6py2

HLA-TCR complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain × 1 （A0A0U5IHY9） DQ2.2-glut-L1 × 1 T-cell receptor, T594, alpha chain,T-cell receptor, T594, alpha chain × 1 （K7N5N2） T-cell receptor, T594, beta chain,T-cell receptor, T594, beta chain × 1 （K7N5M4） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q08AS3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254

HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain

Homo sapiens

UniProt A0A0U5IHY9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain × 1 （Q08AS3） DQ2.2-glut-L1 × 1 T-cell receptor, T594, alpha chain,T-cell receptor, T594, alpha chain × 1 （K7N5N2） T-cell receptor, T594, beta chain,T-cell receptor, T594, beta chain × 1 （K7N5M4） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0U5IHY9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–261； UniProt 1–261

T-cell receptor, T594, alpha chain,T-cell receptor, T594, alpha chain

Homo sapiens

UniProt K7N5N2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain × 1 （Q08AS3） HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain × 1 （A0A0U5IHY9） DQ2.2-glut-L1 × 1 T-cell receptor, T594, beta chain,T-cell receptor, T594, beta chain × 1 （K7N5M4） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	K7N5N2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 114–206； UniProt 115–207

T-cell receptor, T594, beta chain,T-cell receptor, T594, beta chain

Homo sapiens

UniProt K7N5M4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain × 1 （Q08AS3） HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain × 1 （A0A0U5IHY9） DQ2.2-glut-L1 × 1 T-cell receptor, T594, alpha chain,T-cell receptor, T594, alpha chain × 1 （K7N5N2） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	K7N5M4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 116–245； UniProt 120–249

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6py2
沉积日期 deposition_date	2019-07-28
结构标题 title	HLA-TCR complex
关键词 keywords	HLA, MHC, TCR, Gluten, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6py2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6py2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6py2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.94 Å
Rg（电子密度）	37.07 Å
总 Rg	37.28 Å
原子数	6436
残基数	806
排除体积	113800 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6py2__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain
分子量 formula_weight	27963.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6457

MILNKALMLGALALTTVMSPCGGEDIVADHVASYGVNLYQSYGPSGQFTHEFDGDEEFYVDLERKETVWKLPLFHRLRFDPQFALTNIAVLKHNLNILIKRSNSTAATNEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNGHSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKISYLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDEPLLKHWEPEIPAPMSELTETVVCALGLSVGLVGIVVGTVLIIRGLRSVGASRHQGPL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain
分子量 formula_weight	29714.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSWKKALRIPGGLRAATVTLMLSMLSTPVAEGRDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVSRSIYNREEIVRFDSDVGEFRAVTLLGLPAAEYWNSQKDILERKRAAVDRVCRHNYQLELRTTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNGQEETAGVVSTPLIRNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVLGLIFLGLGLIIHHRSQKGLLH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DQ2.2-glut-L1
分子量 formula_weight	1301.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

APFSEQEQPVLG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	T-cell receptor, T594, alpha chain,T-cell receptor, T594, alpha chain
分子量 formula_weight	22702.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MNSVTQMEGPVTLSEEAFLTINCTYTATGYPSLFWYVQYPGEGLQLLLKATKADDKGSNKGFEATYRKETTSFHLEKGSVQVSDSAVYFCASPQGGSEKLVFGKGTKLTVNPYIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	T-cell receptor, T594, beta chain,T-cell receptor, T594, beta chain
分子量 formula_weight	27423.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MGVAQSPRYKIIEKRQSVAFWCNPISGHATLYWYQQILGQGPKLLIQFQNNGVVDDSQLPKDRFSAERLKGVDSTLKIQPAKLEDSAVYLCASSSGGWGGGTEAFFGQGTRLTVVEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	21

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6py2A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	6py2A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6py2E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	75.280 Å
晶胞边长 b length_b	275.140 Å
晶胞边长 c length_c	141.550 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.825 Å
最低分辨率 resolution_low	45.857 Å
R 因子 r_factor	0.2174
R_work r_work	0.2159
R_free r_free	0.2442

HLA-TCR complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T-cell receptor, T594, alpha chain,T-cell receptor, T594, alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T-cell receptor, T594, beta chain,T-cell receptor, T594, beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6py2__assembly_1__model_1

6py2__assembly_1__model_1 | I(q)

6py2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)