6ro0

CRYSTAL STRUCTURE OF GENETICALLY DETOXIFIED PERTUSSIS TOXIN GDPT.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pertussis toxin subunit 1

Bordetella pertussis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Islet-activating protein S2 × 2 （A0A0E8DFW5） Islet-activating protein S3 × 2 （Q546I1） Islet-activating protein S4 × 4 （C0MPK8） Pertussis toxin subunit 5 × 2 （C0MPK9） GLYCEROL × 9 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	T1SR96_BORPT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 G； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269

Islet-activating protein S2

Bordetella pertussis

UniProt A0A0E8DFW5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Pertussis toxin subunit 1 × 2 （T1SR96） Islet-activating protein S3 × 2 （Q546I1） Islet-activating protein S4 × 4 （C0MPK8） Pertussis toxin subunit 5 × 2 （C0MPK9） GLYCEROL × 9 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0E8DFW5_BORPT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226 作者链 H； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226

Islet-activating protein S3

Bordetella pertussis

UniProt Q546I1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Pertussis toxin subunit 1 × 2 （T1SR96） Islet-activating protein S2 × 2 （A0A0E8DFW5） Islet-activating protein S4 × 4 （C0MPK8） Pertussis toxin subunit 5 × 2 （C0MPK9） GLYCEROL × 9 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q546I1_BORPT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–227； UniProt 1–227 作者链 I； PDB构建体 1–227； UniProt 1–227

Islet-activating protein S4

Bordetella pertussis

UniProt C0MPK8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Pertussis toxin subunit 1 × 2 （T1SR96） Islet-activating protein S2 × 2 （A0A0E8DFW5） Islet-activating protein S3 × 2 （Q546I1） Pertussis toxin subunit 5 × 2 （C0MPK9） GLYCEROL × 9 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C0MPK8_BORPT
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 E； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 J； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 K； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152

Pertussis toxin subunit 5

Bordetella pertussis

UniProt C0MPK9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Pertussis toxin subunit 1 × 2 （T1SR96） Islet-activating protein S2 × 2 （A0A0E8DFW5） Islet-activating protein S3 × 2 （Q546I1） Islet-activating protein S4 × 4 （C0MPK8） GLYCEROL × 9 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C0MPK9_BORPT
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133 作者链 L； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ro0
沉积日期 deposition_date	2019-05-10
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF GENETICALLY DETOXIFIED PERTUSSIS TOXIN GDPT.
关键词 keywords	TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6ro0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6ro0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6ro0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.07 Å
Rg（电子密度）	51.33 Å
总 Rg	51.15 Å
原子数	14632
残基数	1871
排除体积	259060 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6ro0__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pertussis toxin subunit 1
分子量 formula_weight	29905.1 kDa
突变 mutation	R9K, E129G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G
原子数 atom_count	15156

MRCTRAIRQTARTGWLTWLAILAVTAPVTSPAWADDPPATVYKYDSRPPEDVFQNGFTAWGNNDNVLEHLTGRSCQVGSSNSAFVSTSSSRRYTEVYLEHRMQEAVEAERAGRGTGHFIGYIYEVRADNNFYGAASSYFEYVDTYGDNAGRILAGALATYQSGYLAHRRIPPENIRRVTRVYHNGITGETTTTEYSNARYVSQQTRANPNPYTSRRSVASIVGTLVRMAPVVGACMARQAESSEAMAAWSERAGEAMVLVYYESIAYSF

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Islet-activating protein S2
分子量 formula_weight	24856.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H

MPIDRKTLCHLLSVLPLALLGSHVARASTPGIVIPPQEQITQHGSPYGRCANKTRALTVAELRGSGDLQEYLRHVTRGWSIFALYDGTYLGGEYGGVIKDGTPGGAFDLKTTFCIMTTRNTGQPATDHYYSNVTATRLLSSTNSRLCAVFVRSGQPVIGACTSPYDGKYWSMYSRLRKMLYLIYVAGISVRVHVSKEEQYYDYEDATFETYALTGISICNPGSSLC

