SAXSdb — 6ndz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Frizzled-8

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 32–150	突变：N49Q	Designed repeat binding protein × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 ACT ACETATE ION × 3 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPE, pH 7.5 and 55% MPD	分辨率 2.26 Å R-free 0.238
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 32–150	突变：N49Q	Designed repeat binding protein × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPE, pH 7.5 and 55% MPD	分辨率 2.26 Å R-free 0.238
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 32–150	突变：N49Q	Designed repeat binding protein × 1 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPE, pH 7.5 and 55% MPD	分辨率 2.26 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6NDZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
21KR A Wnt3a/Fzd8-CRD/LRP6-E3E4 complex with FKBP 提交 2025-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 31–155（125 aa）链 D 31–155（125 aa）链 G 31–155（125 aa）链 H 31–155（125 aa）链 I 31–155（125 aa）	突变：C178S 突变：C178S 突变：C178S 突变：C178S 突变：C178S	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
21KS A Wnt3a/Fzd8-CRD/LRP6-E3E4-LA complex with FKBP 提交 2025-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 31–155（125 aa）链 D 31–155（125 aa）链 G 31–155（125 aa）链 H 31–155（125 aa）链 I 31–155（125 aa）	突变：C178S 突变：C178S 突变：C178S 突变：C178S 突变：C178S	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.01 Å
21KT Wnt3a signalosome extracellular complex 提交 2025-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 31–155（125 aa）链 D 31–155（125 aa）链 G 31–155（125 aa）链 H 31–155（125 aa）	突变：Q159A,E161A,C178S,Q221A 突变：Q159A,E161A,C178S,Q221A 突变：Q159A,E161A,C178S,Q221A 突变：Q159A,E161A,C178S,Q221A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.33 Å
5UN5 Frizzled-8 complex with designed surrogate Wnt agonist, crystal form 1 提交 2017-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 28–150（123 aa）片段：UNP residues 28-150 链 B 28–150（123 aa）片段：UNP residues 28-150	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；42-49% PEG 400, 0.1 M Tris pH 7.8-8.2, 0.2 M NaCl	分辨率 2.99 Å R-free 0.250
5UN6 Frizzled-8 complex with designed surrogate Wnt agonist, A1 dataset 提交 2017-01-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–150（123 aa）片段：UNP residues 28-150	突变：Q22N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；20% PEG 3000, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.247
5UN6 Frizzled-8 complex with designed surrogate Wnt agonist, A1 dataset 提交 2017-01-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–150（123 aa）片段：UNP residues 28-150	突变：Q22N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；20% PEG 3000, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.247
5UN6 Frizzled-8 complex with designed surrogate Wnt agonist, A1 dataset 提交 2017-01-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 28–150（123 aa）片段：UNP residues 28-150	突变：Q22N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；20% PEG 3000, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.247
5UN6 Frizzled-8 complex with designed surrogate Wnt agonist, A1 dataset 提交 2017-01-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 28–150（123 aa）片段：UNP residues 28-150	突变：Q22N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；20% PEG 3000, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.247
8X0T Frizzled8 CRD in complex with pF8_AC3 Fab 提交 2023-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–153（124 aa）	突变：N49Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；32% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M MgCl2	分辨率 2.50 Å R-free 0.290

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FZD8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–119； UniProt 32–150 作者链 C； PDB构建体 1–119； UniProt 32–150 作者链 E； PDB构建体 1–119； UniProt 32–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ndz
沉积日期 deposition_date	2018-12-14
结构标题 title	Designed repeat protein in complex with Fz8
关键词 keywords	Frizzled, Designed protein, BIOSYNTHETIC PROTEIN, BIOSYNTHETIC PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex; BIOSYNTHETIC PROTEIN/SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.86 Å
零角强度 I(0) i0	165119000.00
分子量 molecular_weight	101060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	126010 Å³
包络体积 envelope_volume	165640 Å³
水化壳体积 shell_volume	41356 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.4 Å
壳层 Rg shell_rg	39.96 Å
包络 Rg envelope_rg	33.26 Å
形状 Rg shape_rg	33.85 Å
总 Rg total_rg	34.37 Å
总原子数 total_atoms	7067
残基数 n_residues	931
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.7 Å
Rg (实空间) rg_real	34.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	165100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9085
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.186
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.641
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13490000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.956; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.941

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Frizzled-8
分子量 formula_weight	14602.7 kDa
突变 mutation	N49Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	7282

ELACQEITVPLCKGIGYQYTYMPNQFNHDTQDEAGLEVHQFWPLVEIQCSPDLKFFLCSMYTPICLEDYKKPLPPCRSVCERAKAGCAPLMRQYGFAWPDRMRCDRLPEQGNPDTLCMDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Designed repeat binding protein
分子量 formula_weight	20862.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

MGSELGKRLIMAALDGNKDRVKDLIENGADVNASLVSGATPLHAAAMNGHKEVVKLLISKGADVNAQSAAGSTPLAAAAINGHKEVVKLLISKGADVNAVTAAGMTPLHAAAANGHKEVVKLLISKGADVNAKADRGMTPLHFAAWRGHKEVVKLLISKGADLNTSAKDGATPLDMARESGNEEVVKLLEKQLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	215

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6ndzB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

结构域编号 domain_id	6ndzD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

结构域编号 domain_id	6ndzF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.930 Å
晶胞边长 b length_b	109.015 Å
晶胞边长 c length_c	114.373 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.264 Å
最低分辨率 resolution_low	42.778 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2118
R_free r_free	0.2377

fit	/app/data/saxs_computation/nd/6ndz/6ndz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nd/6ndz/6ndz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nd/6ndz/6ndz.dat

Designed repeat protein in complex with Fz8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Frizzled-8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)