6psv

Escherichia coli RNA polymerase promoter unwinding intermediate (TpreRPo) with TraR and rpsT P2 promoter

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein TraR

Escherichia coli

UniProt P41065

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 8 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 3 (P0A7Z4) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V4) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (P0A8T7) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A802) RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 (Q0P6L9) DNA (85-MER) × 1 DNA (85-MER) × 1 ZINC ION × 3 CHAPSO × 4 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRAR_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–72; UniProt 2–73

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Escherichia coli

UniProt P0A7Z4

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 8 DNA 2 Protein TraR × 1 (P41065) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V4) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (P0A8T7) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A802) RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 (Q0P6L9) DNA (85-MER) × 1 DNA (85-MER) × 1 ZINC ION × 3 CHAPSO × 4 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOA_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–329; UniProt 1–329 作者链 H; PDB构建体 1–329; UniProt 1–329 作者链 M; PDB构建体 1–329; UniProt 1–329

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Escherichia coli

UniProt P0A8V4

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 8 DNA 2 Protein TraR × 1 (P41065) DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 3 (P0A7Z4) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (P0A8T7) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A802) RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 (Q0P6L9) DNA (85-MER) × 1 DNA (85-MER) × 1 ZINC ION × 3 CHAPSO × 4 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOB_ECO57
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–1342; UniProt 1–1342

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Escherichia coli

UniProt P0A8T7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 8 DNA 2 Protein TraR × 1 (P41065) DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 3 (P0A7Z4) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V4) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A802) RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 (Q0P6L9) DNA (85-MER) × 1 DNA (85-MER) × 1 ZINC ION × 3 CHAPSO × 4 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOC_ECOLI
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 2–1407; UniProt 2–1407

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Escherichia coli

UniProt P0A802

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 8 DNA 2 Protein TraR × 1 (P41065) DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 3 (P0A7Z4) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V4) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (P0A8T7) RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 (Q0P6L9) DNA (85-MER) × 1 DNA (85-MER) × 1 ZINC ION × 3 CHAPSO × 4 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOZ_ECO57
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–91; UniProt 1–91

RNA polymerase sigma factor RpoD

Escherichia coli

UniProt Q0P6L9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 8 DNA 2 Protein TraR × 1 (P41065) DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 3 (P0A7Z4) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V4) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (P0A8T7) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A802) DNA (85-MER) × 1 DNA (85-MER) × 1 ZINC ION × 3 CHAPSO × 4 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q0P6L9_ECOLX
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 4–616; UniProt 1–613

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6psv
沉积日期 deposition_date2019-07-13
结构标题 titleEscherichia coli RNA polymerase promoter unwinding intermediate (TpreRPo) with TraR and rpsT P2 promoter
关键词 keywordsTRANSCRIPTION, transcription-dna complex; transcription/dna
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6psv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6psv__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

6psv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)53.58 Å
Rg(电子密度)52.70 Å
总 Rg52.96 Å
原子数32487
残基数3935
排除体积569860 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6psv__assembly_1__model_1 decameric (10) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6psvG01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id6psvG02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id6psvH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id6psvH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id6psvI01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain
结构域编号 domain_id6psvJ01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain
结构域编号 domain_id6psvK00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase subunit, RPB6/omega
结构域编号 domain_id6psvM00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain
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7. 引用文献 (1)