6pwf

Cryo-EM structure of the ATPase domain of chromatin remodeling factor ISWI bound to the nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 147.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明：undecameric（11）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–136 链 E； UniProt 1–136	未记录	Histone H4 × 2 （A0A0B4KFZ9） Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 chromatin remodeling factor ISWI × 1 （G0S9L5）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.07 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6PWF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KNA Chromo domain of HP1 complexed with histone H3 tail containing dimethyllysine 9. 提交 2001-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 1–16（16 aa）片段：Residues 1-16	突变：P16Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；283 K；Ammonium Sulfate, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.259
1KNE Chromo domain of HP1 complexed with histone H3 tail containing trimethyllysine 9 提交 2001-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 1–16（16 aa）片段：Residues 1-16	突变：P16Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；283 K；Ammonium Sulfate, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
2NQB Drosophila Nucleosome Structure 提交 2006-10-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–135（135 aa）链 E 1–135（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Constituents of the crystallization buffer: Potassium Chloride, Manganese Chloride, and Potassium Cacodylate., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
2PYO Drosophila nucleosome core 提交 2007-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 2–136（135 aa）链 E 2–136（135 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 14 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；Crystallization was carried out by equilibrating a droplet containing 3 mg/ml nucleosome core particle, 80-85 mM MnCl2, 50-80 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0) against a reservoir solution containing of 40-42.5 mM MnCl2, 25-40 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0). , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.43 Å R-free 0.262
2YBA Crystal structure of Nurf55 in complex with histone H3 提交 2011-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–20（19 aa）片段：N-TERMINAL TAIL, RESIDUES 2-19	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.4; 200 MM AMMONIUM ACETATE; 23% PEG 3350.	分辨率 2.55 Å R-free 0.222
2YBA Crystal structure of Nurf55 in complex with histone H3 提交 2011-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–20（19 aa）片段：N-TERMINAL TAIL, RESIDUES 2-19	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.4; 200 MM AMMONIUM ACETATE; 23% PEG 3350.	分辨率 2.55 Å R-free 0.222
4QLC Crystal structure of chromatosome at 3.5 angstrom resolution 提交 2014-06-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 A 2–136（135 aa）链 E 2–136（135 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.75；291 K；0.1 mM Citric acid, 0.1mM potassium chloride, and 10% MPD, pH 3.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.50 Å R-free 0.243
4U68 Crystal structure of Rhino chromodomain in complex with H3K9me3 提交 2014-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 5–15（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；290 K；30 %(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate, 25 % (w/v) PEG 1500	分辨率 1.80 Å R-free 0.206
4U68 Crystal structure of Rhino chromodomain in complex with H3K9me3 提交 2014-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 5–15（11 aa）链 F 5–15（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；290 K；30 %(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate, 25 % (w/v) PEG 1500	分辨率 1.80 Å R-free 0.206
4UUZ MCM2-histone complex 提交 2014-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES PH7, 21% PEG3000	分辨率 2.90 Å R-free 0.230
4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 41–133（93 aa）片段：UNP RESIDUES 41-133 链 E 41–133（93 aa）片段：UNP RESIDUES 41-133	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.286
4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 K 41–133（93 aa）片段：UNP RESIDUES 41-133 链 O 41–133（93 aa）片段：UNP RESIDUES 41-133	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.286
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 A 39–136（98 aa）片段：UNP residues 39-136 链 E 39–136（98 aa）片段：UNP residues 39-136	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 39–136（98 aa）片段：UNP residues 39-136 链 O 39–136（98 aa）片段：UNP residues 39-136	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
6DZT Cryo-EM structure of nucleosome in complex with a single chain antibody fragment 提交 2018-07-05	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
6PWE Cryo-EM structure of nucleosome core particle 提交 2019-07-22	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
7VRF Crystal structure of Oxpecker chromodomain in complex with H3K9me3 提交 2021-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 5–15（11 aa）链 D 5–15（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.2M ammonium citrate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.238
7XYF Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 position of the nucleosome 提交 2022-06-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 A 39–136（98 aa）链 E 39–136（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7XYG Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 position of the nucleosome 提交 2022-06-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 A 2–136（135 aa）链 E 2–136（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9B1E Cryo-EM structure of native SWR1 bound to nucleosome (composite structure) 提交 2024-03-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 U 1–136（136 aa）链 W 1–136（136 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；80 nM SWR1, 160 nM nucleosomes, 1 mM ADP, 10 mM NaF, 8 mM BeCl2, 0.05% glutaraldehyde, 20 mM HEPES-KOH pH 7.6, 1.5 mM MgCl2, 0.25 mM TCEP, 0.01% IGEPAL CA-630, 1% glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 second blot time and blot force of 10.	分辨率 4.40 Å
9MU4 Structure of a native Drosophila melanogaster octameric nucleosome 提交 2025-01-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 a 37–136（100 aa）链 e 37–136（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
9MU5 Structure of a native Drosophila melanogaster hexameric nucleosome 提交 2025-01-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 a 45–136（92 aa）链 e 45–136（92 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
9MU9 Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map 提交 2025-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 a 37–136（100 aa）链 e 37–136（100 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å
9ZQ9 Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 1 提交 2025-12-18	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 E 1–136（136 aa）链 F 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9ZQA Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 2 提交 2025-12-18	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 E 1–136（136 aa）链 F 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
9ZQB Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 1 提交 2025-12-18	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 E 1–136（136 aa）链 F 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.10 Å
9ZQC Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 2 提交 2025-12-18	突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 E 1–136（136 aa）链 F 1–136（136 aa）	突变：C111S 突变：C111S	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.37 Å

