SAXSdb — 6qba

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinol-binding protein 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–201	未记录	DNA-binding protein 7a × 1 （P61991） 2T1 2-[({4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)amino]benzoic acid × 1 IMD IMIDAZOLE × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ZN ZINC ION × 3 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.2 M Zn acetate 0.1 M imidazole pH 8 20% PEG 3K	分辨率 1.80 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6QBA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BRP CRYSTAL STRUCTURE OF THE TRIGONAL FORM OF HUMAN PLASMA RETINOL-BINDING PROTEIN AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–198（182 aa）	未记录	RTL RETINOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1BRQ CRYSTAL STRUCTURE OF THE TRIGONAL FORM OF HUMAN PLASMA RETINOL-BINDING PROTEIN AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–198（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1JYD Crystal Structure of Recombinant Human Serum Retinol-Binding Protein at 1.7 A Resolution 提交 2001-09-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–198（182 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；289 K；Sodium cacodylate, sodium chloride, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.270
1JYJ Crystal Structure of a Double Variant (W67L/W91H) of Recombinant Human Serum Retinol-binding Protein at 2.0 A Resolution 提交 2001-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–198（182 aa）	突变：W67L, W91H	GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.1；289 K；Sodium Chloride, Tris/HCl buffer, beta-octyl-glucoside, pH 9.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
1QAB The structure of human retinol binding protein with its carrier protein transthyretin reveals interaction with the carboxy terminus of RBP 提交 1999-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 24–201（178 aa）链 F 24–201（178 aa）	未记录	RTL RETINOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.403
1RBP CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT OF HUMAN SERUM RETINOL BINDING PROTEIN AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-04-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–198（182 aa）	未记录	RTL RETINOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1RLB RETINOL BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH TRANSTHYRETIN 提交 1995-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 17–190（174 aa）链 F 17–190（174 aa）	未记录	REA RETINOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
2WQ9 Crystal Structure of RBP4 bound to Oleic Acid 提交 2009-08-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–192（174 aa）片段：RESIDUES 19-192	未记录	CL CHLORIDE ION × 5 OLA OLEIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 3.5 TO 4.2 M NACL, 1M HEPES PH 7.2	分辨率 1.65 Å R-free 0.219
2WQA Complex of TTR and RBP4 and Oleic Acid 提交 2009-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 19–194（176 aa）链 F 19–194（176 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 11 OLA OLEIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.85 Å R-free 0.253
2WR6 Structure of the complex of RBP4 with linoleic acid 提交 2009-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–192（174 aa）片段：RESIDUES 19-192	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 ODT (11E,13E,15Z)-OCTADECA-11,13,15-TRIENOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 3.5-4.2M NACL, 0.1M HEPES, PH 7.2	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
3BSZ Crystal structure of the transthyretin-retinol binding protein-Fab complex 提交 2007-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 E 19–194（176 aa）链 F 19–194（176 aa）	未记录	RTL RETINOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；2.35M ammonium phosphate, 10mM sodium citrate, 10mM beta-mercaptoethanol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.38 Å R-free 0.312
3FMZ Crystal Structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4) in complex with non-retinoid ligand 提交 2008-12-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–201（183 aa）	未记录	2T1 2-[({4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)amino]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；289 K；0.4M Mg formate, 0.1M GndHCl, 0.1M Bis-Tris 6.5, vapor diffusion, temperature 289K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3FMZ Crystal Structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4) in complex with non-retinoid ligand 提交 2008-12-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 19–201（183 aa）	未记录	2T1 2-[({4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)amino]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；289 K；0.4M Mg formate, 0.1M GndHCl, 0.1M Bis-Tris 6.5, vapor diffusion, temperature 289K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
4O9S Crystal structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4)in complex with a non-retinoid ligand 提交 2014-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–201（183 aa）	未记录	2RY 1-[4-(7-thia-9,11-diazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-1(12),2(6),8,10-tetraen-12-yl)piperazin-1-yl]-2-[2-(trifluoromethyl)phenyl]ethanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 CL CHLORIDE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；1M ammonium phosphate dibasic, 0.1M imidazole, 0.2M sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.261
4O9S Crystal structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4)in complex with a non-retinoid ligand 提交 2014-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 19–201（183 aa）	未记录	2RY 1-[4-(7-thia-9,11-diazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-1(12),2(6),8,10-tetraen-12-yl)piperazin-1-yl]-2-[2-(trifluoromethyl)phenyl]ethanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；1M ammonium phosphate dibasic, 0.1M imidazole, 0.2M sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.261
4O9S Crystal structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4)in complex with a non-retinoid ligand 提交 2014-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–201（183 aa）链 B 19–201（183 aa）	未记录	2RY 1-[4-(7-thia-9,11-diazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-1(12),2(6),8,10-tetraen-12-yl)piperazin-1-yl]-2-[2-(trifluoromethyl)phenyl]ethanone × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 26 CL CHLORIDE ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；1M ammonium phosphate dibasic, 0.1M imidazole, 0.2M sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.261
4PSQ Crystal Structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4) in complex with a non-retinoid ligand 提交 2014-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 19–201（183 aa）片段：UNP residues 19-201	未记录	2WL (1-benzyl-1H-imidazol-4-yl)[4-(2-chlorophenyl)piperazin-1-yl]methanone × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1 M ammonium phosphate dibasic, 0.1 M imidazole, pH 8.0, 200 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.287
4PSQ Crystal Structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4) in complex with a non-retinoid ligand 提交 2014-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–201（183 aa）片段：UNP residues 19-201	未记录	2WL (1-benzyl-1H-imidazol-4-yl)[4-(2-chlorophenyl)piperazin-1-yl]methanone × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1 M ammonium phosphate dibasic, 0.1 M imidazole, pH 8.0, 200 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.287
5NTY Structure of non-fluorescent human plasma RBP4 提交 2017-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–200（182 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；279 K；4.5M NaCl, 20mM Na cacodylate, pH 6.8	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
5NU2 Structure of non-fluorescent human urine RBP4 提交 2017-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–200（182 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；4.3 M NaCl, 100 mM Hepes, pH 7.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.184
5NU6 Structure of non-fluorescent human amniotic fluid RBP4 提交 2017-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–200（182 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；4.3 M NaCl, 100 mM Hepes, pH 7.5	分辨率 1.68 Å R-free 0.197
5NU7 Structure of human holo plasma RBP4 提交 2017-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–200（182 aa）	未记录	RTL RETINOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；277 K；4.5 M NaCl, 20 mM Na cacodylate, pH 6.8	分辨率 1.50 Å R-free 0.210
5NU8 Structure of human urine RBP4 saturated with palmitate 提交 2017-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–200（182 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；4.3 M NaCl, 100 mM Hepes, pH 7.5	分辨率 1.59 Å R-free 0.212
5NU9 Structure of human amniotic fluid RBP4 saturated with palmitate 提交 2017-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–200（182 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；4.3 M NaCl, 100 mM Hepes, pH 7.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.195
5NUA Structure of human urine RBP4 saturated with laurate 提交 2017-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–200（182 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；4.3 M NaCl, 100 mM Hepes, pH 7.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.197
5NUB Structure of human amniotic fluid RBP4 saturated with laurate 提交 2017-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–200（182 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；4.3 M NaCl, 100 mM Hepes, pH 7.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.205

