium citrate, 200 mM MgCl2
分辨率 1.80 Å R-free 0.205
5WN0 APE1 exonuclease substrate complex with a C/G match 提交 2017-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 43–318（276 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.60 Å R-free 0.275
5WN0 APE1 exonuclease substrate complex with a C/G match 提交 2017-07-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.60 Å R-free 0.275
5WN1 APE1 exonuclease product complex 提交 2017-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 43–318（276 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.30 Å R-free 0.270
5WN1 APE1 exonuclease product complex 提交 2017-07-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.30 Å R-free 0.270
5WN2 APE1 exonuclease substrate complex with phosphoglycolate 提交 2017-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 43–318（276 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PGA 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.29 Å R-free 0.239
5WN2 APE1 exonuclease substrate complex with phosphoglycolate 提交 2017-07-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.29 Å R-free 0.239
5WN3 APE1 F266A exonuclease substrate complex with a C/T mismatch 提交 2017-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 43–318（276 aa）
突变：C138A, F266A CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.00 Å R-free 0.258
5WN3 APE1 F266A exonuclease substrate complex with a C/T mismatch 提交 2017-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–318（276 aa）
突变：C138A, F266A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.00 Å R-free 0.258
5WN4 APE1 exonuclease substrate complex with a C/T mismatch 提交 2017-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 43–318（276 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.10 Å R-free 0.249
5WN4 APE1 exonuclease substrate complex with a C/T mismatch 提交 2017-07-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–318（276 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.10 Å R-free 0.249
5WN5 APE1 exonuclease substrate complex with a C/T mismatch and Mn2+ 提交 2017-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 43–318（276 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.20 Å R-free 0.261
5WN5 APE1 exonuclease substrate complex with a C/T mismatch and Mn2+ 提交 2017-07-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–318（276 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.20 Å R-free 0.261
6BOQ Human APE1 substrate complex with an A/A mismatch adjacent the THF 提交 2017-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–318（318 aa）
突变：C138A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG 20K, 100mM sodium Citrate, 15% glycerol, 5mM CaCl2
分辨率 1.96 Å R-free 0.258
6BOQ Human APE1 substrate complex with an A/A mismatch adjacent the THF 提交 2017-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–318（318 aa）
突变：C138A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG 20K, 100mM sodium Citrate, 15% glycerol, 5mM CaCl2
分辨率 1.96 Å R-free 0.258
6BOR Human APE1 substrate complex with an G/G mismatch adjacent the THF 提交 2017-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–318（318 aa）
突变：E96Q, D210N EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG 20K, 100mM sodium Citrate, 15% glycerol, 5mM CaCl2
分辨率 1.84 Å R-free 0.209
6BOR Human APE1 substrate complex with an G/G mismatch adjacent the THF 提交 2017-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–318（318 aa）
突变：E96Q, D210N EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG 20K, 100mM sodium Citrate, 15% glycerol, 5mM CaCl2
分辨率 1.84 Å R-free 0.209
6BOS Human APE1 substrate complex with an A/C mismatch adjacent the THF 提交 2017-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–318（318 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG 20K, 100mM sodium Citrate, 15% glycerol, 5mM CaCl2
分辨率 2.30 Å R-free 0.236
6BOS Human APE1 substrate complex with an A/C mismatch adjacent the THF 提交 2017-11-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–318（318 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG 20K, 100mM sodium Citrate, 15% glycerol, 5mM CaCl2
分辨率 2.30 Å R-free 0.236
6BOT Human APE1 substrate complex with an C/C mismatch adjacent the THF 提交 2017-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–318（318 aa）
突变：C138A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG 20K, 100mM sodium Citrate, 15% glycerol, 5mM CaCl2
分辨率 2.30 Å R-free 0.245
6BOT Human APE1 substrate complex with an C/C mismatch adjacent the THF 提交 2017-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–318（318 aa）
突变：C138A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG 20K, 100mM sodium Citrate, 15% glycerol, 5mM CaCl2
分辨率 2.30 Å R-free 0.245
6BOU Human APE1 substrate complex with an T/C mismatch adjacent the THF 提交 2017-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–318（318 aa）
突变：C138A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG 20K, 100mM sodium Citrate, 15% glycerol, 5mM CaCl2
分辨率 2.54 Å R-free 0.268
6BOU Human APE1 substrate complex with an T/C mismatch adjacent the THF 提交 2017-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–318（318 aa）
突变：C138A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG 20K, 100mM sodium Citrate, 15% glycerol, 5mM CaCl2
分辨率 2.54 Å R-free 0.268
6BOV Human APE1 substrate complex with an A/G mismatch adjacent the THF 提交 2017-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–318（318 aa）
突变：E96Q, D210N, C138A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG 20K, 100mM sodium Citrate, 15% glycerol, 5mM CaCl2
分辨率 1.98 Å R-free 0.242
6BOV Human APE1 substrate complex with an A/G mismatch adjacent the THF 提交 2017-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–318（318 aa）
突变：E96Q, D210N, C138A PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG 20K, 100mM sodium Citrate, 15% glycerol, 5mM CaCl2
分辨率 1.98 Å R-free 0.242
6BOW Human APE1 substrate complex with an T/T mismatch adjacent the THF 提交 2017-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–318（318 aa）
突变：C138A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG 20K, 100mM sodium Citrate, 15% glycerol, 5mM CaCl2
分辨率 1.59 Å R-free 0.241
6BOW Human APE1 substrate complex with an T/T mismatch adjacent the THF 提交 2017-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–318（318 aa）
突变：C138A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；7% PEG 20K, 100mM sodium Citrate, 15% glycerol, 5mM CaCl2
分辨率 1.59 Å R-free 0.241
6MKK Crystallographic solvent mapping analysis of DMSO/Mg bound to APE1 提交 2018-09-25 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–318（279 aa） 片段：UNP residues 40-318
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, pH 6.0, 200 mM sodium chloride, 18-21% PEG4000
分辨率 1.44 Å R-free 0.212
6MKM Crystallographic solvent mapping analysis of DMSO/Tris bound to APE1 提交 2018-09-25 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–318（279 aa） 片段：UNP residues 40-318
未记录 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, pH 6.0, 200 mM sodium chloride, 18-21% PEG4000
分辨率 1.67 Å R-free 0.250
6MKO Crystallographic solvent mapping analysis of glycerol bound to APE1 提交 2018-09-25 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–318（279 aa） 片段：UNP residues 40-318
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, pH 6.0, 200 mM sodium chloride, 18-21% PEG4000
分辨率 2.09 Å R-free 0.228
6P93 Human APE1 K98A AP-endonuclease product complex 提交 2019-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric
链 A 43–318（276 aa）
链 B 43–318（276 aa）
突变：K98A 突变：K98A MG MAGNESIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% PEG20000, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, and 200 mM MgCl2
分辨率 2.10 Å R-free 0.226
6P94 Human APE1 C65A AP-endonuclease product complex 提交 2019-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric
链 A 43–318（276 aa）
链 B 43–318（276 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% PEG20000, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, and 200 mM MgCl2
分辨率 2.09 Å R-free 0.244
6W0Q APE1 endonuclease product complex D148E 提交 2020-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 43–318（276 aa）
突变：D148E MG MAGNESIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；10% PEG20000, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, and 200 mM MgCl2
分辨率 1.89 Å R-free 0.223
6W0Q APE1 endonuclease product complex D148E 提交 2020-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa）
突变：D148E EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；10% PEG20000, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, and 200 mM MgCl2
分辨率 1.89 Å R-free 0.223
6W2P APE1 endonuclease product complex L104R 提交 2020-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 43–318（276 aa）
突变：L104R MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% PEG20000, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, and 200 mM MgCl2
分辨率 1.94 Å R-free 0.238
6W2P APE1 endonuclease product complex L104R 提交 2020-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa）
突变：L104R EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% PEG20000, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, and 200 mM MgCl2
分辨率 1.94 Å R-free 0.238
6W3L APE1 exonuclease substrate complex wild-type 提交 2020-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 43–318（276 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.59 Å R-free 0.277
