6qmr

Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-2-(2-((3'-(1-amino-2-hydroxyethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy)phenyl)acetic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.8 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement factor D

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–253	未记录	J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–253	未记录	J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–253	未记录	J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 2–253	未记录	J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 2–253	未记录	J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 2–253	未记录	J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate	分辨率 2.00 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6QMR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BIO HUMAN COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH ISATOIC ANHYDRIDE INHIBITOR 提交 1998-06-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	SOA ISATOIC ANHYDRIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4	分辨率 1.50 Å R-free 0.191
1DFP FACTOR D INHIBITED BY DIISOPROPYL FLUOROPHOSPHATE 提交 1997-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–253（228 aa）链 B 26–253（228 aa）	未记录	DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；INHIBITED PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 12-16% PEG 6000 AND 0.2 M NACL,50MM MES BUFFER, PH=5.6-5.8.	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
1DIC STRUCTURE OF 3,4-DICHLOROISOCOUMARIN-INHIBITED FACTOR D 提交 1998-07-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	DIC 3,4-DICHLOROISOCOUMARIN × 1 O OXYGEN ATOM × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 1.80 Å R-free 0.251
1DST MUTANT OF FACTOR D WITH ENHANCED CATALYTIC ACTIVITY 提交 1995-09-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	突变：S94Y, T214S, S215W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8	分辨率 2.00 Å R-free 0.213
1DSU HUMAN FACTOR D, COMPLEMENT ACTIVATING ENZYME 提交 1995-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–253（228 aa）链 B 26–253（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.203
1FDP PROENZYME OF HUMAN COMPLEMENT FACTOR D, RECOMBINANT PROFACTOR D 提交 1998-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–253（235 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 10-12% PEG-6000 AND 30MM MES (PH5.2). THE DROPS CONTAINED EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN SOLUTION (10MG/ML), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.251
1FDP PROENZYME OF HUMAN COMPLEMENT FACTOR D, RECOMBINANT PROFACTOR D 提交 1998-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 19–253（235 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 10-12% PEG-6000 AND 30MM MES (PH5.2). THE DROPS CONTAINED EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN SOLUTION (10MG/ML), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.251
1FDP PROENZYME OF HUMAN COMPLEMENT FACTOR D, RECOMBINANT PROFACTOR D 提交 1998-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 19–253（235 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 10-12% PEG-6000 AND 30MM MES (PH5.2). THE DROPS CONTAINED EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN SOLUTION (10MG/ML), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.251
1FDP PROENZYME OF HUMAN COMPLEMENT FACTOR D, RECOMBINANT PROFACTOR D 提交 1998-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 19–253（235 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 10-12% PEG-6000 AND 30MM MES (PH5.2). THE DROPS CONTAINED EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN SOLUTION (10MG/ML), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.251
1HFD HUMAN COMPLEMENT FACTOR D IN A P21 CRYSTAL FORM 提交 1998-06-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；pH 5.4	分辨率 2.30 Å R-free 0.216
2XW9 Crystal Structure of Complement Factor D mutant S183A 提交 2010-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	突变：YES	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 1.20 Å R-free 0.176
2XWA Crystal Structure of Complement Factor D Mutant R202A 提交 2010-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	突变：YES	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
2XWA Crystal Structure of Complement Factor D Mutant R202A 提交 2010-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–253（228 aa）	突变：YES	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 26–253（228 aa）	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；PH 7.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.244
2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 26–253（228 aa）	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；PH 7.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.244
2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 26–253（228 aa）	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；PH 7.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.244
2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 26–253（228 aa）	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；PH 7.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.244
4CBN Crystal structure of Complement Factor D mutant R202A after conventional refinement 提交 2013-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）片段：RESIDUES 26-253	突变：YES	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 15% PEG 6000, 50 MM MES/NAOH, PH 6.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.219
4CBN Crystal structure of Complement Factor D mutant R202A after conventional refinement 提交 2013-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–253（228 aa）片段：RESIDUES 26-253	突变：YES	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 15% PEG 6000, 50 MM MES/NAOH, PH 6.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.219
4CBO Crystal structure of Complement Factor D mutant R202A after ensemble refinement 提交 2013-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）片段：RESIDUES 26-253	突变：YES	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 15% PEG 6000, 50 MM MES/NAOH PH 6.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.212
4CBO Crystal structure of Complement Factor D mutant R202A after ensemble refinement 提交 2013-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–253（228 aa）片段：RESIDUES 26-253	突变：YES	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 15% PEG 6000, 50 MM MES/NAOH PH 6.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.212