共 23 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H3_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H4

Drosophila melanogaster

UniProt A0A0B4KFZ9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明：undecameric（11）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–103 链 F； UniProt 1–103	未记录	Histone H3 × 2 （P02299） Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 chromatin remodeling factor ISWI × 1 （G0S9L5）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.07 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6PWF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6PWE Cryo-EM structure of nucleosome core particle 提交 2019-07-22	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
6XWS Crystal Structure of Drosophila CAL1 1-160 bound to CENP-A/H4 提交 2020-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 30% PEG 4000	分辨率 4.36 Å R-free 0.323
6XWT drosophila melanogaster CENP-A/H4 bound to N-terminal CAL1 fragment 提交 2020-01-24	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–103（103 aa）链 D 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.01M Cobalt (II) Chloride hexahydrate, 0.1M MES pH 6.5 and 1.8 M Ammonium Sulphate	分辨率 3.47 Å R-free 0.286
8PP6 human RYBP-PRC1 bound to H2AK118ub1 nucleosome 提交 2023-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 B 2–103（102 aa）链 F 2–103（102 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
8PP7 human RYBP-PRC1 bound to mononucleosome 提交 2023-07-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 B 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
9B1E Cryo-EM structure of native SWR1 bound to nucleosome (composite structure) 提交 2024-03-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 V 1–103（103 aa）链 X 1–103（103 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；80 nM SWR1, 160 nM nucleosomes, 1 mM ADP, 10 mM NaF, 8 mM BeCl2, 0.05% glutaraldehyde, 20 mM HEPES-KOH pH 7.6, 1.5 mM MgCl2, 0.25 mM TCEP, 0.01% IGEPAL CA-630, 1% glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 second blot time and blot force of 10.	分辨率 4.40 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0B4KFZ9_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Histone H2A