6W3L APE1 exonuclease substrate complex wild-type 提交 2020-03-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–318（276 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.59 Å R-free 0.277
6W3N APE1 exonuclease substrate complex D148E 提交 2020-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 43–318（276 aa）
突变：D148E CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.69 Å R-free 0.308
6W3N APE1 exonuclease substrate complex D148E 提交 2020-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–318（276 aa）
突变：D148E EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.69 Å R-free 0.308
6W3Q APE1 exonuclease substrate complex L104R 提交 2020-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 43–318（276 aa）
突变：L104R NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.49 Å R-free 0.259
6W3Q APE1 exonuclease substrate complex L104R 提交 2020-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–318（276 aa）
突变：L104R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.49 Å R-free 0.259
6W3U APE1 exonuclease substrate complex R237C 提交 2020-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 43–318（276 aa）
突变：R237C CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.40 Å R-free 0.250
6W3U APE1 exonuclease substrate complex R237C 提交 2020-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–318（276 aa）
突变：R237C EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；7% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.40 Å R-free 0.250
6W43 APE1 AP-endonuclease product complex R237C 提交 2020-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 43–318（276 aa）
突变：R237C EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% PEG20000, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, and 200 mM MgCl2
分辨率 1.99 Å R-free 0.224
6W43 APE1 AP-endonuclease product complex R237C 提交 2020-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa）
突变：R237C EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% PEG20000, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, and 200 mM MgCl2
分辨率 1.99 Å R-free 0.224
6W4I APE1 Y269A product complex with abasic DNA 提交 2020-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 43–318（276 aa）
突变：Y269A, C138A MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；24% PEG 3350, 0.1 M Bis Tris Propane (pH 6.5), 0.2 M Sodium Fluoride
分辨率 2.20 Å R-free 0.227
6W4I APE1 Y269A product complex with abasic DNA 提交 2020-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 43–318（276 aa）
突变：Y269A, C138A MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；24% PEG 3350, 0.1 M Bis Tris Propane (pH 6.5), 0.2 M Sodium Fluoride
分辨率 2.20 Å R-free 0.227
6W4T APE1 Y269A phosphorothioate substrate complex with abasic DNA 提交 2020-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 43–318（276 aa）
突变：Y269A, C138A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；27% PEG 3350, 100 mM Bis Tris Propane (pH 6.5), 200 mM Sodium Fluoride
分辨率 2.77 Å R-free 0.274
6W4T APE1 Y269A phosphorothioate substrate complex with abasic DNA 提交 2020-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 43–318（276 aa）
突变：Y269A, C138A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；27% PEG 3350, 100 mM Bis Tris Propane (pH 6.5), 200 mM Sodium Fluoride
分辨率 2.77 Å R-free 0.274
7LPG APE1 product complex with abasic ribonucleotide DNA 提交 2021-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa）
突变：C138A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；200 mM MgCl2, 100 mM Sodium Citrate (pH 5), 10-15% PEG 20,000
分辨率 2.08 Å R-free 0.263
7LPG APE1 product complex with abasic ribonucleotide DNA 提交 2021-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 D 43–318（276 aa）
突变：C138A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；200 mM MgCl2, 100 mM Sodium Citrate (pH 5), 10-15% PEG 20,000
分辨率 2.08 Å R-free 0.263
7LPH APE1 Mn-bound product complex with abasic ribonucleotide DNA 提交 2021-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa）
突变：C138A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；200 mM MgCl2, 100 mM Sodium Citrate (pH 5), 10-15% PEG 20,000
分辨率 1.99 Å R-free 0.237
7LPH APE1 Mn-bound product complex with abasic ribonucleotide DNA 提交 2021-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 D 43–318（276 aa）
突变：C138A MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；200 mM MgCl2, 100 mM Sodium Citrate (pH 5), 10-15% PEG 20,000
分辨率 1.99 Å R-free 0.237
7LPI APE1 phosphorothioate substrate complex with abasic ribonucleotide DNA 提交 2021-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa）
突变：C138A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；50 mM tri-Sodium Citrate (pH 4), 100 mM NaCl, 10% Peg 6,000
分辨率 2.05 Å R-free 0.245
7LPI APE1 phosphorothioate substrate complex with abasic ribonucleotide DNA 提交 2021-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 43–318（276 aa）
突变：C138A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；50 mM tri-Sodium Citrate (pH 4), 100 mM NaCl, 10% Peg 6,000
分辨率 2.05 Å R-free 0.245
7LPJ APE1 Mn-bound phosphorothioate substrate complex with abasic ribonucleotide DNA 提交 2021-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa）
突变：C138A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；50 mM tri-Sodium Citrate (pH 4), 100 mM NaCl, 10% Peg 6,000
分辨率 2.56 Å R-free 0.248
7LPJ APE1 Mn-bound phosphorothioate substrate complex with abasic ribonucleotide DNA 提交 2021-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 43–318（276 aa）
突变：C138A MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；50 mM tri-Sodium Citrate (pH 4), 100 mM NaCl, 10% Peg 6,000
分辨率 2.56 Å R-free 0.248
7MCR Human Apex/Ref1 homodimer formed under oxidative condition 提交 2021-04-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 44–318（275 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；100 mM MES/ sodium hydroxide, 200 mM calcium acetate, 20% W/V PEG 8000
分辨率 1.90 Å R-free 0.233
7MEV Human Apex/Ref1 monomer with C138A mutation 提交 2021-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 44–318（275 aa）
突变：C138A MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；20 %w/v PEG 3350, 200 mM Sodium nitrate
分辨率 1.60 Å R-free 0.196
7SUV APE1 exonuclease substrate complex with 8oxoG opposite A 提交 2021-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 43–318（276 aa）
突变：E96Q, C138A, D210N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293.15 K；7 - 14% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 1.99 Å R-free 0.265
7SUV APE1 exonuclease substrate complex with 8oxoG opposite A 提交 2021-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–318（276 aa）
突变：E96Q, C138A, D210N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293.15 K；7 - 14% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 1.99 Å R-free 0.265
7SVB APE1 exonuclease substrate complex with 8oxoG opposite C 提交 2021-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 43–318（276 aa）
突变：E96Q, C138A, D210N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293.15 K；7 - 14% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.24 Å R-free 0.245
7SVB APE1 exonuclease substrate complex with 8oxoG opposite C 提交 2021-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–318（276 aa）
突变：E96Q, C138A, D210N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293.15 K；7 - 14% PEG20000, 100 mM sodium citrate, 15% glycerol, 5 mM calcium chloride
分辨率 2.24 Å R-free 0.245
7TC2 Human APE1 in complex with 5-nitroindole-2-carboxylic acid 提交 2021-12-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 39–318（280 aa）
未记录 GID 5-nitro-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；PEG3350, Sodium Formate
分辨率 1.43 Å R-free 0.270
7TC2 Human APE1 in complex with 5-nitroindole-2-carboxylic acid 提交 2021-12-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 39–318（280 aa）
未记录 GID 5-nitro-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；PEG3350, Sodium Formate
分辨率 1.43 Å R-free 0.270
7TC2 Human APE1 in complex with 5-nitroindole-2-carboxylic acid 提交 2021-12-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 39–318（280 aa）
未记录 GID 5-nitro-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；PEG3350, Sodium Formate
分辨率 1.43 Å R-free 0.270
7TC2 Human APE1 in complex with 5-nitroindole-2-carboxylic acid 提交 2021-12-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 39–318（280 aa）
未记录 GID 5-nitro-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；PEG3350, Sodium Formate
分辨率 1.43 Å R-free 0.270
7TC3 Human APE1 in the apo form 提交 2021-12-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 39–318（280 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；PEG3350, Sodium Formate
分辨率 1.25 Å R-free 0.178
7TR7 APE1 product complex with abasic ssDNA 提交 2022-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 43–318（276 aa）
突变：C138A MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；0.05M KCl, 0.05M sodium cacodylate pH 6, 10% PEG 8,000, 5mM spermine, 5mM L-Argininamide dihydrochloride
分辨率 2.00 Å R-free 0.215
7TR7 APE1 product complex with abasic ssDNA 提交 2022-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 43–318（276 aa）
突变：C138A MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；0.05M KCl, 0.05M sodium cacodylate pH 6, 10% PEG 8,000, 5mM spermine, 5mM L-Argininamide dihydrochloride
分辨率 2.00 Å R-free 0.215
