6owh

Crystal structure of MYST acetyltransferase domain in complex with inhibitor 92

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 75.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase KAT8

Homo sapiens

UniProt Q9H7Z6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 176–448 突变:A142S, L145M, T146I, K157R 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 NBJ N'-[(2-fluorophenyl)sulfonyl]-3-iodobenzohydrazide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;292 K;20% PEG 3350, 2% Tacsimate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0 分辨率 2.00 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAT8_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–273; UniProt 176–448

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6owh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6owh
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6owh
沉积日期 deposition_date2019-05-09
结构标题 titleCrystal structure of MYST acetyltransferase domain in complex with inhibitor 92
关键词 keywordsInhibitor, Complex, MYST, TRANSFERASE, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.09
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.37
零角强度 I(0) i017257800.00
分子量 molecular_weight32388.0 kDa
排除体积 excluded_volume40886 ų
包络体积 envelope_volume47269 ų
水化壳体积 shell_volume20072 ų
包络直径 envelope_diameter81.3
壳层 Rg shell_rg26.43
包络 Rg envelope_rg20.85
形状 Rg shape_rg20.37
总 Rg total_rg21.22
总原子数 total_atoms2273
残基数 n_residues269
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax75.9
Rg (实空间) rg_real21.15
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.71
I(0) (实空间) i0_real1.7260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3450e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.14
I(0) (倒空间) i0_reciprocal17260000.0000
解质量估计 total_estimate0.6045
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.6
偏度 Skewness skewness0.502
峰度 Kurtosis kurtosis0.009
角度范围 angular_range— – 0.3750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4062000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.614; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.368; Positv: 1.000; Valcen: 0.910; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6owha_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamilyd.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family familyd.108.1.0 — automated matches

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)