6n3p

Crosslinked AcpP=FabZ complex from E. coli Type II FAS

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 119.7 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–150 链 B； UniProt 1–150 链 C； UniProt 1–150 链 D； UniProt 1–150 链 E； UniProt 1–150 链 F； UniProt 1–150	未记录	Acyl carrier protein × 6 （B7MJ81） XLN N~3~-{(2R)-4-[(dihydroxyphosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-N-(3-{[(1Z)-pent-1-en-1-yl]sulfonyl}propyl)-beta-alaninamide × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bis-Tris pH 6.5, 200 mM MgCl2, 19% PEG 3350, 1:1 mix of 9.5 mg/mL protein and reservoir solution.	分辨率 2.50 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FABZ_ECO45
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–153； UniProt 1–150 作者链 B； PDB构建体 4–153； UniProt 1–150 作者链 C； PDB构建体 4–153； UniProt 1–150 作者链 D； PDB构建体 4–153； UniProt 1–150 作者链 E； PDB构建体 4–153； UniProt 1–150 作者链 F； PDB构建体 4–153； UniProt 1–150

Acyl carrier protein

Escherichia coli

UniProt B7MJ81

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 2–78 链 H； UniProt 2–78 链 I； UniProt 2–78 链 J； UniProt 2–78 链 K； UniProt 2–78 链 L； UniProt 2–78	未记录	3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ × 6 （B7MBG1） XLN N~3~-{(2R)-4-[(dihydroxyphosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-N-(3-{[(1Z)-pent-1-en-1-yl]sulfonyl}propyl)-beta-alaninamide × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bis-Tris pH 6.5, 200 mM MgCl2, 19% PEG 3350, 1:1 mix of 9.5 mg/mL protein and reservoir solution.	分辨率 2.50 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6N3P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5KOF Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabB, and Acyl Carrier Protein, AcpP 提交 2016-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–78（78 aa）链 D 1–78（78 aa）	未记录	6W5 [(3~{S})-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-4-[[3-oxidanylidene-3-[2-(prop-2-enoylamino)ethylamino]propyl]amino]butyl] dihydrogen phosphate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；298 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate pH 5.4, 20% PEG 4000	分辨率 2.40 Å R-free 0.229
5VCB Crystal structure of holo-(acyl-carrier-protein) synthase:holo(acyl-carrier-protein) complex from Escherichia Coli. 提交 2017-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 d 2–78（77 aa）链 e 2–78（77 aa）链 f 2–78（77 aa）	未记录	PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM Bis-Tris propane, pH 7.0 18-22% PEG 6k or 18-22% PEG 10k	分辨率 4.10 Å R-free 0.297
5VCB Crystal structure of holo-(acyl-carrier-protein) synthase:holo(acyl-carrier-protein) complex from Escherichia Coli. 提交 2017-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 2–78（77 aa）链 K 2–78（77 aa）链 L 2–78（77 aa）	未记录	PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM Bis-Tris propane, pH 7.0 18-22% PEG 6k or 18-22% PEG 10k	分辨率 4.10 Å R-free 0.297
5VCB Crystal structure of holo-(acyl-carrier-protein) synthase:holo(acyl-carrier-protein) complex from Escherichia Coli. 提交 2017-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P 2–78（77 aa）链 Q 2–78（77 aa）链 R 2–78（77 aa）	未记录	PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM Bis-Tris propane, pH 7.0 18-22% PEG 6k or 18-22% PEG 10k	分辨率 4.10 Å R-free 0.297
5VCB Crystal structure of holo-(acyl-carrier-protein) synthase:holo(acyl-carrier-protein) complex from Escherichia Coli. 提交 2017-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 2–78（77 aa）链 E 2–78（77 aa）链 F 2–78（77 aa）	未记录	PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM Bis-Tris propane, pH 7.0 18-22% PEG 6k or 18-22% PEG 10k	分辨率 4.10 Å R-free 0.297
5VCB Crystal structure of holo-(acyl-carrier-protein) synthase:holo(acyl-carrier-protein) complex from Escherichia Coli. 提交 2017-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 V 2–78（77 aa）链 W 2–78（77 aa）链 X 2–78（77 aa）	未记录	PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM Bis-Tris propane, pH 7.0 18-22% PEG 6k or 18-22% PEG 10k	分辨率 4.10 Å R-free 0.297
5WGB Crystal Structure of the Human mitochondrial Cysteine Desulfurase in complex with ISD11 and E. coli ACP1 protein at 2.75A 提交 2017-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–78（77 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；285 K；0.1 M MES pH 6.5 0.3 M Ammonium Acetate 20 mM Calcium Acetate 20 mM CaCl2 19 % isopropanol	分辨率 2.75 Å R-free 0.255
5WKP Crystal Structure of the Human mitochondrial Cysteine Desulfurase in complex with ISD11 and Iron-Sulfur Cluster Scaffold Protein ISCU1, and E. coli ACP1 protein at 3.15A 提交 2017-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 2–78（77 aa）链 G 2–78（77 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；285 K；0.1 M MES pH 7 15 % PEG 3350	分辨率 3.15 Å R-free 0.242
5WLW Crystal Structure of the Human Mitochondrial Cysteine Desulfurase with active Cysteine Loop within ISCU1 active site, coordinating Zn ion. Complexed with human ISD11 and E. coli ACP1 at 3.3A. 提交 2017-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 2–78（77 aa）链 G 2–78（77 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；285 K；0.1 M MES pH 7.0 15 % PEG 3350	分辨率 3.32 Å R-free 0.255
