6nse

BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE, H4B-FREE, CANAVANINE COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.6 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (NITRIC OXIDE SYNTHASE)

Bos taurus

UniProt P29473

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 39–482 链 B; UniProt 39–482 片段:HEME DOMAIN ACT ACETATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 GGB L-CANAVANINE × 2 CAD CACODYLIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;pH 6.5 分辨率 2.35 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 125 个其他 PDB 条目、125 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NOS3_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–444; UniProt 39–482 作者链 B; PDB构建体 1–444; UniProt 39–482

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6nse

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6nse
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6nse
沉积日期 deposition_date1999-01-13
结构标题 titleBOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE, H4B-FREE, CANAVANINE COMPLEX
关键词 keywordsNITRIC OXIDE SYNTHASE, HEME PROTEIN, TETRAHYDROBIOPTERIN, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.96
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.08
零角强度 I(0) i0147482000.00
分子量 molecular_weight95700.0 kDa
排除体积 excluded_volume119330 ų
包络体积 envelope_volume144130 ų
水化壳体积 shell_volume40775 ų
包络直径 envelope_diameter93.1
壳层 Rg shell_rg37.10
包络 Rg envelope_rg29.08
形状 Rg shape_rg29.10
总 Rg total_rg29.71
总原子数 total_atoms6736
残基数 n_residues830
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.6
Rg (实空间) rg_real29.89
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real1.4750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal147500000.0000
解质量估计 total_estimate0.9031
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks0
主峰位置 r_peak_primary
偏度 Skewness skewness0.273
峰度 Kurtosis kurtosis-0.518
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha43160000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.954

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6nsea_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.174 — Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain
超家族 Superfamily superfamilyd.174.1 — Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain
家族 Family familyd.174.1.1 — Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain
结构域编号 domain_idd6nseb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.174 — Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain
超家族 Superfamily superfamilyd.174.1 — Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain
家族 Family familyd.174.1.1 — Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id6nseA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology340 — Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id6nseA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology440 — Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2
结构域编号 domain_id6nseA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1230 — Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3
结构域编号 domain_id6nseB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology340 — Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id6nseB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology440 — Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2
结构域编号 domain_id6nseB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1230 — Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)