4D9R Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris-HCl, 0.02 M NH4PO4, MPD 50.0% v/v, 0.01 M hexamine cobalt (III) chloride, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.42 Å R-free 0.251
4D9R Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 26–253（228 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris-HCl, 0.02 M NH4PO4, MPD 50.0% v/v, 0.01 M hexamine cobalt (III) chloride, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.42 Å R-free 0.251
5FBE COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH COMPOUND2 提交 2015-12-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）片段：UNP residues 26-253	未记录	GOL GLYCEROL × 1 5W5 methyl 2-[[[(2~{S})-2-[[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]carbamoyl]pyrrolidin-1-yl]carbonylamino]methyl]benzoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1 MICROLITER PROTEIN SOLUTION WAS MIXED WITH 1 MICROLITER RESERVOIR SOLUTION. PROTEIN SOLUTION: 18 mg/mL FD, 10 mM Tris pH 7.0, 100 mM NaCl; RESERVOIR SOLUTION: 22% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5; SOAKING AND CRYO: ADDITION of 10 mM COMPOUND2 for 45 min FOLLOWED by the ADDITION OF 0.5 MICROLITER GLYCEROL AND FLASH FREEZING IN LIQUIT NITROGEN.	分辨率 1.43 Å R-free 0.188
5FBI COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH COMPOUND 3b 提交 2015-12-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 5WD 3-[(2-aminocarbonyl-1~{H}-indol-5-yl)oxymethyl]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1 Microliter of protein solution was mixed with 1 microliter of reservoir solution. Protein solution: 18.3 mg/ml factor D, 10 mM Tris pH 7.0, 100 mM sodium chloride; Reservoir solution: 22% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5; Soaking and cryo: 0.5 ul 100 mM compound 3b in 90% DMSO was added to the crystal containing drop and incubated for 45 min followed by the addition of 0.5 ul glyerol and flash freezing in liquid nitrogen.	分辨率 1.47 Å R-free 0.196
5FCK COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH COMPOUND 5 提交 2015-12-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	5WC 1-[2-[(1~{R},3~{S},5~{R})-3-[[(1~{R})-1-(3-chloranyl-2-fluoranyl-phenyl)ethyl]carbamoyl]-2-azabicyclo[3.1.0]hexan-2-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]pyrazolo[3,4-c]pyridine-3-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1 uL FD solution (18 mg/mL FD, 10 mM Tris pH 7.0, 100 mM NaCl) was mixed with 1 uL reservoir solution (25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.0) and equilibrated against 1 mL reservoir solution.	分辨率 1.86 Å R-free 0.237
5MT0 COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH A REVERSIBLE INDOLE CARBOXYLIC ACID BASED INHIBITOR 提交 2017-01-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	QJS 5-fluoranyl-3-[[(1~{S},2~{S})-2-phenylcyclopropyl]carbonylamino]-1~{H}-indole-2-carboxylic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM BIS-TRIS pH 6.5	分辨率 1.29 Å R-free 0.196
5MT4 COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH A REVERSIBLE BENZOIC ACID BASED INHIBITOR 提交 2017-01-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	M7O 2-[(phenylmethyl)carbamoylamino]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；26% PEGME2000, 100mM Bis-Tris pH 6.5	分辨率 1.65 Å R-free 0.239
5NAR Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-pyrrolidine-1,2-dicarboxylic acid 1-[(1-carbamoyl-1H-indol-3-yl)-amide] 2-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide] 提交 2017-02-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 8RW (2~{S})-~{N}1-(1-aminocarbonylindol-3-yl)-~{N}2-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；MM NACL, 0.5MM NVP-BVT244-NX-1 + 1 UL RESERVOIR SOLUTION	分辨率 1.55 Å R-free 0.231
5NAT Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-Pyrrolidine-1,2-dicarboxylic acid 1-[(1-methyl-1H-indol-3-yl)-amide] 2-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide] 提交 2017-02-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 8RT (2~{S})-~{N}1-(1-methylindol-3-yl)-~{N}2-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；MM NACL + 1 UL RESERVOIR SOLUTION	分辨率 1.17 Å
5NAW Complement factor D in complex with the inhibitor (1R,3S,5R)-2-Aza-bicyclo[3.1.0]hexane-2,3-dicarboxylic acid 2-[(1-carbamoyl-1H-indol-3-yl)-amide] 3-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide] 提交 2017-02-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	8RZ (1~{R},3~{S},5~{R})-~{N}2-(1-aminocarbonylindol-3-yl)-~{N}3-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]-2-azabicyclo[3.1.0]hexane-2,3-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；27% PEG 3350 100 mM HEPES pH 7.5	分辨率 1.25 Å R-free 0.178
5NB6 Complement factor D in complex with the inhibitor (2S,4S)-4-Amino-pyrrolidine-1,2-dicarboxylic acid 1-[(1-carbamoyl-1H-indol-3-yl)-amide] 2-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide] 提交 2017-03-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	8S2 (2~{S},4~{S})-~{N}1-(1-aminocarbonylindol-3-yl)-4-azanyl-~{N}2-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；22% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl	分辨率 1.75 Å R-free 0.297
5NB7 Complement factor D 提交 2017-03-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 8NQ 1-[2-[(1~{R},3~{S},5~{R})-3-[(6-bromanylpyridin-2-yl)carbamoyl]-2-azabicyclo[3.1.0]hexan-2-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]indazole-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；22% PEG 3350, 0.1 m HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl	分辨率 1.33 Å R-free 0.196
5NBA Complement factor D in complex with the inhibitor (2S,4R)-4-Fluoro-pyrrolidine-1,2-dicarboxylic acid 1-[(1-carbamoyl-1H-indol-3-yl)-amide] 2-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide] 提交 2017-03-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	8S5 (2~{S},4~{R})-~{N}1-(1-aminocarbonylindol-3-yl)-4-fluoranyl-~{N}2-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl	分辨率 1.87 Å R-free 0.260
5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000	分辨率 3.15 Å R-free 0.264
5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000	分辨率 3.15 Å R-free 0.264
5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000	分辨率 3.15 Å R-free 0.264
5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000	分辨率 3.15 Å R-free 0.264
5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000	分辨率 3.15 Å R-free 0.264
5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000	分辨率 3.15 Å R-free 0.264
5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000	分辨率 3.15 Å R-free 0.264
