6rqf

3.6 Angstrom cryo-EM structure of the dimeric cytochrome b6f complex from Spinacia oleracea with natively bound thylakoid lipids and plastoquinone molecules

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b6

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P00166） Cytochrome f × 2 （P16013） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 （P08980） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q9M3L0） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P80883） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P69461） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61045） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 4 CHLOROPHYLL A × 2 BETA-CAROTENE × 2 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 3 (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CYB6_SPIOL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215 作者链 I； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215

Cytochrome b6-f complex subunit 4

物种未注明

UniProt P00166

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P00165） Cytochrome f × 2 （P16013） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 （P08980） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q9M3L0） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P80883） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P69461） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61045） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 4 CHLOROPHYLL A × 2 BETA-CAROTENE × 2 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 3 (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PETD_SPIOL
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 J； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160

Cytochrome f

物种未注明

UniProt P16013

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P00165） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P00166） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 （P08980） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q9M3L0） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P80883） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P69461） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61045） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 4 CHLOROPHYLL A × 2 BETA-CAROTENE × 2 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 3 (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CYF_SPIOL
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–285； UniProt 36–320 作者链 K； PDB构建体 1–285； UniProt 36–320

Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic

物种未注明

UniProt P08980

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P00165） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P00166） Cytochrome f × 2 （P16013） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q9M3L0） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P80883） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P69461） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61045） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 4 CHLOROPHYLL A × 2 BETA-CAROTENE × 2 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 3 (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	UCRIA_SPIOL
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–179； UniProt 52–230 作者链 L； PDB构建体 1–179； UniProt 52–230

Cytochrome b6-f complex subunit 6

物种未注明

UniProt Q9M3L0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P00165） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P00166） Cytochrome f × 2 （P16013） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 （P08980） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P80883） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P69461） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61045） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 4 CHLOROPHYLL A × 2 BETA-CAROTENE × 2 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 3 (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PETL_SPIOL
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31 作者链 M； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31

Cytochrome b6-f complex subunit 7

物种未注明

UniProt P80883

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P00165） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P00166） Cytochrome f × 2 （P16013） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 （P08980） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q9M3L0） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P69461） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61045） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 4 CHLOROPHYLL A × 2 BETA-CAROTENE × 2 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 3 (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PETM_SPIOL
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–36； UniProt 1–36 作者链 N； PDB构建体 1–36； UniProt 1–36

Cytochrome b6-f complex subunit 5

物种未注明

UniProt P69461

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P00165） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P00166） Cytochrome f × 2 （P16013） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 （P08980） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q9M3L0） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P80883） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61045） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 4 CHLOROPHYLL A × 2 BETA-CAROTENE × 2 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 3 (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PETG_SPIOL
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–37； UniProt 1–37 作者链 O； PDB构建体 1–37； UniProt 1–37

Cytochrome b6-f complex subunit 8

物种未注明

UniProt P61045

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P00165） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P00166） Cytochrome f × 2 （P16013） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 （P08980） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q9M3L0） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P80883） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P69461） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 4 CHLOROPHYLL A × 2 BETA-CAROTENE × 2 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 3 (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PETN_SPIOL
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–29； UniProt 1–29 作者链 P； PDB构建体 1–29； UniProt 1–29

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6rqf
沉积日期 deposition_date	2019-05-15
结构标题 title	3.6 Angstrom cryo-EM structure of the dimeric cytochrome b6f complex from Spinacia oleracea with natively bound thylakoid lipids and plastoquinone molecules
关键词 keywords	Plastoquinol-plastocyanin oxido-reductase Cytochrome b6f Photosynthesis Electron transport, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6rqf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6rqf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6rqf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.40 Å
Rg（电子密度）	41.92 Å
总 Rg	42.36 Å
原子数	16359
残基数	1944
排除体积	301980 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6rqf__assembly_1__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b6
分子量 formula_weight	24186.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,A
原子数 atom_count	16359

MSKVYDWFEERLEIQAIADDITSKYVPPHVNIFYCLGGITLTCFLVQVATGFAMTFYYRPTVTDAFASVQYIMTEVNFGWLIRSVHRWSASMMVLMMILHVFRVYLTGGFKKPRELTWVTGVVLGVLTASFGVTGYSLPWDQIGYWAVKIVTGVPDAIPVIGSPLVELLRGSASVGQSTLTRFYSLHTFVLPLLTAVFMLMHFLMIRKQGISGPL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 4
分子量 formula_weight	17456.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,B

MGVTKKPDLNDPVLRAKLAKGMGHNYYGEPAWPNDLLYIFPVVILGTIACNVGLAVLEPSMIGEPADPFATPLEILPEWYFFPVFQILRTVPNKLLGVLLMASVPAGLLTVPFLENVNKFQNPFRRPVATTVFLVGTVVALWLGIGATLPIDKSLTLGLF

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome f
分子量 formula_weight	31357.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,C

YPIFAQQGYENPREATGRIVCANCHLANKPVDIEVPQAVLPDTVFEAVVRIPYDMQLKQVLANGKKGGLNVGAVLILPEGFELAPPDRISPEMKEKMGNLSFQSYRPNKQNILVIGPVPGQKYSEITFPILAPDPATKKDVHFLKYPIYVGGNRGRGQIYPDGSKSNNTVYNSTATGIVKKIVRKEKGGYEINIADASDGREVVDIIPRGPELLVSEGESIKLDQPLTSNPNVGGFGQGDAEVVLQDPLRIQGLLFFFASVILAQIFLVLKKKQFEKVQLSEMNF

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic
分子量 formula_weight	18956.5 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,D

ATSIPADNVPDMQKRETLNLLLLGALSLPTGYMLLPYASFFVPPGGGAGTGGTIAKDALGNDVIAAEWLKTHAPGDRTLTQGLKGDPTYLVVESDKTLATFGINAVCTHLGCVVPFNAAENKFICPCHGSQYNNQGRVVRGPAPLSLALAHCDVDDGKVVFVPWTETDFRTGEAPWWSA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 6
分子量 formula_weight	3452.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,E

MFTLTSYFGFLLAALTITSALFIGLNKIRLI

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 7
分子量 formula_weight	3774.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,F

NAAAEIFRIAAVMNGLTLVGVAIGFVLLRIEATVEE

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 5
分子量 formula_weight	4172.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,G

MIEVFLFGIVLGLIPITLAGLFVTAYLQYRRGDQLDL

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 8
分子量 formula_weight	3170.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,H

MDIVSLAWAALMVVFTFSLSLVVWGRSGL

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ;
分子量 formula_weight	749.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	(4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
分子量 formula_weight	763.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	6rqfA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	810 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C

结构域编号 domain_id	6rqfB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	6rqfB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	980 — plastocyanin oxidoreductase

结构域编号 domain_id	6rqfC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 — Cytochrome f large domain

结构域编号 domain_id	6rqfC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	6rqfI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	810 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C

结构域编号 domain_id	6rqfJ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	6rqfJ02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	980 — plastocyanin oxidoreductase

结构域编号 domain_id	6rqfK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 — Cytochrome f large domain

结构域编号 domain_id	6rqfK02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.58 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	108560

3.6 Angstrom cryo-EM structure of the dimeric cytochrome b6f complex from Spinacia oleracea with natively bound thylakoid lipids and plastoquinone molecules

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome f

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex subunit 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex subunit 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex subunit 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6rqf__assembly_1__model_1

6rqf__assembly_1__model_1 | I(q)

6rqf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer