SAXSdb — 6new

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proto-oncogene vav

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 170–575	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294 K；16-22% (v/v) Ethylene Glycol, 0.1M TRIS pH 7.3, and 15% (w/v) Polyethylene Glycol 8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6NEW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2CRH Solution structure of the SH2 domain of human proto-oncogene protein VAV1 提交 2005-05-20	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 629–775（147 aa）片段：SH2 (residues 1-138)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120 mM；压力 ambient NMR样品组成 1.15mM 13C,15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LCT Solution structure of the Vav1 SH2 domain complexed with a Syk-derived doubly phosphorylated peptide 提交 2011-05-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 664–767（104 aa）片段：SH2 domain residues 664-767	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient NMR样品组成 1.1 mM [U-13C; U-15N] protein, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 1.1 mM peptide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MC1 Solution structure of the Vav1 SH2 domain complexed with a Syk-derived singly phosphorylated peptide 提交 2013-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 664–767（104 aa）片段：SH2 domain (UNP residues 664-767)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 1 mM peptide, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2ROR Solution structure of the VAV1 SH2 domain complexed with a tyrosine-phosphorylated peptide from SLP76 提交 2008-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 629–775（147 aa）片段：SH2 domain, UNP residues 629-775	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient NMR样品组成 1.08mM [U-13C; U-15N] Proto-oncogene vav; 1.08mM tyrosine-phosphorylated peptide; 20mM [U-2H] TRIS; 100mM sodium chloride; 0.02% sodium azide; 1mM [U-2H] DTT; 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3BJI Structural Basis of Promiscuous Guanine Nucleotide Exchange by the T-Cell Essential Vav1 提交 2007-12-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 189–565（377 aa）片段：Vav1 DH/PH/CRD	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；17% PEG-3350, 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.293
3BJI Structural Basis of Promiscuous Guanine Nucleotide Exchange by the T-Cell Essential Vav1 提交 2007-12-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 189–565（377 aa）片段：Vav1 DH/PH/CRD	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；17% PEG-3350, 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.293
3KY9 Autoinhibited Vav1 提交 2009-12-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–584（583 aa）片段：CH-DH-PH-C1 DOMAINS	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.02 M TRIS, 0.05 M NACL, 5% GLYCEROL, 2 mM TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.73 Å R-free 0.271
3KY9 Autoinhibited Vav1 提交 2009-12-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–584（583 aa）片段：CH-DH-PH-C1 DOMAINS	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.02 M TRIS, 0.05 M NACL, 5% GLYCEROL, 2 mM TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.73 Å R-free 0.271
6NF1 Vav1 inhibited by an allosteric inhibitor: Vav1 inhibitors block GEF activity 提交 2018-12-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–575（574 aa）	未记录	9JY (2S)-3-[(3S)-1-(ethylsulfonyl)piperidin-3-yl]-2-{[3-(4-methylphenyl)imidazo[1,2-a]pyrazin-8-yl]amino}propan-1-ol × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294 K；16-22% (v/v) Ethylene Glycol, 0.1M TRIS pH 7.3, and 15% (w/v) Polyethylene Glycol 8000.	分辨率 2.60 Å R-free 0.233
6NFA Vav1 inhibited by an allosteric inhibitor: Vav1 inhibitors block GEF activity 提交 2018-12-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 170–575（406 aa）片段：UNP residues 170-575	未记录	ZN ZINC ION × 2 9K1 (2S)-2-{[3-(4-methylphenyl)imidazo[1,2-a]pyrazin-8-yl]amino}-3-(pyridin-3-yl)propan-1-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294 K；16-22% v/v ethylene glycol, 0.1 M Tris, pH 7.3, 15% w/v PEG8000	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
9NFR Crystal structure of CRBN-DDB1 and MRT-23227 in complex with VAV1 提交 2025-02-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 782–839（58 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1BYX (3R)-3-{2-chloro-4'-[(1-methyl-1H-pyrazol-3-yl)methoxy][1,1'-biphenyl]-3-yl}piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.6 % PEG Smear Low, 6.1 % PEG Smear Medium, 4.3 % PEG Smear High, 5 % glycerol, 0.1 M CaCl2, and 0.1 M MES pH 5.8	分辨率 3.40 Å R-free 0.271

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VAV_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 16–421； UniProt 170–575

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6new
沉积日期 deposition_date	2018-12-18
结构标题 title	Apo structure of the activated truncation of Vav1
关键词 keywords	GEF, Rac, Vav1, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.54 Å
零角强度 I(0) i0	35326000.00
分子量 molecular_weight	44405.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54941 Å³
包络体积 envelope_volume	71172 Å³
水化壳体积 shell_volume	23133 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.0 Å
壳层 Rg shell_rg	32.81 Å
包络 Rg envelope_rg	26.41 Å
形状 Rg shape_rg	26.54 Å
总 Rg total_rg	27.27 Å
总原子数 total_atoms	3108
残基数 n_residues	389
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.1 Å
Rg (实空间) rg_real	27.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4270e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	35330000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9081
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	26.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.231
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.714
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5731000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.970; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.936

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Proto-oncogene vav
分子量 formula_weight	49679.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3313

MGKHHHHHHENLYFQGDEIYEDLMRSEPVSMPPKMTEYDKRCCCLREIQQTEEKYTDTLGSIQQHFLKPLQRFLKPQDIEIIFINIEDLLRVHTHFLKEMKEALGTPGAANLYQVFIKYKERFLVYGRYCSQVESASKHLDRVAAAREDVQMKLEECSQRANNGRFTLRDLLMVPMQRVLKYHLLLQELVKHTQEAMEKENLRLALDAMRDLAQCVNEVKRDNETLRQITNFQLSIENLDQSLAHYGRPKIDGELKITSVERRSKMDRYAFLLDKALLICKRRGDSYDLKDFVNLHSFQVRDDSSGDRDNKKWSHMFLLIEDQGAQGYELFFKTRELKKKWMEQFEMAISNIYPENATANGHDFQMFSFEETTSCKACQMLLRGTFYQGYRCHRCRASAHKECLGRVPPCGRHGQDFPGTM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	195

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6newA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	900 — Dbl Homology Domain; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dbl homology (DH) domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	36.925 Å
晶胞边长 b length_b	67.693 Å
晶胞边长 c length_c	178.560 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	44.700 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2570

fit	/app/data/saxs_computation/ne/6new/6new.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ne/6new/6new.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ne/6new/6new.dat

Apo structure of the activated truncation of Vav1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proto-oncogene vav

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction