6mrp

Structure of the Bovine p85a BH domain R228E mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 78.9 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 110–319 链 B； UniProt 110–319	突变：R228E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；1.5 M Li2SO4, 4% glycerol, 0.1 Sodium Cacodylate buffer	分辨率 2.40 Å R-free 0.225
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 110–319	突变：R228E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；1.5 M Li2SO4, 4% glycerol, 0.1 Sodium Cacodylate buffer	分辨率 2.40 Å R-free 0.225
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 110–319	突变：R228E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；1.5 M Li2SO4, 4% glycerol, 0.1 Sodium Cacodylate buffer	分辨率 2.40 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6MRP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BFI SOLUTION STRUCTURE OF THE C-TERMINAL SH2 DOMAIN OF THE P85ALPHA REGULATORY SUBUNIT OF PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE, NMR, 30 STRUCTURES 提交 1997-11-18	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 614–724（111 aa）片段：C TERMINAL SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；290 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM；压力 1	分辨率未提供
1BFJ SOLUTION STRUCTURE OF THE C-TERMINAL SH2 DOMAIN OF THE P85ALPHA REGULATORY SUBUNIT OF PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-11-18	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 614–724（111 aa）片段：C TERMINAL SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；290 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM；压力 1	分辨率未提供
1OO3 P395S mutant of the p85 regulatory subunit of the N-terminal src homology 2 domain of PI3-Kinase 提交 2003-03-03	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 321–431（111 aa）片段：p85 N-SH2	突变：P395S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1M KCl；压力 ambient NMR样品组成 1.5mM P395S-15N,13C, 0.1M KCl \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1OO4 P395S mutant of the p85 regulatory subunit of the N-terminal src homology 2 domain of PI3-Kinase complexed to a peptide derived from PDGFr 提交 2003-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 321–431（111 aa）片段：p85 N-SH2	突变：P395S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1M KCl；压力 ambient NMR样品组成 1.5mM P395S-15N, 13C, 0.1M KCl \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1PNJ SOLUTION STRUCTURE AND LIGAND-BINDING SITE OF THE SH3 DOMAIN OF THE P85ALPHA SUBUNIT OF PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE 提交 1993-07-19	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–84（84 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1QAD Crystal Structure of the C-Terminal SH2 Domain of the P85 alpha Regulatory Subunit of Phosphoinositide 3-Kinase: An SH2 domain mimicking its own substrate 提交 1999-02-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 614–724（111 aa）片段：C-TERMINAL SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 SPONTANEOUS CRYSTALLISATION；pH 7.5；277 K；TRIS-HCL, NACL, EDTA, DTT, pH 7.5, SPONTANEOUS CRYSTALLISATION, temperature 277.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.236
2PNA STRUCTURE OF AN SH2 DOMAIN OF THE P85 ALPHA SUBUNIT OF PHOSPHATIDYLINOSITOL-3-OH KINASE 提交 1992-06-30	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 328–431（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2PNB STRUCTURE OF AN SH2 DOMAIN OF THE P85 ALPHA SUBUNIT OF PHOSPHATIDYLINOSITOL-3-OH KINASE 提交 1992-06-30	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 328–431（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2PNI SOLUTION STRUCTURE AND LIGAND-BINDING SITE OF THE SH3 DOMAIN OF THE P85ALPHA SUBUNIT OF PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE 提交 1993-07-19	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–84（84 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
5DXH p110alpha/p85alpha with compound 5 提交 2015-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–599（169 aa）片段：UNP residues 431-599	未记录	5H2 methyl {2-[4-(2-chlorophenyl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]-4,5-dihydrothieno[3,2-d][1]benzoxepin-8-yl}carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 20000	分辨率 3.00 Å R-free 0.218
5DXH p110alpha/p85alpha with compound 5 提交 2015-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 431–599（169 aa）片段：UNP residues 431-599	未记录	5H2 methyl {2-[4-(2-chlorophenyl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]-4,5-dihydrothieno[3,2-d][1]benzoxepin-8-yl}carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 20000	分辨率 3.00 Å R-free 0.218
5DXU p110delta/p85alpha with GDC-0326 提交 2015-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–599（169 aa）片段：UNP residues 431-599	未记录	5H5 (2S)-2-({2-[1-(propan-2-yl)-1H-1,2,4-triazol-5-yl]-5,6-dihydroimidazo[1,2-d][1,4]benzoxazepin-9-yl}oxy)propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG	分辨率 2.64 Å R-free 0.284
5T8F p110delta/p85alpha with taselisib (GDC-0032) 提交 2016-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–599（169 aa）片段：PI3-KINASE P110 DELTA AND P85 FRAGMENT	未记录	799 2-methyl-2-(4-{2-[3-methyl-1-(propan-2-yl)-1H-1,2,4-triazol-5-yl]-5,6-dihydroimidazo[1,2-d][1,4]benzoxazepin-9-yl}-1H-pyrazol-1-yl)propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG	分辨率 2.91 Å R-free 0.304
6D81 Structure of the Bovine p85a BH domain 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–302（193 aa）链 B 110–302（193 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, pH 6.0, 100mM Na Cacodylate	分辨率 2.25 Å R-free 0.213
6D81 Structure of the Bovine p85a BH domain 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–302（193 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, pH 6.0, 100mM Na Cacodylate	分辨率 2.25 Å R-free 0.213
6D81 Structure of the Bovine p85a BH domain 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 110–302（193 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, pH 6.0, 100mM Na Cacodylate	分辨率 2.25 Å R-free 0.213
6D82 Structure of the Bovine p85a BH domain 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–302（193 aa）片段：residues 110-302 链 B 110–302（193 aa）片段：residues 110-302	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, 100mM Na Cacodylate pH 6.0	分辨率 2.41 Å R-free 0.228
