SAXSdb — 6oqk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM

Streptococcus pyogenes

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 85–133	突变：R32A, H33A	Plasminogen Kringle 2 × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成：1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] plasminogen Kringle 2, 1.0 mM VEK50[RH2/AA], 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VEK50[RH2/AA], 1.0 mM plasminogen Kringle 2, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6OQK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1I5K STRUCTURE AND BINDING DETERMINANTS OF THE RECOMBINANT KRINGLE-2 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN TO AN INTERNAL PEPTIDE FROM A GROUP A STREPTOCOCCAL SURFACE PROTEIN 提交 2001-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 85–113（29 aa）片段：VEK-30 (30 RESIDUE INTERNAL PEPTIDE) 链 D 85–113（29 aa）片段：VEK-30 (30 RESIDUE INTERNAL PEPTIDE)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；23%(w/v) PEG 3350, 0.1 M Mes, 0.2 M Li2SO4, 2mM CaCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.262
2DOI The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound to a peptide from the group A streptococcus protein PAM 提交 2006-04-29	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 85–113（29 aa）片段：VEK-30	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 0.1M potassium phophate (dihydrate), 5% dioxane, soaked in 5mM Pt(C5H5N)2Cl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.296
2DOI The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound to a peptide from the group A streptococcus protein PAM 提交 2006-04-29	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 85–113（29 aa）片段：VEK-30	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 0.1M potassium phophate (dihydrate), 5% dioxane, soaked in 5mM Pt(C5H5N)2Cl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.296
6OG4 plasminogen binding group A streptococcal M protein 提交 2019-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 76–150（75 aa）片段：UNP residues 76-150	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 2 M ammonium sulfate	分辨率 1.70 Å R-free 0.220
6OKW Solution structure of VEK50 提交 2019-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 85–133（49 aa）片段：residues 85-133	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VEK50, 2 ug/mL DSS, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 1 ug/mL DTT, 1 ug/mL sodium azide, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
6OKX Solution structure of VEK50RH1/AA 提交 2019-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 85–133（49 aa）片段：residues 85-133	突变：R101A, H102A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VEK50RH1/AA, 2 ug/mL DSS, 1 ug/mL DTT, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
6OKY Solution structure of truncated peptide from PAMap53 提交 2019-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 85–133（49 aa）片段：residues 85-133	突变：R114A, H115A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Truncated peptide from PAMAP53, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 1 ug/mL sodium azide, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
6OQ9 Solution structure of VEK50 in the bound form with plasminogen kringle 2 提交 2019-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 85–133（49 aa）片段：residues 85-133	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VEK50, 1.5 mM Kringle 2, 2 ug/mL DSS, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL sodium azide, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
6OQJ SOLUTION STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MUTANT VEK50[RH1/AA] AND PLASMINOGEN KRINGLE 2 提交 2019-04-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 85–133（49 aa）片段：residues 85-134	突变：R19A, H20A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] plasminogen kringle 2, 1.0 mM VEK50[RH1/AA], 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VEK50[RH1/AA], 1 mM plasminogen kringle 2, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
8TVL Plasminogen binding group A streptococcus M-like protein from AP53 bound to human plasminogen 提交 2023-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–385（356 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, and 1.8 mM KH2PO4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAM_STRPY
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–51； UniProt 85–133

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6oqk
沉积日期 deposition_date	2019-04-26
结构标题 title	SOLUTION STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MUTANT VEK50[RH2/AA] AND PLASMINOGEN KRINGLE 2
关键词 keywords	Plasminogen binding peptide, blood clotting, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.16 Å
零角强度 I(0) i0	433559000.00
分子量 molecular_weight	161540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	196820 Å³
包络体积 envelope_volume	53735 Å³
水化壳体积 shell_volume	20779 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.7 Å
壳层 Rg shell_rg	28.68 Å
包络 Rg envelope_rg	23.77 Å
形状 Rg shape_rg	18.15 Å
总 Rg total_rg	18.57 Å
总原子数 total_atoms	22030
残基数 n_residues	1390
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	47.6 Å
Rg (实空间) rg_real	17.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	433600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6848
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	19.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.292
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.517
角度范围 angular_range	— – 0.4400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	4.2070
最高正则化参数 α highest_alpha	478600.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.004; Oscil: 0.997; Stabil: 0.974; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Plasminogen Kringle 2
分子量 formula_weight	10166.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	22030

YVEFSEECMHGSGENYDGKISKTMSGLECQAWDSQSPHAHGYIPSKFPNKNLKKNYCRNPDRDLRPWCFTTDPNKRWEYCDIPRCAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM
分子量 formula_weight	6020.6 kDa
突变 mutation	R32A, H33A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSVEKLTADAELQRLKNERHEEAELERLKSEAADHDKKEAERKALEDKLADY

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pyogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1314
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6oqka1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6oqka2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6oqkA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

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8. 引用文献 (1)

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fit	/app/data/saxs_computation/oq/6oqk/6oqk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oq/6oqk/6oqk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oq/6oqk/6oqk.dat

SOLUTION STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MUTANT VEK50[RH2/AA] AND PLASMINOGEN KRINGLE 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)