6qw3

Calcium-bound gelsolin domain 2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 53.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gelsolin

Homo sapiens

UniProt P06396

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 178–293 未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;298 K;36% PEG5000 MME, 0.1M Sodium Acetate 分辨率 1.30 Å R-free 0.174

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 60 个其他 PDB 条目、94 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GELS_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–119; UniProt 178–293

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6qw3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6qw3
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6qw3
沉积日期 deposition_date2019-03-05
结构标题 titleCalcium-bound gelsolin domain 2
关键词 keywordsamyloidosis, gelsolin, actin-binding, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.97
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.67
零角强度 I(0) i03400590.00
分子量 molecular_weight12128.0 kDa
排除体积 excluded_volume14849 ų
包络体积 envelope_volume17339 ų
水化壳体积 shell_volume11000 ų
包络直径 envelope_diameter52.5
壳层 Rg shell_rg19.30
包络 Rg envelope_rg14.31
形状 Rg shape_rg13.66
总 Rg total_rg14.87
总原子数 total_atoms851
残基数 n_residues110
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax53.5
Rg (实空间) rg_real14.94
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real3.4010e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6390e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.94
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3401000.0000
解质量估计 total_estimate0.8449
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.6
偏度 Skewness skewness0.322
峰度 Kurtosis kurtosis-0.185
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha912200.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.695; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.927; Smooth: 0.970

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6qw3a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.109 — Gelsolin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.109.1 — Actin depolymerizing proteins
家族 Family familyd.109.1.1 — Gelsolin-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)