SAXSdb — 6o09

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proliferating cellular nuclear antigen 1

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Uncharacterized protein × 3 （K7MRE7） water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Uncharacterized protein × 3 （K7MRE7） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCNA1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 50–312； UniProt 1–263 作者链 C； PDB构建体 50–312； UniProt 1–263 作者链 D； PDB构建体 50–312； UniProt 1–263 作者链 F； PDB构建体 50–312； UniProt 1–263 作者链 H； PDB构建体 50–312； UniProt 1–263 作者链 K； PDB构建体 50–312； UniProt 1–263

Uncharacterized protein

物种未注明

UniProt K7MRE7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Proliferating cellular nuclear antigen 1 × 3 （Q9M7Q7） water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Proliferating cellular nuclear antigen 1 × 3 （Q9M7Q7） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	K7MRE7_SOYBN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–20； UniProt 78–96 作者链 E； PDB构建体 2–20； UniProt 78–96 作者链 G； PDB构建体 2–20； UniProt 78–96 作者链 I； PDB构建体 2–20； UniProt 78–96 作者链 J； PDB构建体 2–20； UniProt 78–96 作者链 L； PDB构建体 2–20； UniProt 78–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6o09
沉积日期 deposition_date	2019-02-15
结构标题 title	Structure of AtPCNA in complex with the PIP motif of ATXR6
关键词 keywords	histone, methylation, nucleosome, PCNA, PIP, DNA replication, atxr5, atxr6, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6o09__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6o09__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6o09__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.70 Å
Rg（电子密度）	32.74 Å
总 Rg	33.35 Å
原子数	5963
残基数	809
排除体积	107230 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6o09__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6o09__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Proliferating cellular nuclear antigen 1
分子量 formula_weight	34573.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,D,F,H,K
原子数 atom_count	12307

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRGSMGHHHHHHENLYFQGMLELRLVQGSLLKKVLESIKDLVNDANFDCSSTGFSLQAMDSSHVALVSLLLRSEGFEHYRCDRNLSMGMNLGNMSKMLKCAGNDDIITIKADDGGDTVTFMFESPTQDKIADFEMKLMDIDSEHLGIPDAEYHSIVRMPSNEFSRICKDLSSIGDTVVISVTKEGVKFSTAGDIGTANIVLRQNTTVDKPEDAIVIEMKEPVSLSFALRYMNSFTKATPLSDTVTISLSSELPVVVEYKVAEMGYIRYYLAPKIEEEEDTNP

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Uncharacterized protein
分子量 formula_weight	2424.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,B,E,G,J,L

YPLVQTKIIDFFRIQRSPEA

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	402

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6o09A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6o09C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6o09D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6o09F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6o09H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6o09K00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	72.902 Å
晶胞边长 b length_b	90.549 Å
晶胞边长 c length_c	90.510 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	60.05 °
晶胞夹角 β angle_beta	73.46 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	73.59 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.060 Å
最低分辨率 resolution_low	29.652 Å
R 因子 r_factor	0.1972
R_work r_work	0.1965
R_free r_free	0.2343

Structure of AtPCNA in complex with the PIP motif of ATXR6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proliferating cellular nuclear antigen 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6o09__assembly_1__model_1

6o09__assembly_1__model_1 | I(q)

6o09__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of AtPCNA in complex with the PIP motif of ATXR6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proliferating cellular nuclear antigen 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6o09__assembly_1__model_1

6o09__assembly_1__model_1 | I(q)

6o09__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)