5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000	分辨率 3.37 Å R-free 0.260
5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000	分辨率 3.37 Å R-free 0.260
5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000	分辨率 3.37 Å R-free 0.260
5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000	分辨率 3.37 Å R-free 0.260
5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000	分辨率 3.37 Å R-free 0.260
5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000	分辨率 3.37 Å R-free 0.260
5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000	分辨率 3.37 Å R-free 0.260
6FTY COMPLEMENT FACTOR D COMPLEXED WITH COMPOUND 5 提交 2018-02-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	E7H 4-[[(5~{S},7~{R})-3-azanyl-1-adamantyl]carbonylamino]-1~{H}-indole-2-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.5	分辨率 1.67 Å R-free 0.214
6FTZ COMPLEMENT FACTOR D COMPLEXED WITH COMPOUND 6 提交 2018-02-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	E7E ~{N}4-[3-(aminomethyl)phenyl]-1~{H}-indole-2,4-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5	分辨率 1.67 Å R-free 0.220
6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–253（228 aa）	未记录	E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 26–253（228 aa）	未记录	E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 26–253（228 aa）	未记录	E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 26–253（228 aa）	未记录	E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 26–253（228 aa）	未记录	E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
6FUH Complement factor D in complex with the inhibitor (4-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)quinazolin-2-yl)-L-valine 提交 2018-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	E88 (2~{S})-2-[[4-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]quinazolin-2-yl]amino]-3-methyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5, 200 mM NH4SO2, 2 mM inhibitor	分辨率 1.37 Å R-free 0.180
6FUI Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	E7W (1~{R},2~{S})-2-[[4-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]quinazolin-2-yl]amino]cyclohexane-1-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5	分辨率 1.38 Å R-free 0.198
6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	E8B ~{N}-[3-[3-(aminomethyl)phenyl]phenyl]-3-methyl-butanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–253（228 aa）	未记录	E8B ~{N}-[3-[3-(aminomethyl)phenyl]phenyl]-3-methyl-butanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 26–253（228 aa）	未记录	E8B ~{N}-[3-[3-(aminomethyl)phenyl]phenyl]-3-methyl-butanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 26–253（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 26–253（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 26–253（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
6FUT Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-3'-(aminomethyl)-N-(1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl)-[1,1'-biphenyl]-3-carboxamide 提交 2018-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	E82 3-[3-(aminomethyl)phenyl]-~{N}-[(1~{S})-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl]benzamide × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.184
6QMT Complement factor D in complex with the inhibitor 2-(2-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-carboxamido)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–253（252 aa）	未记录	J7B 2-[2-[[3-[3-(aminomethyl)phenyl]phenyl]carbonylamino]phenyl]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEGME 3350, 100 mM Bis-Tris pH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.231
6QMT Complement factor D in complex with the inhibitor 2-(2-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-carboxamido)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–253（252 aa）	未记录	J7B 2-[2-[[3-[3-(aminomethyl)phenyl]phenyl]carbonylamino]phenyl]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEGME 3350, 100 mM Bis-Tris pH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.231
6VMJ Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Z 26–253（228 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1 M sodium citrate	分辨率 2.95 Å R-free 0.265
6VMJ Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Y 26–253（228 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1 M sodium citrate	分辨率 2.95 Å R-free 0.265
6VMJ Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 26–253（228 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1 M sodium citrate	分辨率 2.95 Å R-free 0.265
6VMJ Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 W 26–253（228 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1 M sodium citrate	分辨率 2.95 Å R-free 0.265
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 W 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 d 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 g 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 j 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 m 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 p 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 s 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 v 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 N 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 T 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 a 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
8D95 Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	QIE N-(6-bromopyridin-2-yl)-1-[(3-cyanophenyl)acetyl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；300 K；PEG 6k	分辨率 2.17 Å R-free 0.263
8DEA Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	R7X 1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；peg4k 25% , 0.1M MES 5.8 buffer	分辨率 2.21 Å R-free 0.300
8DEA Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–253（228 aa）	未记录	R7X 1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；peg4k 25% , 0.1M MES 5.8 buffer	分辨率 2.21 Å R-free 0.300
8DEA Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 26–253（228 aa）	未记录	R7X 1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；peg4k 25% , 0.1M MES 5.8 buffer	分辨率 2.21 Å R-free 0.300
8DEA Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 26–253（228 aa）	未记录	R7X 1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；peg4k 25% , 0.1M MES 5.8 buffer	分辨率 2.21 Å R-free 0.300
8DG6 Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	S7X 1-{2-[(2S)-2-{[(3-chloro-2-fluorophenyl)methyl]carbamoyl}pyrrolidin-1-yl]-2-oxoethyl}-1H-indazole-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；300 K；peg4k 20-30%	分辨率 1.99 Å R-free 0.251