7U50 APE1 bound to a nucleosome core particle with AP-site at SHL-6 提交 2022-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 1–318（318 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9DP1 APE1 N174A Substrate Complex with Abasic DNA 提交 2024-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 43–318（276 aa）
突变：tr1-42, C138A, N174A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM sodium citrate, pH 5.0, 200 mM magnesium chloride, 16-21% PEG20000
分辨率 2.29 Å R-free 0.251
9DP1 APE1 N174A Substrate Complex with Abasic DNA 提交 2024-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa）
突变：tr1-42, C138A, N174A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM sodium citrate, pH 5.0, 200 mM magnesium chloride, 16-21% PEG20000
分辨率 2.29 Å R-free 0.251
9DP2 APE1 N174A Product Complex with Abasic DNA 提交 2024-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 43–318（276 aa）
突变：tr1-42, C138A, N174A MN MANGANESE (II) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM sodium citrate, pH 5.0, 200 mM magnesium chloride, 16-21% PEG20000
分辨率 1.99 Å R-free 0.203
9DP2 APE1 N174A Product Complex with Abasic DNA 提交 2024-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa）
突变：tr1-42, C138A, N174A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM sodium citrate, pH 5.0, 200 mM magnesium chloride, 16-21% PEG20000
分辨率 1.99 Å R-free 0.203
9DP3 APE1 N174D Product Complex with Abasic DNA 提交 2024-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 43–318（276 aa）
突变：tr1-42, C138A, N174D SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM lithium sulfate, 15-25% PEG3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.274
9DP3 APE1 N174D Product Complex with Abasic DNA 提交 2024-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–318（276 aa）
突变：tr1-42, C138A, N174D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM lithium sulfate, 15-25% PEG3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.274
9DP4 APE1 N174Q Product Complex with Abasic DNA 提交 2024-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 43–318（276 aa）
突变：tr1-42, C138A, N174Q PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM HEPES free acid, 200 mM ammonium acetate, 25% PEG3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.248
9DP4 APE1 N174Q Product Complex with Abasic DNA 提交 2024-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 43–318（276 aa）
突变：tr1-42, C138A, N174Q PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM HEPES free acid, 200 mM ammonium acetate, 25% PEG3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.248
9RQS Human APE1 in complex with DNA 提交 2025-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 39–318（280 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.15 M ammonium sulfate, 0.1 M Na HEPES pH 7, 20% w/v PEG 4000
分辨率 1.70 Å R-free 0.228

共 66 个其他 PDB 条目、123 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 APEX1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 7–285； UniProt 40–318

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6mk3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6mk3
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6mk3
沉积日期 deposition_date2018-09-24
结构标题 titleCrystallographic solvent mapping analysis of DMSO bound to APE1
关键词 keywordsApurinic/apyrimidinic endonuclease, DNA repair, abasic site, solvent mapping, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.63 Å
零角强度 I(0) i017350400.00
分子量 molecular_weight31899.0 kDa
排除体积 excluded_volume40061 ų
包络体积 envelope_volume44640 ų
水化壳体积 shell_volume20373 ų
包络直径 envelope_diameter56.0 Å
壳层 Rg shell_rg24.69 Å
包络 Rg envelope_rg17.97 Å
形状 Rg shape_rg17.59 Å
总 Rg total_rg18.74 Å
总原子数 total_atoms2248
残基数 n_residues281
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.7 Å
Rg (实空间) rg_real18.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7350e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal17350000.0000
解质量估计 total_estimate0.6607
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.4 Å
偏度 Skewness skewness0.046
峰度 Kurtosis kurtosis-0.509
角度范围 angular_range— – 0.4200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4691000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.825; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.374; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6mk3a1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.151 — DNase I-like
超家族 Superfamily superfamilyd.151.1 — DNase I-like
家族 Family familyd.151.1.1 — DNase I-like
结构域编号 domain_idd6mk3a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6mk3A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology10 — Deoxyribonuclease I; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Endonuclease/exonuclease/phosphatase
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)