SAXSdb — 6r2s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Duffy receptor

Plasmodium vivax (strain Salvador I)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 211–508	未记录	Antibody DB9 light chain × 1 Antibody DB9 heavy chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；45 % v/v polypropylene glycol 400, 10% v/v ethanol	分辨率 3.04 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6R2S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3RRC Crystal Structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein 提交 2011-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 211–525（315 aa）片段：Region II (UNP residues 211-525) 链 B 211–525（315 aa）片段：Region II (UNP residues 211-525)	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；290 K；0.1 M ammonium phosphate, 23% polyethylene glycol 3350, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.95 Å R-free 0.241
4NUU Heterotrimer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 211–525（315 aa）片段：unp residues 211-525	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4	分辨率 1.95 Å R-free 0.202
4NUU Heterotrimer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 211–525（315 aa）片段：unp residues 211-525	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4	分辨率 1.95 Å R-free 0.202
4NUV Heterotetramer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 211–525（315 aa）片段：unp residues 211-525 链 B 211–525（315 aa）片段：unp residues 211-525	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4	分辨率 2.60 Å R-free 0.233
4NUV Heterotetramer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 211–525（315 aa）片段：unp residues 211-525	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4	分辨率 2.60 Å R-free 0.233
4NUV Heterotetramer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 211–525（315 aa）片段：unp residues 211-525	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4	分辨率 2.60 Å R-free 0.233
4YFS Structure of the synthetic Duffy Binding Protein (DBP) antigen DEKnull relevant for malaria vaccine design 提交 2015-02-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 198–521（324 aa）片段：UNP RESIDUES 198-521	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M di-sodium tartrate, 20% PEG 3350, and microseeded into 0.2 M lithium chloride, 20% PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.259
5F3J Crystal structure of DBP in complex with inhibitory monoclonal antibody 2D10 提交 2015-12-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 211–525（315 aa）片段：UNP residues 211-525	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；1% w/v tryptone, 50 mM HEPES sodium salt pH 7.0, 12% w/v PEG 3,350	分辨率 4.00 Å R-free 0.300
5F3J Crystal structure of DBP in complex with inhibitory monoclonal antibody 2D10 提交 2015-12-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 211–525（315 aa）片段：UNP residues 211-525	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；1% w/v tryptone, 50 mM HEPES sodium salt pH 7.0, 12% w/v PEG 3,350	分辨率 4.00 Å R-free 0.300
9EZE Structure of subdomain 3 of the Plasmodium vivx Duffy binding protein (PvDBP) bound to human antibody DB9 提交 2024-04-11	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 211–508（298 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate pH 4.0, 15% PEG 4000	分辨率 1.55 Å R-free 0.223
9EZE Structure of subdomain 3 of the Plasmodium vivx Duffy binding protein (PvDBP) bound to human antibody DB9 提交 2024-04-11	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 211–508（298 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate pH 4.0, 15% PEG 4000	分辨率 1.55 Å R-free 0.223

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PVDR_PLAVS
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–300； UniProt 211–508

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6r2s
沉积日期 deposition_date	2019-03-18
结构标题 title	The structure of Plasmodium vivax Duffy binding protein (PvDBP) bound to human antibody DB9
关键词 keywords	Plasmodium vivax, Invasion, Broadly-neutralising human monoclonal antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.77 Å
零角强度 I(0) i0	106172000.00
分子量 molecular_weight	81760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102130 Å³
包络体积 envelope_volume	134070 Å³
水化壳体积 shell_volume	34392 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.4 Å
壳层 Rg shell_rg	38.88 Å
包络 Rg envelope_rg	33.60 Å
形状 Rg shape_rg	33.74 Å
总 Rg total_rg	34.29 Å
总原子数 total_atoms	5752
残基数 n_residues	730
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.4 Å
Rg (实空间) rg_real	34.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	106200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8660
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.423
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.420
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15990000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.815; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.876; Smooth: 0.934

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Antibody DB9 light chain
分子量 formula_weight	25440.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5752

MGWSCIILFLVATATGVHGDIVMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISSWLAWYQQRPGKAPRLLIYKASSLLSGVPSRFGGSGSGTDFTLTISSLQPDDFATYHCQHYNTYPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Antibody DB9 heavy chain
分子量 formula_weight	29428.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

HPLCLSLHRCPLPGPTAPRFYRLNSTMGWSCIILFLVATATGVHSEVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSVSSSTYYWGWVRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDGTGALDLWGRGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPDPST

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Duffy receptor
分子量 formula_weight	35695.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SGNTVMKNCNYKRKRRERDWDCNTKKDVCIPDRRYQLCMKELTNLVNNTDTNFHRDITFRKLYLKRKLIYDAAVEGDLLLKLNNYRYNKDFCKDIRWSLGDFGDIIMGTDMEGIGYSKVVENNLRSIFGTDEKAQQRRKQWWNESKAQIWTAMMYSVKKRLKGNFIWICKLNVAVNIEPQIYRWIREWGRDYVSELPTEVQKLKEKCDGKINYTDKKVCKVPPCQNACKSYDQWITRKKNQWDVLSNKFISVKNAEKVQTAGIVTPYDILKQELDEFNEVAFENEINKRDGAYIELCVCS

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium vivax (strain Salvador I)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	126793
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6r2sa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6r2sa2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d6r2sc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.264 — Duffy binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.264.1 — Duffy binding domain-like
家族 Family family	a.264.1.1 — Duffy binding domain

结构域编号 domain_id	d6r2sc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	6r2sA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6r2sA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6r2sB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6r2sC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Duffy-antigen binding domain

结构域编号 domain_id	6r2sC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	173.560 Å
晶胞边长 b length_b	173.560 Å
晶胞边长 c length_c	169.730 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.040 Å
最低分辨率 resolution_low	42.040 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2380

fit	/app/data/saxs_computation/r2/6r2s/6r2s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r2/6r2s/6r2s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r2/6r2s/6r2s.dat

The structure of Plasmodium vivax Duffy binding protein (PvDBP) bound to human antibody DB9

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Duffy receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)