6r5e

Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to 2F-ATP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 108.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA primase small subunit

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–407	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 JSQ 2-fluoro-ATP × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 1.85 Å R-free 0.206
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–407	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 JSQ 2-fluoro-ATP × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 1.85 Å R-free 0.206

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6R5E	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4BPU Crystal structure of human primase in heterodimeric form, comprising PriS and truncated PriL lacking the C-terminal Fe-S domain. 提交 2013-05-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–420（420 aa）	突变：YES	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL	分辨率 2.70 Å R-free 0.245
4BPU Crystal structure of human primase in heterodimeric form, comprising PriS and truncated PriL lacking the C-terminal Fe-S domain. 提交 2013-05-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–420（420 aa）	突变：YES	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL	分辨率 2.70 Å R-free 0.245
4BPW Crystal structure of human primase bound to UTP 提交 2013-05-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–420（420 aa）片段：PRIS	突变：YES	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4-BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL.	分辨率 3.00 Å R-free 0.253
4BPW Crystal structure of human primase bound to UTP 提交 2013-05-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–420（420 aa）片段：PRIS	突变：YES	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4-BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL.	分辨率 3.00 Å R-free 0.253
4BPX Crystal structure of human primase in complex with the primase- binding motif of DNA polymerase alpha 提交 2013-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–420（420 aa）	突变：YES	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL.	分辨率 3.40 Å R-free 0.267
4BPX Crystal structure of human primase in complex with the primase- binding motif of DNA polymerase alpha 提交 2013-05-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–420（420 aa）	突变：YES	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL.	分辨率 3.40 Å R-free 0.267
4LIK Crystal structure of the catalytic subunit of human primase 提交 2013-07-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–408（408 aa）片段：Catalytic subunit p48, UNP residues 1-390 (delta 360-379)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CIT CITRIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；200 mM Sodium Citrate and 20% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.70 Å R-free 0.198
4LIL Crystal structure of the catalytic subunit of human primase bound to UTP and Mn 提交 2013-07-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–408（408 aa）片段：Catalytic subunit p48, UNP residues 1-390 (delta 360-379)	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；0.2M K/Na Tartrate and 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.60 Å R-free 0.248
4MHQ Crystal structure of human primase catalytic subunit 提交 2013-08-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–420（420 aa）片段：Full length	未记录	ZN ZINC ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；294 K；0.1M Na-acetate, 0.2M Tri-Na-citrate, 20% PEG3350, 0.1M Na-acetate , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.233
4RR2 Crystal structure of human primase 提交 2014-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–420（420 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；50 mM Tris-HCl pH 8.5, 7.5% v/v ethanol and 2 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.65 Å R-free 0.271
4RR2 Crystal structure of human primase 提交 2014-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–420（420 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；50 mM Tris-HCl pH 8.5, 7.5% v/v ethanol and 2 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.65 Å R-free 0.271
5EXR Crystal structure of human primosome 提交 2015-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–420（420 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.2 M lithium sulphate, 50 mM TRIS HCl pH 8.5, 2 mM TCEP pH 7.5, 11.2% w/v PEG 4,000, 3% v/v ethanol, 0.5% v/v polypropylene glycol P400 and 0.2 mM EDTA	分辨率 3.60 Å R-free 0.326
5EXR Crystal structure of human primosome 提交 2015-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–420（420 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.2 M lithium sulphate, 50 mM TRIS HCl pH 8.5, 2 mM TCEP pH 7.5, 11.2% w/v PEG 4,000, 3% v/v ethanol, 0.5% v/v polypropylene glycol P400 and 0.2 mM EDTA	分辨率 3.60 Å R-free 0.326
6R4S Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to ATP 提交 2019-03-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 2.75 Å R-free 0.269
6R4S Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to ATP 提交 2019-03-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 2.75 Å R-free 0.269
6R4T Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to vidarabine triphosphate 提交 2019-03-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 HEJ 9-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}-9H-purin-6-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 2.35 Å R-free 0.239
6R4T Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to vidarabine triphosphate 提交 2019-03-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 HEJ 9-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}-9H-purin-6-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 2.35 Å R-free 0.239
6R4U Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to fludarabine triphosphate 提交 2019-03-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 HFD 2-fluoro-9-{5-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}-9H-purin-6-a mine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.223
6R4U Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to fludarabine triphosphate 提交 2019-03-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 HFD 2-fluoro-9-{5-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}-9H-purin-6-a mine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.223
6R5D Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to dATP 提交 2019-03-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 1.95 Å R-free 0.214
6R5D Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to dATP 提交 2019-03-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 1.95 Å R-free 0.214
6RB4 Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase 提交 2019-04-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–407（407 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100mM Bis Tris propane pH 6.5, 24 % PEG 3350, 150 mM NaF	分辨率 1.50 Å R-free 0.215
7OPL CryoEM structure of DNA Polymerase alpha - primase bound to SARS CoV nsp1 提交 2021-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–420（420 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.12 Å
7U5C Cryo-EM structure of human CST bound to DNA polymerase alpha-primase in a recruitment state 提交 2022-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 A 1–420（420 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
8B9D Human replisome bound by Pol Alpha 提交 2022-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 O 1–420（420 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8D0B Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template 提交 2022-05-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 D 2–420（419 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is only added just before sample vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
8D0K Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template - PRIM2C advanced PIC 提交 2022-05-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 D 2–420（419 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is only added just before sample vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.27 Å
8D9D Human DNA polymerase-alpha/primase elongation complex II bound to primer/template 提交 2022-06-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–420（420 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before added to the sample at a final concentration of 4-8 mM immediately before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.59 Å
8QJ7 Cryo-EM structure of human DNA polymerase alpha-primase in pre-initiation stage 1 提交 2023-09-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–420（420 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
8VY3 Human DNA polymerase alpha/primase - AavLEA1 (1:40 molar ratio) 提交 2024-02-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–412（412 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å
9C8V Human DNA polymerase alpha/primase - CHAPSO (4 mM) 提交 2024-06-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–412（412 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å