6DFL WaaP in complex with acyl carrier protein 提交 2018-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–74（72 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	G9S S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] hexadecanethioate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM HEPES pH 7.4, 5% Jeffamine M-600	分辨率 2.40 Å R-free 0.269
6UXE Structure of the human mitochondrial desulfurase complex Nfs1-ISCU2(M140I)-ISD11 with E.coli ACP1 at 1.57 A resolution showing flexibility of N terminal end of ISCU2 提交 2019-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 2–78（77 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 12 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 100 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 22 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 P15 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 2 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 6 EDT {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；288 K；0.1 M MES pH 6.0-6.5, 22% PEG400	分辨率 1.57 Å R-free 0.180
6W1D Structure of human mitochondrial complex Nfs1-ISCU2 (WT)-ISD11 with E.coli ACP1 at 1.8 A resolution (NIAU)2 提交 2020-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 2–78（77 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 12 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 96 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 22 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 P15 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 2 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 6 EDT {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；288 K；0.1 M MES pH 6.0-6.5 22 % PEG 400	分辨率 1.79 Å R-free 0.189
6WI2 Structure of human mitochondrial complex Nfs1-ISCU2-ISD11 with E.coli ACP1 at 1.95 A resolution (NIAU)2. N-terminal mutation of ISCU2 (L35) traps Nfs1 Cys loop in the active site of ISCU2 without metal present. 提交 2020-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–78（77 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 36 GOL GLYCEROL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 10 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 ETE 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 EDT {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 1 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；288 K；0.1 M MES pH 5.5 22.5 % PEG 400	分辨率 1.95 Å R-free 0.185
6WIH N-terminal mutation of ISCU2 (L35H36) traps Nfs1 Cys loop in the active site of ISCU2 without metal present. Structure of human mitochondrial complex Nfs1-ISCU2(L35H36)-ISD11 with E.coli ACP1 at 1.9 A resolution (NIAU)2. 提交 2020-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–78（77 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 38 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 P15 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 EDT {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 1 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；288 K；0.1 M MES pH 5.5 22.5 % PEG 400	分辨率 1.90 Å R-free 0.186
7RTK Structure of the (NIAU)2 complex with N-terminal mutation of ISCU2 Y35D at 2.5 A resolution 提交 2021-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 2–78（77 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 58 GOL GLYCEROL × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 16 P15 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 2 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 6 EDT {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；288 K；0.1 M MES pH 5.5 22.5 % PEG 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.214
7SQI Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabB, and C14-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP 提交 2021-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–78（78 aa）链 D 1–78（78 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 A7V N-{2-[(2Z)-3-chlorotetradec-2-enamido]ethyl}-N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alaninamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；281 K；20% PEG 8000, 0.3 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
7SZ9 Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabB, and C16:1-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP 提交 2021-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–78（77 aa）链 D 2–78（77 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 DJ5 N~3~-{(2R)-4-[(dihydroxyphosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-N-(2-{[(9Z)-hexadec-9-enoyl]amino}ethyl)-beta-alaninamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；281 K；20% PEG 8000, 0.3 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
8DLE Crosslinked Crystal Structure of the 8-amino-7-oxonanoate synthase, BioF, and Benzene Sulfonyl Fluoride-crypto Acyl Carrier Protein, BSF-ACP 提交 2022-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–78（78 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 3 SWC N-{(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-[(trihydroxy-lambda~5~-phosphanyl)oxy]butanoyl}-beta-alanyl-N-(2-{4-[fluoro(dihydroxy)-lambda~4~-sulfanyl]phenyl}ethyl)-beta-alaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289.15 K；1.5 M ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.246

