6p41

Yeast cytochrome c peroxidase (W191Y:L232E) in complex with iso-1 cytochrome c

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 116.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c peroxidase, mitochondrial

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P00431

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 68–361 突变:W191Y, L232E Cytochrome c iso-1 × 1 (P00044) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;100 mM sodium acetate,175 mM NaCl, 5 mM n-octyl-B-D-glucoside, polyethylene glycol 3350 18%-20% 分辨率 2.90 Å R-free 0.273
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 68–361 突变:W191Y, L232E Cytochrome c iso-1 × 1 (P00044) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;100 mM sodium acetate,175 mM NaCl, 5 mM n-octyl-B-D-glucoside, polyethylene glycol 3350 18%-20% 分辨率 2.90 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 175 个其他 PDB 条目、192 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCPR_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–294; UniProt 68–361 作者链 C; PDB构建体 1–294; UniProt 68–361

Cytochrome c iso-1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P00044

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 7–109 未记录 Cytochrome c peroxidase, mitochondrial × 1 (P00431) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;100 mM sodium acetate,175 mM NaCl, 5 mM n-octyl-B-D-glucoside, polyethylene glycol 3350 18%-20% 分辨率 2.90 Å R-free 0.273
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 7–109 未记录 Cytochrome c peroxidase, mitochondrial × 1 (P00431) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;100 mM sodium acetate,175 mM NaCl, 5 mM n-octyl-B-D-glucoside, polyethylene glycol 3350 18%-20% 分辨率 2.90 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 91 个其他 PDB 条目、124 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYC1_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–103; UniProt 7–109 作者链 D; PDB构建体 1–103; UniProt 7–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6p41

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6p41
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6p41
沉积日期 deposition_date2019-05-25
结构标题 titleYeast cytochrome c peroxidase (W191Y:L232E) in complex with iso-1 cytochrome c
关键词 keywordsheme proteins, electron hopping, multi-step tunneling, electron transport-oxidoreductase complex, ELECTRON TRANSPORT; Electron transport/Oxidoreductase
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.85
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.49
零角强度 I(0) i0130612000.00
分子量 molecular_weight92299.0 kDa
排除体积 excluded_volume115300 ų
包络体积 envelope_volume151530 ų
水化壳体积 shell_volume35737 ų
包络直径 envelope_diameter123.9
壳层 Rg shell_rg41.69
包络 Rg envelope_rg34.87
形状 Rg shape_rg35.49
总 Rg total_rg35.93
总原子数 total_atoms6522
残基数 n_residues794
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax116.8
Rg (实空间) rg_real35.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.89
I(0) (实空间) i0_real1.3060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.90
I(0) (倒空间) i0_reciprocal130600000.0000
解质量估计 total_estimate0.6664
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary29.2
偏度 Skewness skewness0.282
峰度 Kurtosis kurtosis-0.774
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha22550000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.101; Positv: 1.000; Valcen: 0.830; Smooth: 0.927

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd6p41a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamilya.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family familya.93.1.1 — CCP-like
结构域编号 domain_idd6p41b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamilya.3.1 — Cytochrome c
家族 Family familya.3.1.1 — monodomain cytochrome c
结构域编号 domain_idd6p41c_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamilya.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family familya.93.1.1 — CCP-like
结构域编号 domain_idd6p41d_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamilya.3.1 — Cytochrome c
家族 Family familya.3.1.1 — monodomain cytochrome c

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6p41A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology520 — Peroxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id6p41A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology420 — Peroxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peroxidase, domain 2
结构域编号 domain_id6p41C01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology520 — Peroxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id6p41C02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology420 — Peroxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peroxidase, domain 2

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)