Drosophila melanogaster

UniProt P84051

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明：undecameric（11）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–124 链 G； UniProt 1–124	未记录	Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （A0A0B4KFZ9） Histone H2B × 2 （P02283） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 chromatin remodeling factor ISWI × 1 （G0S9L5）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.07 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6PWF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NQB Drosophila Nucleosome Structure 提交 2006-10-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–123（123 aa）链 G 1–123（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Constituents of the crystallization buffer: Potassium Chloride, Manganese Chloride, and Potassium Cacodylate., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
2PYO Drosophila nucleosome core 提交 2007-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 2–121（120 aa）链 G 2–121（120 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 14 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；Crystallization was carried out by equilibrating a droplet containing 3 mg/ml nucleosome core particle, 80-85 mM MnCl2, 50-80 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0) against a reservoir solution containing of 40-42.5 mM MnCl2, 25-40 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0). , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.43 Å R-free 0.262
4QLC Crystal structure of chromatosome at 3.5 angstrom resolution 提交 2014-06-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 C 2–124（123 aa）链 G 2–124（123 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.75；291 K；0.1 mM Citric acid, 0.1mM potassium chloride, and 10% MPD, pH 3.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.50 Å R-free 0.243
4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 16–117（102 aa）片段：UNP RESIDUES 16-117 链 G 16–117（102 aa）片段：UNP RESIDUES 16-117	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.286
4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 M 16–117（102 aa）片段：UNP RESIDUES 16-117 链 Q 16–117（102 aa）片段：UNP RESIDUES 16-117	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.286
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 C 15–118（104 aa）片段：UNP residues 15-118 链 G 15–118（104 aa）片段：UNP residues 15-118	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 M 15–118（104 aa）片段：UNP residues 15-118 链 Q 15–118（104 aa）片段：UNP residues 15-118	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
6DZT Cryo-EM structure of nucleosome in complex with a single chain antibody fragment 提交 2018-07-05	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–124（124 aa）链 G 1–124（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
6PWE Cryo-EM structure of nucleosome core particle 提交 2019-07-22	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–124（124 aa）链 G 1–124（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
7PJ1 Solution structure of isolated Drosophila histone H2A-H2B heterodimer 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–124（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM histone H2A, 0.5 mM [U-15N; U-2H] histone H2B, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7XYF Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 position of the nucleosome 提交 2022-06-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 C 14–119（106 aa）链 G 14–119（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7XYG Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 position of the nucleosome 提交 2022-06-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 C 2–124（123 aa）链 G 2–124（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8PP6 human RYBP-PRC1 bound to H2AK118ub1 nucleosome 提交 2023-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 C 2–124（123 aa）链 G 2–124（123 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
8PP7 human RYBP-PRC1 bound to mononucleosome 提交 2023-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 C 2–124（123 aa）链 G 2–124（123 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
8UX1 Cryo-EM structure of Ran bound to RCC1 and the nucleosome core particle 提交 2023-11-08	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–124（124 aa）链 G 1–124（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
9MU4 Structure of a native Drosophila melanogaster octameric nucleosome 提交 2025-01-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 c 14–119（106 aa）链 g 14–119（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
9MU5 Structure of a native Drosophila melanogaster hexameric nucleosome 提交 2025-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 g 14–118（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
9MU9 Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map 提交 2025-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 c 14–119（106 aa）链 g 14–119（106 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å
9ZQ9 Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 1 提交 2025-12-18	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 A 1–124（124 aa）链 B 1–124（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9ZQA Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 2 提交 2025-12-18	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 A 1–124（124 aa）链 B 1–124（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
9ZQB Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 1 提交 2025-12-18	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 A 1–124（124 aa）链 B 1–124（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.10 Å
9ZQC Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 2 提交 2025-12-18	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 A 1–124（124 aa）链 B 1–124（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.37 Å

共 20 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A_DROME
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 G； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124

