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6nf1

Vav1 inhibited by an allosteric inhibitor: Vav1 inhibitors block GEF activity

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 83.8 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proto-oncogene vav

Homo sapiens

UniProt P15498

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–575 未记录 9JY (2S)-3-[(3S)-1-(ethylsulfonyl)piperidin-3-yl]-2-{[3-(4-methylphenyl)imidazo[1,2-a]pyrazin-8-yl]amino}propan-1-ol × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294 K；16-22% (v/v) Ethylene Glycol, 0.1M TRIS pH 7.3, and 15% (w/v) Polyethylene Glycol 8000. 分辨率 2.60 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6NF1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2CRH Solution structure of the SH2 domain of human proto-oncogene protein VAV1 提交 2005-05-20 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 629–775（147 aa） 片段：SH2 (residues 1-138)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120 mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.15mM 13C,15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LCT Solution structure of the Vav1 SH2 domain complexed with a Syk-derived doubly phosphorylated peptide 提交 2011-05-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 664–767（104 aa） 片段：SH2 domain residues 664-767
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient
NMR样品组成 1.1 mM [U-13C; U-15N] protein, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 1.1 mM peptide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2MC1 Solution structure of the Vav1 SH2 domain complexed with a Syk-derived singly phosphorylated peptide 提交 2013-08-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 664–767（104 aa） 片段：SH2 domain (UNP residues 664-767)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 1 mM peptide, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2ROR Solution structure of the VAV1 SH2 domain complexed with a tyrosine-phosphorylated peptide from SLP76 提交 2008-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 629–775（147 aa） 片段：SH2 domain, UNP residues 629-775
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient
NMR样品组成 1.08mM [U-13C; U-15N] Proto-oncogene vav; 1.08mM tyrosine-phosphorylated peptide; 20mM [U-2H] TRIS; 100mM sodium chloride; 0.02% sodium azide; 1mM [U-2H] DTT; 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3BJI Structural Basis of Promiscuous Guanine Nucleotide Exchange by the T-Cell Essential Vav1 提交 2007-12-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 189–565（377 aa） 片段：Vav1 DH/PH/CRD
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；17% PEG-3350, 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.293
3BJI Structural Basis of Promiscuous Guanine Nucleotide Exchange by the T-Cell Essential Vav1 提交 2007-12-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 189–565（377 aa） 片段：Vav1 DH/PH/CRD
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；17% PEG-3350, 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.293
3KY9 Autoinhibited Vav1 提交 2009-12-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–584（583 aa） 片段：CH-DH-PH-C1 DOMAINS
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.02 M TRIS, 0.05 M NACL, 5% GLYCEROL, 2 mM TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.73 Å R-free 0.271
3KY9 Autoinhibited Vav1 提交 2009-12-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–584（583 aa） 片段：CH-DH-PH-C1 DOMAINS
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.02 M TRIS, 0.05 M NACL, 5% GLYCEROL, 2 mM TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.73 Å R-free 0.271
6NEW Apo structure of the activated truncation of Vav1 提交 2018-12-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 170–575（406 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294 K；16-22% (v/v) Ethylene Glycol, 0.1M TRIS pH 7.3, and 15% (w/v) Polyethylene Glycol 8000
分辨率 2.50 Å R-free 0.257
6NFA Vav1 inhibited by an allosteric inhibitor: Vav1 inhibitors block GEF activity 提交 2018-12-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 170–575（406 aa） 片段：UNP residues 170-575
未记录 ZN ZINC ION × 2 9K1 (2S)-2-{[3-(4-methylphenyl)imidazo[1,2-a]pyrazin-8-yl]amino}-3-(pyridin-3-yl)propan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294 K；16-22% v/v ethylene glycol, 0.1 M Tris, pH 7.3, 15% w/v PEG8000
分辨率 2.70 Å R-free 0.242
9NFR Crystal structure of CRBN-DDB1 and MRT-23227 in complex with VAV1 提交 2025-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 782–839（58 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BYX (3R)-3-{2-chloro-4'-[(1-methyl-1H-pyrazol-3-yl)methoxy][1,1'-biphenyl]-3-yl}piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.6 % PEG Smear Low, 6.1 % PEG Smear Medium, 4.3 % PEG Smear High, 5 % glycerol, 0.1 M CaCl2, and 0.1 M MES pH 5.8
分辨率 3.40 Å R-free 0.271

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VAV_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–578； UniProt 2–575

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6nf1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6nf1
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6nf1
沉积日期 deposition_date2018-12-18
结构标题 titleVav1 inhibited by an allosteric inhibitor: Vav1 inhibitors block GEF activity
关键词 keywordsGEF, Rac, Vav1, inhibitor, METAL BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex; METAL BINDING PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.87 Å
零角强度 I(0) i069061400.00
分子量 molecular_weight63661.0 kDa
排除体积 excluded_volume79173 ų
包络体积 envelope_volume100480 ų
水化壳体积 shell_volume30946 ų
包络直径 envelope_diameter87.6 Å
壳层 Rg shell_rg34.49 Å
包络 Rg envelope_rg26.64 Å
形状 Rg shape_rg26.86 Å
总 Rg total_rg27.70 Å
总原子数 total_atoms4456
残基数 n_residues550
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.8 Å
Rg (实空间) rg_real27.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real6.9060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.9060e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal69060000.0000
解质量估计 total_estimate0.9145
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary38.2 Å
偏度 Skewness skewness0.091
峰度 Kurtosis kurtosis-0.643
角度范围 angular_range— – 0.2850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15870000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.978; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.952
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6nf1A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology418 — Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Calponin-like domain
结构域编号 domain_id6nf1A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology900 — Dbl Homology Domain; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dbl homology (DH) domain
结构域编号 domain_id6nf1A03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id6nf1A04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)