6D82 Structure of the Bovine p85a BH domain 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 110–302（193 aa）片段：residues 110-302	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, 100mM Na Cacodylate pH 6.0	分辨率 2.41 Å R-free 0.228
6D82 Structure of the Bovine p85a BH domain 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–302（193 aa）片段：residues 110-302	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, 100mM Na Cacodylate pH 6.0	分辨率 2.41 Å R-free 0.228
6D85 Structure of the Bovine p85a BH domain E217K mutant 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–302（193 aa）片段：residues 110-302 链 B 110–302（193 aa）片段：residues 110-302	突变：E217K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E217K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, 100 mM Na Cacodylate, pH 6.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6D85 Structure of the Bovine p85a BH domain E217K mutant 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 110–302（193 aa）片段：residues 110-302	突变：E217K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, 100 mM Na Cacodylate, pH 6.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6D85 Structure of the Bovine p85a BH domain E217K mutant 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–302（193 aa）片段：residues 110-302	突变：E217K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, 100 mM Na Cacodylate, pH 6.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6D86 Structure of the Bovine p85a BH domain 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–302（193 aa）链 B 110–302（193 aa）	突变：E297K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E297K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, 100 mM Na Cacodylate, pH 6.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.214
6D87 Structure of the Bovine p85alpha BH domain, R262T mutant 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–302（193 aa）链 B 110–302（193 aa）	突变：R262T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：R262T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, 100 mM Na Cacodylate, pH 6.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.238
6G6W HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH LIGAND LASW1976 提交 2018-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–599（169 aa）片段：UNP residues 431-599	未记录	EO5 ~{N}-[3-[4-[[(1~{S})-1-(5-methyl-4-oxidanylidene-3-phenyl-pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-2-yl)ethyl]amino]-7~{H}-pyrrolo[ 2,3-d]pyrimidin-5-yl]-5-oxidanyl-phenyl]methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG	分辨率 2.72 Å R-free 0.260
6OCO HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 6 提交 2019-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–600（170 aa）	未记录	M5V 4-[(1S,4S)-5-(3-chlorophenyl)-2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]-2-(pyridin-3-yl)pyrimidine-5-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；16.60 % PEG6000 0.10 M KCl 0.10 M MES pH=6.00	分辨率 2.58 Å R-free 0.296
6OCU HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 29 提交 2019-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–600（170 aa）	未记录	M5D 5-{(3R)-3-methyl-4-[(1R,2R)-2-methylcyclopropane-1-carbonyl]piperazin-1-yl}-3-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)pyrazine-2-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；16% PEG6000 0.10 M KCl 0.10 M MES pH 6.0	分辨率 2.77 Å R-free 0.287
6R4R Cryo-EM Structure of the PI3-Kinase SH3 Domain Amyloid Fibril 提交 2019-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–84（84 aa）链 B 1–84（84 aa）链 C 1–84（84 aa）链 D 1–84（84 aa）链 E 1–84（84 aa）链 F 1–84（84 aa）链 G 1–84（84 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 2.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7JIS HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 2F 提交 2020-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–599（169 aa）	未记录	VBS (3S)-3-benzyl-5-[9-ethyl-8-(2-methylpyrimidin-5-yl)-9H-purin-6-yl]-3-methyl-1,3-dihydro-2H-indol-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES pH 6.0	分辨率 2.42 Å R-free 0.267
8BCY HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 13 提交 2022-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–599（169 aa）	未记录	I3H 9-[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]-2-(3-hydroxyphenyl)-8-oxidanylidene-7~{H}-purine-6-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES	分辨率 2.43 Å R-free 0.263
8S3R HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH PYRIDAZINONE INHIBITOR 7 提交 2024-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–599（169 aa）	未记录	A1H48 5-[(1~{S})-1-[4-azanyl-3-(5-oxidanylpyridin-3-yl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]ethyl]-4-cyclopentyl-2-(phenylmethyl)pyridazin-3-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES	分辨率 2.28 Å R-free 0.270
9GCF HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH ISOCUMARIN INHIBITOR CHF-6523 提交 2024-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–600（170 aa）	未记录	A1IJ5 3-[(1S)-1-[4-azanyl-3-(5-oxidanylpyridin-3-yl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]ethyl]-4-[3-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]phenyl]isochromen-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES	分辨率 2.89 Å R-free 0.296
9GDI HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH ISOCUMARIN INHIBITOR 10 提交 2024-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–600（170 aa）	未记录	A1IJ1 3-[(1S)-1-[4-azanyl-3-(3-fluoranyl-5-oxidanyl-phenyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]ethyl]-4-(1-methyl-3,6-dihydro-2H-pyridin-4-yl)isochromen-1-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES	分辨率 2.81 Å R-free 0.299
9L3R Human PI3KDELTA in complex with Zandelisib 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–600（170 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	A1L62 Zandelisib × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；283.15 K；10% PEG 4000, 100 mM KCl, 1 mM TCEP neutral pH, 10 mM CaCl2, 100 mM MES pH 5.8	分辨率 2.50 Å R-free 0.278