共 22 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–410； UniProt 1–407 作者链 E； PDB构建体 4–410； UniProt 1–407

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6r5e
沉积日期 deposition_date	2019-03-24
结构标题 title	Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to 2F-ATP
关键词 keywords	Primase, DNA-dependent RNA polymerase, ATP, priming, replication; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.25 Å
零角强度 I(0) i0	134003000.00
分子量 molecular_weight	92967.0 kDa
排除体积 excluded_volume	116630 Å³
包络体积 envelope_volume	144760 Å³
水化壳体积 shell_volume	38535 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.1 Å
壳层 Rg shell_rg	38.15 Å
包络 Rg envelope_rg	31.45 Å
形状 Rg shape_rg	31.26 Å
总 Rg total_rg	31.78 Å
总原子数 total_atoms	12992
残基数 n_residues	765
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.8 Å
Rg (实空间) rg_real	31.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	134000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8802
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.274
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.495
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	57350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.844; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.926

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA primase small subunit
分子量 formula_weight	48720.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	13592

GTSMETFDPTELPELLKLYYRRLFPYSQYYRWLNYGGVIKNYFQHREFSFTLKDDIYIRYQSFNNQSDLEKEMQKMNPYKIDIGAVYSHRPNQHNTVKLGAFQAQEKELVFDIDMTDYDDVRRCCSSADICPKCWTLMTMAIRIIDRALKEDFGFKHRLWVYSGRRGVHCWVCDESVRKLSSAVRSGIVEYLSLVKGGQDVKKKVHLSEKIHPFIRKSINIIKKYFEEYALVNQDILENKESWDKILALVPETIHDELQQSFQKSHNSLQRWEHLKKVASRYQNNIKNDKYGPWLEWEIMLQYCFPRLDINVSKGINHLLKSPFSVHPKTGRISVPIDLQKVDQFDPFTVPTISFICRELDAISTNEEEKEENEAESDVKHRTRDYKKTSLAPYVKVFEHFLENLDKSRK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-fluoro-ATP
分子量 formula_weight	525.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	364

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6r5eA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	920 — DNA primase, PRIM domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, PRIM domain

结构域编号 domain_id	6r5eE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	920 — DNA primase, PRIM domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, PRIM domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	110.500 Å
晶胞边长 b length_b	117.180 Å
晶胞边长 c length_c	152.090 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	46.410 Å
R 因子 r_factor	0.1797
R_work r_work	0.1784
R_free r_free	0.2057

fit	/app/data/saxs_computation/r5/6r5e/6r5e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r5/6r5e/6r5e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r5/6r5e/6r5e.dat