Histone H2B

Drosophila melanogaster

UniProt P02283

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明：undecameric（11）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 1–123 链 H； UniProt 1–123	未记录	Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （A0A0B4KFZ9） Histone H2A × 2 （P84051） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 chromatin remodeling factor ISWI × 1 （G0S9L5）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.07 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6PWF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NQB Drosophila Nucleosome Structure 提交 2006-10-30	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–123（123 aa）链 H 1–123（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Constituents of the crystallization buffer: Potassium Chloride, Manganese Chloride, and Potassium Cacodylate., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
2PYO Drosophila nucleosome core 提交 2007-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 2–123（122 aa）链 H 2–123（122 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 14 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；Crystallization was carried out by equilibrating a droplet containing 3 mg/ml nucleosome core particle, 80-85 mM MnCl2, 50-80 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0) against a reservoir solution containing of 40-42.5 mM MnCl2, 25-40 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0). , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.43 Å R-free 0.262
4QLC Crystal structure of chromatosome at 3.5 angstrom resolution 提交 2014-06-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 D 2–123（122 aa）链 H 2–123（122 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.75；291 K；0.1 mM Citric acid, 0.1mM potassium chloride, and 10% MPD, pH 3.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.50 Å R-free 0.243
4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 D 33–122（90 aa）片段：UNP RESIDUES 33-122 链 H 33–122（90 aa）片段：UNP RESIDUES 33-122	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.286
4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 N 33–122（90 aa）片段：UNP RESIDUES 33-122 链 R 33–122（90 aa）片段：UNP RESIDUES 33-122	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.286
5CVE Crystal Structure of human NRMT1 in complex with dimethylated fly H2B peptide and SAH 提交 2015-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–10（9 aa）片段：UNP residues 2-10	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.7；291 K；0.2 M (NH4)Ac, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 24%(w/v) PEG 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.179
5CVE Crystal Structure of human NRMT1 in complex with dimethylated fly H2B peptide and SAH 提交 2015-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–10（9 aa）片段：UNP residues 2-10	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.7；291 K；0.2 M (NH4)Ac, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 24%(w/v) PEG 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.179
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 D 29–122（94 aa）片段：UNP residues 29-122 链 H 29–122（94 aa）片段：UNP residues 29-122	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 N 29–122（94 aa）片段：UNP residues 29-122 链 R 29–122（94 aa）片段：UNP residues 29-122	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
6DZT Cryo-EM structure of nucleosome in complex with a single chain antibody fragment 提交 2018-07-05	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 D 2–123（122 aa）链 H 2–123（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
6PWE Cryo-EM structure of nucleosome core particle 提交 2019-07-22	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–123（123 aa）链 H 1–123（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
7PJ1 Solution structure of isolated Drosophila histone H2A-H2B heterodimer 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–123（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM histone H2A, 0.5 mM [U-15N; U-2H] histone H2B, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7XYF Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 position of the nucleosome 提交 2022-06-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 D 29–123（95 aa）链 H 29–123（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7XYG Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 position of the nucleosome 提交 2022-06-01	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 D 1–123（123 aa）链 H 1–123（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8PP6 human RYBP-PRC1 bound to H2AK118ub1 nucleosome 提交 2023-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 D 2–123（122 aa）链 H 2–123（122 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
8PP7 human RYBP-PRC1 bound to mononucleosome 提交 2023-07-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 D 1–123（123 aa）链 H 1–123（123 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
8UX1 Cryo-EM structure of Ran bound to RCC1 and the nucleosome core particle 提交 2023-11-08	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 D 1–123（123 aa）链 H 1–123（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
9MU4 Structure of a native Drosophila melanogaster octameric nucleosome 提交 2025-01-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 d 27–123（97 aa）链 h 27–123（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
9MU5 Structure of a native Drosophila melanogaster hexameric nucleosome 提交 2025-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 h 27–123（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
9MU9 Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map 提交 2025-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 d 27–123（97 aa）链 h 27–123（97 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å
9ZQ9 Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 1 提交 2025-12-18	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 C 2–123（122 aa）链 D 2–123（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9ZQA Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 2 提交 2025-12-18	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 C 1–123（123 aa）链 D 1–123（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
9ZQB Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 1 提交 2025-12-18	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 C 1–123（123 aa）链 D 1–123（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.10 Å
9ZQC Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 2 提交 2025-12-18	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 C 1–123（123 aa）链 D 1–123（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.37 Å

共 21 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B_DROME
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123 作者链 H； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123

chromatin remodeling factor ISWI

Chaetomium thermophilum

UniProt G0S9L5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明：undecameric（11）与全部聚合物数一致	链 K； UniProt 77–134 链 K； UniProt 167–722	片段：UNP residues 77-134,167-722	Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （A0A0B4KFZ9） Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.07 Å

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0S9L5_CHATD
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 23–80； UniProt 77–134 作者链 K； PDB构建体 85–640； UniProt 167–722

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6pwf
沉积日期 deposition_date	2019-07-22
结构标题 title	Cryo-EM structure of the ATPase domain of chromatin remodeling factor ISWI bound to the nucleosome
关键词 keywords	nucleosome, DNA-binding protein, ATP-dependent chromatin remodeler, ISWI, STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex; STRUCTURAL PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.28 Å
零角强度 I(0) i0	1167640000.00
分子量 molecular_weight	221160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	251490 Å³
包络体积 envelope_volume	394220 Å³
水化壳体积 shell_volume	75175 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.3 Å
壳层 Rg shell_rg	48.93 Å
包络 Rg envelope_rg	42.60 Å
形状 Rg shape_rg	43.24 Å
总 Rg total_rg	43.59 Å
总原子数 total_atoms	15197
残基数 n_residues	1500
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	147.3 Å
Rg (实空间) rg_real	44.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1680e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0720e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1168000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8184
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.222
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.461
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	129400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.878; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15421.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	15197

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11408.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MTGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	13388.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MSGRGKGGKVKGKAKSRSNRAGLQFPVGRIHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVMEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLSGVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTEKKA

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B
分子量 formula_weight	13727.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MPPKTSGKAAKKAGKAQKNITKTDKKKKRKRKESYAIYIYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDIFERIAAEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (147-MER)
分子量 formula_weight	45610.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (147-MER)
分子量 formula_weight	45138.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	chromatin remodeling factor ISWI
分子量 formula_weight	73458.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MAHHHHHHGHHHENLYFQGSSSGKKHDRLGENKEDDTLRRFRYLLGLTDLFRHFIETNPNPKIREIMAEIDRQNAEEAKKGSSGGGSAETVFRESPPFIKGTMRDYQIAGLNWLISLHENGISGILADEMGLGKTLQTISFLGYLRHIQGITGPHLVAVPKSTLDNWKREFEKWTPDVNVLVLQGAKEERHQLINDRLIDEDFDVCITSYEMILREKAHLKKFAWEYIIIDEAHRIKNEESSLSQVIRMFSSRNRLLITGTPLQNNLHELWALLNFLLPDVFGDSDAFDQWFRGQDRDQDQVVQQLHRVLRPFLLRRVKSDVEKSLLPKKEINVYIGMSEMQVKWYKKILEKDIDAVNGAGGKRESKTRLLNIVMQLRKCCNHPYLFEGAEPGPPYTTDEHLIYNSGKMIVLDKLLKRLQSQGSRVLIFSQMSRLLDILEDYCVFRGYKYCRIDGGTAHEDRIAAIDEYNRPGSDKFIFLLTTRAGGLGINLTTADTVILYDSDWNPQADLQAMDRAHRIGQTKQVVVYRFVTDNAIEEKVLERAAQKLRLDQLVIQQGRAQIATKAAANKEELLSMIQHGAEKVFQTKGAFGLMAEKGANLDDDDIDAILKAGEERTRELNAKYEKLGIDDLQKFTSES

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	209285
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.07 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	32529

fit	/app/data/saxs_computation/pw/6pwf/6pwf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pw/6pwf/6pwf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pw/6pwf/6pwf.dat

Cryo-EM structure of the ATPase domain of chromatin remodeling factor ISWI bound to the nucleosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

chromatin remodeling factor ISWI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)