6nmy

A Cytokine-receptor complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 197.9 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-3 receptor subunit alpha

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 20–307	突变：N194Q	Cytokine receptor common subunit beta × 1 （P32927） Interleukin-3 × 1 （P08700） Cytokine receptor common subunit beta × 1 （P32927） ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277.15 K；Crystals were grown in 10 mM Tris pH6.8, 8% PEG 8000, 0.15 M magnesium chloride	分辨率 3.30 Å R-free 0.278
2	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 3 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 20–307	突变：N194Q	Cytokine receptor common subunit beta × 1 （P32927） Interleukin-3 × 1 （P08700） Cytokine receptor common subunit beta × 1 （P32927） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277.15 K；Crystals were grown in 10 mM Tris pH6.8, 8% PEG 8000, 0.15 M magnesium chloride	分辨率 3.30 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6NMY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4JZJ Crystal Structure of Receptor-Fab Complex 提交 2013-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 20–307（288 aa）片段：DOMAIN 2, DOMAIN 3, UNP residues 20-307 链 D 20–307（288 aa）片段：DOMAIN 2, DOMAIN 3, UNP residues 20-307	突变：Deletion R145, A298V 突变：Deletion R145, A298V	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；22% PEG 3350, 200mM Sodium Malonate, 100mM Citrate Buffer, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
5UV8 Interleukin-3 Receptor Complex 提交 2017-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–307（288 aa）片段：UNP residues 20-307	突变：N212Q, A298V	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 200 mM NaCI, 100 mM citrate-phosphate buffer pH 5	分辨率 2.70 Å R-free 0.286
5UV8 Interleukin-3 Receptor Complex 提交 2017-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 20–307（288 aa）片段：UNP residues 20-307	突变：N212Q, A298V	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 200 mM NaCI, 100 mM citrate-phosphate buffer pH 5	分辨率 2.70 Å R-free 0.286
5UWC Cytokine-receptor complex 提交 2017-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 20–307（288 aa）片段：UNP residues 20-307	突变：N212Q, A298V	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CIT CITRIC ACID × 2 IMD IMIDAZOLE × 1 EDT {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；20% PEG 8000, 200 mM NaCl and 100 mM citrate-phosphate buffer pH 4.8	分辨率 2.40 Å R-free 0.242

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL3RA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–288； UniProt 20–307 作者链 M； PDB构建体 1–288； UniProt 20–307

Cytokine receptor common subunit beta

Homo sapiens

UniProt P32927

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–240 链 B； UniProt 241–438	突变：N346Q	Interleukin-3 receptor subunit alpha × 1 （P26951） Interleukin-3 × 1 （P08700） ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277.15 K；Crystals were grown in 10 mM Tris pH6.8, 8% PEG 8000, 0.15 M magnesium chloride	分辨率 3.30 Å R-free 0.278
2	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 3 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 25–240 链 D； UniProt 241–438	突变：N346Q	Interleukin-3 receptor subunit alpha × 1 （P26951） Interleukin-3 × 1 （P08700） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277.15 K；Crystals were grown in 10 mM Tris pH6.8, 8% PEG 8000, 0.15 M magnesium chloride	分辨率 3.30 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6NMY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C8P NMR STRUCTURE OF THE LIGAND BINDING DOMAIN OF THE COMMON BETA-CHAIN IN THE GM-CSF, IL-3 AND IL-5 RECEPTORS 提交 1999-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 338–438（101 aa）片段：DOMAIN 4	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.06M；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.4MM D4BC U-15N; 10MM PHOSPHATE BUFFER;90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 0.4MM D4BC U-15N; 10MM PHOSPHATE BUFFER;100% D2O	分辨率未提供
1EGJ DOMAIN 4 OF THE BETA COMMON CHAIN IN COMPLEX WITH AN ANTIBODY 提交 2000-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 338–438（101 aa）片段：DOMAIN 4	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；12% peg 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
1GH7 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLETE EXTRACELLULAR DOMAIN OF THE BETA-COMMON RECEPTOR OF IL-3, IL-5, AND GM-CSF 提交 2000-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–437（413 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN 链 B 25–437（413 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	突变：N328Q 突变：N328Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG MME 5000, Phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION/HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.307
2NA8 Transmembrane Structure of the Cytokine Receptor Common Subunit beta 提交 2015-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 432–473（42 aa）片段：Helical transmembrane residues 432-473	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；313 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N; 80% 2H] protein, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
2NA9 Transmembrane Structure of the P441A Mutant of the Cytokine Receptor Common Subunit beta 提交 2015-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 432–473（42 aa）片段：Helical transmembrane residues 432-473	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；313 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N; 80% 2H] protein, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
4NKQ Structure of a Cytokine Receptor Complex 提交 2013-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–438（414 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；293 K；100mM HEPES buffer (pH 7.0), 6%(v/v) PEG3350, 0.2M proline, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.273
5DWU Beta common receptor in complex with a Fab 提交 2015-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 17–240（224 aa）链 B 241–443（203 aa）	突变：N106Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.1 M Tris 8, 25% - 35% PEG200	分辨率 3.97 Å R-free 0.330
8TLD Structure of the IL-5 Signaling Complex 提交 2023-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 23–442（420 aa）链 E 23–442（420 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL3RB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–216； UniProt 25–240 作者链 C； PDB构建体 1–216； UniProt 25–240 作者链 B； PDB构建体 1–198； UniProt 241–438 作者链 D； PDB构建体 1–198； UniProt 241–438

