SAXSdb — 6mlc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase 2C

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Histone H4 × 6 （P62805） ZINC ION × 42 GLYCEROL × 6 UNKNOWN ATOM OR ION × 30 water × 12	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Histone H4 × 6 （P62805） ZINC ION × 42 GLYCEROL × 24 UNKNOWN ATOM OR ION × 12 water × 18	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KMT2C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–92； UniProt 1055–1144 作者链 B； PDB构建体 3–92； UniProt 1055–1144 作者链 C； PDB构建体 3–92； UniProt 1055–1144 作者链 D； PDB构建体 3–92； UniProt 1055–1144

Histone H4

物种未注明

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Histone-lysine N-methyltransferase 2C × 12 （Q8NEZ4） ZINC ION × 42 GLYCEROL × 6 UNKNOWN ATOM OR ION × 30 water × 12	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Histone-lysine N-methyltransferase 2C × 12 （Q8NEZ4） ZINC ION × 42 GLYCEROL × 24 UNKNOWN ATOM OR ION × 12 water × 18	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–20； UniProt 2–21 作者链 F； PDB构建体 1–20； UniProt 2–21

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6mlc
沉积日期 deposition_date	2018-09-27
结构标题 title	PHD6 domain of MLL3 in complex with histone H4
关键词 keywords	MLL3, PHD6, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6mlc__assembly_1__model_1`	octadecameric （18）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
2	1	`6mlc__assembly_2__model_1`	octadecameric （18）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase 2C
分子量 formula_weight	10502.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.43
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	3059

GSVWCRHCGATSAGLRCEWQNNYTQCAPCASLSSCPVCYRNYREEDLILQCRQCDRWMHAVCQNLNTEEEVENVADIGFDCSMCRPYMPASN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	2001.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

SGRGKGGKGLGKGGAKRHRK

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	139

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晶胞边长 a length_a	85.939 Å
晶胞边长 b length_b	85.939 Å
晶胞边长 c length_c	98.733 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 6
空间群编号 int_tables_number	168
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	43.000 Å
R 因子 r_factor	0.1952
R_work r_work	0.1944
R_free r_free	0.2160

PHD6 domain of MLL3 in complex with histone H4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase 2C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

PHD6 domain of MLL3 in complex with histone H4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase 2C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)