共 14 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACP_ECO45
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 4–80； UniProt 2–78 作者链 H； PDB构建体 4–80； UniProt 2–78 作者链 I； PDB构建体 4–80； UniProt 2–78 作者链 J； PDB构建体 4–80； UniProt 2–78 作者链 K； PDB构建体 4–80； UniProt 2–78 作者链 L； PDB构建体 4–80； UniProt 2–78

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6n3p
沉积日期 deposition_date	2018-11-15
结构标题 title	Crosslinked AcpP=FabZ complex from E. coli Type II FAS
关键词 keywords	Fatty acid biosynthsis, FAS, dehydratase, crosslinking, acyl carrier protein, ACP, FabZ, AcpP, E. coli, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.29 Å
零角强度 I(0) i0	325829000.00
分子量 molecular_weight	150040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	189390 Å³
包络体积 envelope_volume	246800 Å³
水化壳体积 shell_volume	55658 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.4 Å
壳层 Rg shell_rg	42.79 Å
包络 Rg envelope_rg	37.01 Å
形状 Rg shape_rg	36.29 Å
总 Rg total_rg	36.73 Å
总原子数 total_atoms	10543
残基数 n_residues	1314
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.7 Å
Rg (实空间) rg_real	37.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	325800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8953
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.246
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.572
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	57500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.885

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
分子量 formula_weight	17327.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.59
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	10775

SNAMTTNTHTLQIEEILELLPHRFPFLLVDRVLDFEEGRFLRAVKNVSVNEPFFQGHFPGKPIFPGVLILEAMAQATGILAFKSVGKLEPGELYYFAGIDEARFKRPVVPGDQMIMEVTFEKTRRGLTRFKGVALVDGKVVCEATMMCARSREA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Acyl carrier protein
分子量 formula_weight	8786.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

SNASTIEERVKKIIGEQLGVKQEEVTNNASFVEDLGADSLDTVELVMALEEEFDTEIPDEEAEKITTVQAAIDYINGHQA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;N~3~-{(2R)-4-[(dihydroxyphosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-N-(3-{[(1Z)-pent-1-en-1-yl]sulfonyl}propyl)-beta-alaninamide ;
分子量 formula_weight	456.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	58

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d6n3pa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6n3pb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6n3pc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6n3pd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6n3pe_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6n3pf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6n3pg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.1 — ACP-like
家族 Family family	a.28.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6n3ph_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.1 — ACP-like
家族 Family family	a.28.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6n3pi1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.1 — ACP-like
家族 Family family	a.28.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6n3pi2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6n3pj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.1 — ACP-like
家族 Family family	a.28.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6n3pk1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.1 — ACP-like
家族 Family family	a.28.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6n3pk2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6n3pl_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.1 — ACP-like
家族 Family family	a.28.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6n3pA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

结构域编号 domain_id	6n3pB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

结构域编号 domain_id	6n3pC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

结构域编号 domain_id	6n3pD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

结构域编号 domain_id	6n3pE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

结构域编号 domain_id	6n3pF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	65.136 Å
晶胞边长 b length_b	136.185 Å
晶胞边长 c length_c	152.272 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	49.495 Å
R 因子 r_factor	0.2115
R_work r_work	0.2097
R_free r_free	0.2568

fit	/app/data/saxs_computation/n3/6n3p/6n3p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n3/6n3p/6n3p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n3/6n3p/6n3p.dat

Crosslinked AcpP=FabZ complex from E. coli Type II FAS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Acyl carrier protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)