6nlb

Crystal structure of de novo designed metal-controlled dimer of mutant B1 immunoglobulin-binding domain of Streptococcal Protein G (L12H, E15V, T16L, T18I, V29H, Y33H, N37L)-apo

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 52.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin G-binding protein G

Streptococcus

UniProt P19909

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 303–357 突变:L12H, E15V, T16L, T18I, V29H, Y33H, N37L MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;31% PEG 4,000 0.1M Tris pH 8.5 200mM MgCl2 分辨率 2.30 Å R-free 0.258
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 303–357 突变:L12H, E15V, T16L, T18I, V29H, Y33H, N37L 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;31% PEG 4,000 0.1M Tris pH 8.5 200mM MgCl2 分辨率 2.30 Å R-free 0.258
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 303–357 突变:L12H, E15V, T16L, T18I, V29H, Y33H, N37L 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;31% PEG 4,000 0.1M Tris pH 8.5 200mM MgCl2 分辨率 2.30 Å R-free 0.258
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 303–357 突变:L12H, E15V, T16L, T18I, V29H, Y33H, N37L 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;31% PEG 4,000 0.1M Tris pH 8.5 200mM MgCl2 分辨率 2.30 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 76 个其他 PDB 条目、113 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPG2_STRSG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–56; UniProt 303–357 作者链 B; PDB构建体 2–56; UniProt 303–357 作者链 C; PDB构建体 2–56; UniProt 303–357 作者链 D; PDB构建体 2–56; UniProt 303–357

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6nlb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6nlb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6nlb
沉积日期 deposition_date2019-01-08
结构标题 titleCrystal structure of de novo designed metal-controlled dimer of mutant B1 immunoglobulin-binding domain of Streptococcal Protein G (L12H, E15V, T16L, T18I, V29H, Y33H, N37L)-apo
关键词 keywordsMetal-mediated complex, B1 Domain of Streptococcal protein G, Immunoglobulin binding protein, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.67
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.22
零角强度 I(0) i011330200.00
分子量 molecular_weight24936.0 kDa
排除体积 excluded_volume31138 ų
包络体积 envelope_volume35508 ų
水化壳体积 shell_volume17750 ų
包络直径 envelope_diameter52.1
壳层 Rg shell_rg22.92
包络 Rg envelope_rg16.48
形状 Rg shape_rg16.20
总 Rg total_rg17.36
总原子数 total_atoms1758
残基数 n_residues224
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax52.5
Rg (实空间) rg_real17.49
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.22
I(0) (实空间) i0_real1.1330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.51
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11330000.0000
解质量估计 total_estimate0.8960
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.1
偏度 Skewness skewness-0.024
峰度 Kurtosis kurtosis-0.521
角度范围 angular_range— – 0.4500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4418000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6nlbA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id6nlbB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id6nlbC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id6nlbD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)