共 22 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RET4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–185； UniProt 19–201

DNA-binding protein 7a

Sulfolobus solfataricus

UniProt P61991

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–62	未记录	Retinol-binding protein 4 × 1 （P02753） 2T1 2-[({4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)amino]benzoic acid × 1 IMD IMIDAZOLE × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ZN ZINC ION × 3 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.2 M Zn acetate 0.1 M imidazole pH 8 20% PEG 3K	分辨率 1.80 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6QBA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B4O NMR STUDY OF SSO7D MUTANT (F31A) MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1998-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–62（62 aa）	突变：F31A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；300 K NMR样品组成 H2O	分辨率未提供
1SSO SOLUTION STRUCTURE AND DNA-BINDING PROPERTIES OF A THERMOSTABLE PROTEIN FROM THE ARCHAEON SULFOLOBUS SOLFATARICUS 提交 1995-03-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–62（62 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2CVR NMR solution structure of sso7d mutant, K12L, 12 conformers 提交 2005-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–62（62 aa）	突变：K12L	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；300 K；压力 AMBIENT NMR样品组成 2mM K12L; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2mM K12L; 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DN7A_SULSO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–61； UniProt 2–62

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6qba
沉积日期 deposition_date	2018-12-20
结构标题 title	Crystal Structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4) in complex with non-retinoid ligand A1120 and engineered binding scaffold
关键词 keywords	Lipocalin, RBP4, Retinol binding protein, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.73 Å
零角强度 I(0) i0	15122300.00
分子量 molecular_weight	28183.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34752 Å³
包络体积 envelope_volume	41254 Å³
水化壳体积 shell_volume	18054 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.4 Å
壳层 Rg shell_rg	25.75 Å
包络 Rg envelope_rg	20.28 Å
形状 Rg shape_rg	19.66 Å
总 Rg total_rg	20.79 Å
总原子数 total_atoms	3849
残基数 n_residues	237
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.9 Å
Rg (实空间) rg_real	20.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0460e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15120000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7958
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.428
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.259
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3799000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.791; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Retinol-binding protein 4
分子量 formula_weight	21251.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4058

GPERDCRVSSFRVKENFDKARFSGTWYAMAKKDPEGLFLQDNIVAEFSVDETGQMSATAKGRVRLLNNWDVCADMVGTFTDTEDPAKFKMKYWGVASFLQKGNDDHWIVDTDYDTYAVQYSCRLLNLDGTCADSYSFVFSRDPNGLPPEAQKIVRQRQEELCLARQYRLIVHNGYCDGRSERNLL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-binding protein 7a
分子量 formula_weight	6930.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.27.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ATVKLTYQGEEKQVDISKIKRVARYGQNIYFSYDEGGGAYDYGAVSEKDAPKELLQMLEKQ

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-[({4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)amino]benzoic acid
分子量 formula_weight	392.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	209

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6qbaa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.1 — Retinol binding protein-like

结构域编号 domain_id	d6qbab_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.1 — Histone-like proteins from archaea

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6qbaA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	44.456 Å
晶胞边长 b length_b	77.614 Å
晶胞边长 c length_c	80.509 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	40.250 Å
R 因子 r_factor	0.1901
R_work r_work	0.1881
R_free r_free	0.2207

fit	/app/data/saxs_computation/qb/6qba/6qba.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qb/6qba/6qba.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qb/6qba/6qba.dat

Crystal Structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4) in complex with non-retinoid ligand A1120 and engineered binding scaffold

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinol-binding protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-binding protein 7a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)