6pwf

Cryo-EM structure of the ATPase domain of chromatin remodeling factor ISWI bound to the nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H4 × 2 （A0A0B4KFZ9） Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 chromatin remodeling factor ISWI × 1 （G0S9L5）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H3_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H4

Drosophila melanogaster

UniProt A0A0B4KFZ9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （P02299） Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 chromatin remodeling factor ISWI × 1 （G0S9L5）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0B4KFZ9_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Histone H2A

Drosophila melanogaster

UniProt P84051

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （A0A0B4KFZ9） Histone H2B × 2 （P02283） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 chromatin remodeling factor ISWI × 1 （G0S9L5）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A_DROME
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 G； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124

Histone H2B

Drosophila melanogaster

UniProt P02283

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （A0A0B4KFZ9） Histone H2A × 2 （P84051） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 chromatin remodeling factor ISWI × 1 （G0S9L5）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B_DROME
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123 作者链 H； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123

chromatin remodeling factor ISWI

Chaetomium thermophilum

UniProt G0S9L5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （A0A0B4KFZ9） Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0S9L5_CHATD
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 23–80； UniProt 77–134 作者链 K； PDB构建体 85–640； UniProt 167–722

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6pwf
沉积日期 deposition_date	2019-07-22
结构标题 title	Cryo-EM structure of the ATPase domain of chromatin remodeling factor ISWI bound to the nucleosome
关键词 keywords	nucleosome, DNA-binding protein, ATP-dependent chromatin remodeler, ISWI, STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex; STRUCTURAL PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6pwf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6pwf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6pwf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.58 Å
Rg（电子密度）	43.28 Å
总 Rg	43.59 Å
原子数	15197
残基数	1500
排除体积	251490 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6pwf__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15421.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	15197

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11408.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MTGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	13388.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MSGRGKGGKVKGKAKSRSNRAGLQFPVGRIHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVMEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLSGVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTEKKA

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B
分子量 formula_weight	13727.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MPPKTSGKAAKKAGKAQKNITKTDKKKKRKRKESYAIYIYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDIFERIAAEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (147-MER)
分子量 formula_weight	45610.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (147-MER)
分子量 formula_weight	45138.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	chromatin remodeling factor ISWI
分子量 formula_weight	73458.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MAHHHHHHGHHHENLYFQGSSSGKKHDRLGENKEDDTLRRFRYLLGLTDLFRHFIETNPNPKIREIMAEIDRQNAEEAKKGSSGGGSAETVFRESPPFIKGTMRDYQIAGLNWLISLHENGISGILADEMGLGKTLQTISFLGYLRHIQGITGPHLVAVPKSTLDNWKREFEKWTPDVNVLVLQGAKEERHQLINDRLIDEDFDVCITSYEMILREKAHLKKFAWEYIIIDEAHRIKNEESSLSQVIRMFSSRNRLLITGTPLQNNLHELWALLNFLLPDVFGDSDAFDQWFRGQDRDQDQVVQQLHRVLRPFLLRRVKSDVEKSLLPKKEINVYIGMSEMQVKWYKKILEKDIDAVNGAGGKRESKTRLLNIVMQLRKCCNHPYLFEGAEPGPPYTTDEHLIYNSGKMIVLDKLLKRLQSQGSRVLIFSQMSRLLDILEDYCVFRGYKYCRIDGGTAHEDRIAAIDEYNRPGSDKFIFLLTTRAGGLGINLTTADTVILYDSDWNPQADLQAMDRAHRIGQTKQVVVYRFVTDNAIEEKVLERAAQKLRLDQLVIQQGRAQIATKAAANKEELLSMIQHGAEKVFQTKGAFGLMAEKGANLDDDDIDAILKAGEERTRELNAKYEKLGIDDLQKFTSES

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	209285
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.07 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	32529

Cryo-EM structure of the ATPase domain of chromatin remodeling factor ISWI bound to the nucleosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

chromatin remodeling factor ISWI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6pwf__assembly_1__model_1

6pwf__assembly_1__model_1 | I(q)

6pwf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)