共 27 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P85A_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 11–220； UniProt 110–319 作者链 B； PDB构建体 11–220； UniProt 110–319

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6mrp
沉积日期 deposition_date	2018-10-15
结构标题 title	Structure of the Bovine p85a BH domain R228E mutant
关键词 keywords	GAP protein, SIGNALLING PROTEIN, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.44 Å
零角强度 I(0) i0	24086700.00
分子量 molecular_weight	40303.0 kDa
排除体积 excluded_volume	51726 Å³
包络体积 envelope_volume	61927 Å³
水化壳体积 shell_volume	22058 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.6 Å
壳层 Rg shell_rg	30.35 Å
包络 Rg envelope_rg	24.38 Å
形状 Rg shape_rg	24.38 Å
总 Rg total_rg	25.42 Å
总原子数 total_atoms	5768
残基数 n_residues	359
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.9 Å
Rg (实空间) rg_real	25.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24090000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9042
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.302
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.667
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3197000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.951

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6mrpa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.116 — GTPase activation domain, GAP
超家族 Superfamily superfamily	a.116.1 — GTPase activation domain, GAP
家族 Family family	a.116.1.1 — BCR-homology GTPase activation domain (BH-domain)

结构域编号 domain_id	d6mrpb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.116 — GTPase activation domain, GAP
超家族 Superfamily superfamily	a.116.1 — GTPase activation domain, GAP
家族 Family family	a.116.1.1 — BCR-homology GTPase activation domain (BH-domain)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6mrpA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	555 — Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rho GTPase activation protein

结构域编号 domain_id	6mrpB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	555 — Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rho GTPase activation protein

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	85.187 Å
晶胞边长 b length_b	92.697 Å
晶胞边长 c length_c	93.117 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.403 Å
最低分辨率 resolution_low	46.559 Å
R 因子 r_factor	0.1860
R_work r_work	0.1841
R_free r_free	0.2247

描述 description	Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
分子量 formula_weight	24476.0 kDa
突变 mutation	R228E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	5874

Structure of the Bovine p85a BH domain R228E mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	Bovine
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	106

fit	/app/data/saxs_computation/mr/6mrp/6mrp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mr/6mrp/6mrp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mr/6mrp/6mrp.dat