Interleukin-3

Homo sapiens

UniProt P08700

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 31–144	突变：W13Y	Interleukin-3 receptor subunit alpha × 1 （P26951） Cytokine receptor common subunit beta × 1 （P32927） Cytokine receptor common subunit beta × 1 （P32927） ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277.15 K；Crystals were grown in 10 mM Tris pH6.8, 8% PEG 8000, 0.15 M magnesium chloride	分辨率 3.30 Å R-free 0.278
2	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 3 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 31–144	突变：W13Y	Interleukin-3 receptor subunit alpha × 1 （P26951） Cytokine receptor common subunit beta × 1 （P32927） Cytokine receptor common subunit beta × 1 （P32927） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277.15 K；Crystals were grown in 10 mM Tris pH6.8, 8% PEG 8000, 0.15 M magnesium chloride	分辨率 3.30 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6NMY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JLI HUMAN INTERLEUKIN 3 (IL-3) MUTANT WITH TRUNCATION AT BOTH N-AND C-TERMINI AND 14 RESIDUE CHANGES, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1995-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 34–144（111 aa）	突变：DEL(1-13), V14A, N18I, T25H, Q29R, L32N, F37P, G42S, Q45M, N51R, R55T, E59L, N62V, S67H, Q69E, DEL(126-133)	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
5UV8 Interleukin-3 Receptor Complex 提交 2017-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 31–152（122 aa）片段：UNP residues 31-152	突变：W32Y	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 200 mM NaCI, 100 mM citrate-phosphate buffer pH 5	分辨率 2.70 Å R-free 0.286
5UV8 Interleukin-3 Receptor Complex 提交 2017-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 31–152（122 aa）片段：UNP residues 31-152	突变：W32Y	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 200 mM NaCI, 100 mM citrate-phosphate buffer pH 5	分辨率 2.70 Å R-free 0.286
5UWC Cytokine-receptor complex 提交 2017-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 31–152（122 aa）片段：UNP residues 31-152	突变：W32Y, K116W	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CIT CITRIC ACID × 2 IMD IMIDAZOLE × 1 EDT {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；20% PEG 8000, 200 mM NaCl and 100 mM citrate-phosphate buffer pH 4.8	分辨率 2.40 Å R-free 0.242