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Islet-activating protein S3
分子量 formula_weight	25012.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,I

MLINNKKLLHHILPILVLALLGMRTAQAVAPGIVIPPKALFTQQGGAYGRCPNGTRALTVAELRGNAELQTYLRQITPGWSIYGLYDGTYLGQAYGGIIKDAPPGAGFIYRETFCITTIYKTGQPAADHYYSKVTATRLLASTNSRLCAVFVRDGQSVIGACASPYEGRYRDMYDALRRLLYMIYMSGLAVRVHVSKEEQYYDYEDATFQTYALTGISLCNPAASIC

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Islet-activating protein S4
分子量 formula_weight	16566.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,J,K

MLRRFPTRTTAPGQGGARRSRVRALAWLLASGAMTHLSPALADVPYVLVKTNMVVTSVAMKPYEVTPTRMLVCGIAAKLGAAASSPDAHVPFCFGKDLKRPGSSPMEVMLRAVFMQQRPLRMFLGPKQLTFEGKPALELIRMVECSGKQDCP

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Pertussis toxin subunit 5
分子量 formula_weight	14513.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,L

MQRQAGLPLKANPMHTIASILLSVLGIYSPADVAGLPTHLYKNFTVQELALKLKGKNQEFCLTAFMSGRSLVRACLSDAGHEHDTWFDTMLGFAISAYALKSRIALTVEDSPYPGTPGDLLELQICPLNGYCE

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	524

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d6ro0a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.166 — ADP-ribosylation
超家族 Superfamily superfamily	d.166.1 — ADP-ribosylation
家族 Family family	d.166.1.1 — ADP-ribosylating toxins

结构域编号 domain_id	d6ro0b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.2 — Aerolysin/Pertussis toxin (APT) domain

结构域编号 domain_id	d6ro0b2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d6ro0c1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6ro0c2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d6ro0d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d6ro0e_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d6ro0f_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d6ro0g_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.166 — ADP-ribosylation
超家族 Superfamily superfamily	d.166.1 — ADP-ribosylation
家族 Family family	d.166.1.1 — ADP-ribosylating toxins

结构域编号 domain_id	d6ro0h1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.2 — Aerolysin/Pertussis toxin (APT) domain

结构域编号 domain_id	d6ro0h2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d6ro0i1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6ro0i2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d6ro0j_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d6ro0k_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d6ro0l_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	6ro0A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	210 — Heat-Labile Enterotoxin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Heat-Labile Enterotoxin, subunit A

结构域编号 domain_id	6ro0B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	40 — Pertussis Toxin; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	6ro0B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	6ro0C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	40 — Pertussis Toxin; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	6ro0C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	6ro0D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	6ro0E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	6ro0F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	6ro0G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	210 — Heat-Labile Enterotoxin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Heat-Labile Enterotoxin, subunit A

结构域编号 domain_id	6ro0H01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	40 — Pertussis Toxin; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	6ro0H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	6ro0I01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	40 — Pertussis Toxin; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	6ro0I02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	6ro0J00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	6ro0K00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	6ro0L00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

▶

晶胞边长 a length_a	94.464 Å
晶胞边长 b length_b	160.798 Å
晶胞边长 c length_c	194.829 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.130 Å
最低分辨率 resolution_low	46.620 Å
R 因子 r_factor	0.2410
R_work r_work	0.2400
R_free r_free	0.2600

CRYSTAL STRUCTURE OF GENETICALLY DETOXIFIED PERTUSSIS TOXIN GDPT.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pertussis toxin subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Islet-activating protein S2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Islet-activating protein S3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Islet-activating protein S4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Pertussis toxin subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ro0__assembly_1__model_1

6ro0__assembly_1__model_1 | I(q)

6ro0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)