共 39 个其他 PDB 条目、93 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CFAD_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–252； UniProt 2–253 作者链 B； PDB构建体 1–252； UniProt 2–253 作者链 C； PDB构建体 1–252； UniProt 2–253 作者链 D； PDB构建体 1–252； UniProt 2–253 作者链 E； PDB构建体 1–252； UniProt 2–253 作者链 F； PDB构建体 1–252； UniProt 2–253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6qmr
沉积日期 deposition_date	2019-02-08
结构标题 title	Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-2-(2-((3'-(1-amino-2-hydroxyethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy)phenyl)acetic acid
关键词 keywords	Complement factor D, inhibitor, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.67 Å
零角强度 I(0) i0	366399000.00
分子量 molecular_weight	148580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	183900 Å³
包络体积 envelope_volume	234440 Å³
水化壳体积 shell_volume	55922 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.9 Å
壳层 Rg shell_rg	41.94 Å
包络 Rg envelope_rg	33.28 Å
形状 Rg shape_rg	33.66 Å
总 Rg total_rg	34.25 Å
总原子数 total_atoms	10434
残基数 n_residues	1325
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.8 Å
Rg (实空间) rg_real	34.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	366400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9004
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	47.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.042
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.509
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	97580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.918

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Complement factor D
分子量 formula_weight	27097.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.46
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	10940

HSWERLAVLVLLGAAACAAPPRGRILGGREAEAHARPYMASVQLNGAHLCGGVLVAEQWVLSAAHCLEDAADGKVQVLLGAHSLSQPEPSKRLYDVLRAVPHPDSQPDTIDHDLLLLQLSEKATLGPAVRPLPWQRVDRDVAPGTLCDVAGWGIVNHAGRRPDSLQHVLLPVLDRATCNRRTHHDGAITERLMCAESNRRDSCKGDSGGPLVCGGVLEGVVTSGSRVCGNRKKPGIYTRVASYAAWIDSVLASA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid
分子量 formula_weight	377.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	320

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	6qmrA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6qmrA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6qmrB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6qmrB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6qmrC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6qmrC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6qmrD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6qmrD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6qmrE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6qmrE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6qmrF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6qmrF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	66.151 Å
晶胞边长 b length_b	66.613 Å
晶胞边长 c length_c	76.377 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	83.69 °
晶胞夹角 β angle_beta	64.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	74.65 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	49.230 Å
R 因子 r_factor	0.2216
R_work r_work	0.2198
R_free r_free	0.2555

fit	/app/data/saxs_computation/qm/6qmr/6qmr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qm/6qmr/6qmr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qm/6qmr/6qmr.dat