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 5–118； UniProt 31–144 作者链 J； PDB构建体 5–118； UniProt 31–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6nmy
沉积日期 deposition_date	2019-01-13
结构标题 title	A Cytokine-receptor complex
关键词 keywords	cytokine-receptor complex, receptor assembly, cell surface, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.50 Å
零角强度 I(0) i0	536375000.00
分子量 molecular_weight	184350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	228460 Å³
包络体积 envelope_volume	347750 Å³
水化壳体积 shell_volume	66360 Å³
包络直径 envelope_diameter	209.1 Å
壳层 Rg shell_rg	47.14 Å
包络 Rg envelope_rg	47.61 Å
形状 Rg shape_rg	47.54 Å
总 Rg total_rg	47.34 Å
总原子数 total_atoms	12963
残基数 n_residues	1571
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	197.9 Å
Rg (实空间) rg_real	47.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3290e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	536000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7519
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	52.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.749
峰度 Kurtosis kurtosis	0.776
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.361; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.829; Smooth: 0.859

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Interleukin-3 receptor subunit alpha
分子量 formula_weight	33225.5 kDa
突变 mutation	N194Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,M
原子数 atom_count	12975

KEDPNPPITNLRMKAKAQQLTWDLNRNVTDIECVKDADYSMPAVNNSYCQFGAISLCEVTNYTVRVANPPFSTWILFPENSGKPWAGAENLTCWIHDVDFLSCSWAVGPGAPADVQYDLYLNVANRRQQYECLHYKTDAQGTRIGCRFDDISRLSSGSQSSHILVRGRSAAFGIPCTDKFVVFSQIEILTPPQMTAKCNKTHSFMHWKMRSHFNRKFRYELQIQKRMQPVITEQVRDRTSFQLLNPGTYTVQIRARERVYEFLSAWSTPQRFECDQEEGANTRAWRTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytokine receptor common subunit beta
分子量 formula_weight	24585.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C

EETIPLQTLRCYNDYTSHITCRWADTQDAQRLVNVTLIRRVNEDLLEPVSCDLSDDMPWSACPHPRCVPRRCVIPCQSFVVTDVDYFSFQPDRPLGTRLTVTLTQHVQPPEPRDLQISTDQDHFLLTWSVALGSPQSHWLSPGDLEFEVVYKRLQDSWEDAAILLSNTSQATLGPEHLMPSSTYVARVRTRLAPGSRLSGRPSKWSPEVCWDSQPG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Interleukin-3
分子量 formula_weight	13382.3 kDa
突变 mutation	W13Y
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

GAMGSYVNCSNMIDEIITHLKQPPLPLLDFNNLNGEDQDILMENNLRRPNLEAFNRAVKSLQNASAIESILKNLLPCLPLATAAPTRHPIHIKDGDWNEFRRKLTFYLKTLENAQAQQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cytokine receptor common subunit beta
分子量 formula_weight	22691.2 kDa
突变 mutation	N346Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

DEAQPQNLECFFDGAAVLSCSWEVRKEVASSVSFGLFYKPSPDAGEEECSPVLREGLGSLHTRHHCQIPVPDPATHGQYIVSVQPRRAEKHIKSSVNIQMAPPSLQVTKDGDSYSLRWETMKMRYEHIDHTFEIQYRKDTATWKDSKTETLQNAHSMALPALEPSTRYWARVRVRTSRTGYNGIWSEWSEARSWDTES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	6nmyA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6nmyA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6nmyB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6nmyB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6nmyC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6nmyC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6nmyD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6nmyD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6nmyF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3850 —

结构域编号 domain_id	6nmyF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6nmyF03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6nmyI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6nmyJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6nmyM01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3850 —

结构域编号 domain_id	6nmyM02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6nmyM03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.647 Å
晶胞边长 b length_b	157.251 Å
晶胞边长 c length_c	168.306 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.301 Å
最低分辨率 resolution_low	47.448 Å
R 因子 r_factor	0.2384
R_work r_work	0.2364
R_free r_free	0.2778

fit	/app/data/saxs_computation/nm/6nmy/6nmy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nm/6nmy/6nmy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nm/6nmy/6nmy.dat

A Cytokine-receptor complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-3 receptor subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytokine receptor common subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Interleukin-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)