Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM
Streptococcus pyogenes
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 85–133 | 片段：residues 85-133 突变：R114A, H115A | 无其他共同聚合物 | SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成：0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Truncated peptide from PAMAP53, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 1 ug/mL sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O | 分辨率未提供 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 6OKY | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1I5K STRUCTURE AND BINDING DETERMINANTS OF THE RECOMBINANT KRINGLE-2 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN TO AN INTERNAL PEPTIDE FROM A GROUP A STREPTOCOCCAL SURFACE PROTEIN 提交 2001-02-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
85–113（29 aa）
片段：VEK-30 (30 RESIDUE INTERNAL PEPTIDE)
链 D
85–113（29 aa）
片段：VEK-30 (30 RESIDUE INTERNAL PEPTIDE)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；23%(w/v) PEG 3350, 0.1 M Mes, 0.2 M Li2SO4, 2mM CaCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.262 |
| 2DOI The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound to a peptide from the group A streptococcus protein PAM 提交 2006-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
85–113（29 aa）
片段：VEK-30
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 0.1M potassium phophate (dihydrate), 5% dioxane, soaked in 5mM Pt(C5H5N)2Cl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.296 |
| 2DOI The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound to a peptide from the group A streptococcus protein PAM 提交 2006-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
85–113（29 aa）
片段：VEK-30
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 0.1M potassium phophate (dihydrate), 5% dioxane, soaked in 5mM Pt(C5H5N)2Cl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.296 |
| 6OG4 plasminogen binding group A streptococcal M protein 提交 2019-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
76–150（75 aa）
片段：UNP residues 76-150
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.220 |
| 6OKW Solution structure of VEK50 提交 2019-04-15 | 突变/修饰不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
85–133（49 aa）
片段：residues 85-133
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成
0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VEK50, 2 ug/mL DSS, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 1 ug/mL DTT, 1 ug/mL sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6OKX Solution structure of VEK50RH1/AA 提交 2019-04-15 | 突变/修饰不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
85–133（49 aa）
片段：residues 85-133
|
突变：R101A, H102A | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成
0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VEK50RH1/AA, 2 ug/mL DSS, 1 ug/mL DTT, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6OQ9 Solution structure of VEK50 in the bound form with plasminogen kringle 2 提交 2019-04-25 | 突变/修饰不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
85–133（49 aa）
片段：residues 85-133
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成
0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VEK50, 1.5 mM Kringle 2, 2 ug/mL DSS, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6OQJ SOLUTION STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MUTANT VEK50[RH1/AA] AND PLASMINOGEN KRINGLE 2 提交 2019-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
85–133（49 aa）
片段：residues 85-134
|
突变：R19A, H20A | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] plasminogen kringle 2, 1.0 mM VEK50[RH1/AA], 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VEK50[RH1/AA], 1 mM plasminogen kringle 2, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6OQK SOLUTION STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MUTANT VEK50[RH2/AA] AND PLASMINOGEN KRINGLE 2 提交 2019-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
85–133（49 aa）
|
突变：R32A, H33A | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] plasminogen Kringle 2, 1.0 mM VEK50[RH2/AA], 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VEK50[RH2/AA], 1.0 mM plasminogen Kringle 2, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 8TVL Plasminogen binding group A streptococcus M-like protein from AP53 bound to human plasminogen 提交 2023-08-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
30–385（356 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, and 1.8 mM KH2PO4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | PAM_STRPY |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 3–51； UniProt 85–133 |
