9es7

Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with water molecules at 1.94 A resolution

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 141.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9es7
沉积日期 deposition_date	2024-03-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with water molecules at 1.94 A resolution
关键词 keywords	;b6f complex, photosynthesis, membrane protein, electron transport, proton transport, quinone catalysis, water channels, OXIDOREDUCTASE ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.26 Å
零角强度 I(0) i0	618089000.00
分子量 molecular_weight	227900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	294570 Å³
包络体积 envelope_volume	407910 Å³
水化壳体积 shell_volume	76967 Å³
包络直径 envelope_diameter	150.0 Å
壳层 Rg shell_rg	49.81 Å
包络 Rg envelope_rg	42.94 Å
形状 Rg shape_rg	43.25 Å
总 Rg total_rg	43.65 Å
总原子数 total_atoms	16068
残基数 n_residues	1950
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	141.2 Å
Rg (实空间) rg_real	44.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.9120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	618200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8949
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.184
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.490
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	68070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.830

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (18)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b6
分子量 formula_weight	24186.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,I
原子数 atom_count	16413

MSKVYDWFEERLEIQAIADDITSKYVPPHVNIFYCLGGITLTCFLVQVATGFAMTFYYRPTVTDAFASVQYIMTEVNFGWLIRSVHRWSASMMVLMMILHVFRVYLTGGFKKPRELTWVTGVVLGVLTASFGVTGYSLPWDQIGYWAVKIVTGVPDAIPVIGSPLVELLRGSASVGQSTLTRFYSLHTFVLPLLTAVFMLMHFLMIRKQGISGPL

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 4
分子量 formula_weight	17456.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,J

MGVTKKPDLNDPVLRAKLAKGMGHNYYGEPAWPNDLLYIFPVVILGTIACNVGLAVLEPSMIGEPADPFATPLEILPEWYFFPVFQILRTVPNKLLGVLLMASVPAGLLTVPFLENVNKFQNPFRRPVATTVFLVGTVVALWLGIGATLPIDKSLTLGLF

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome f
分子量 formula_weight	35355.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,K

MQTINTFSWIKEQITRSISISLILYIITRSSIANAYPIFAQQGYENPREATGRIVCANCHLANKPVDIEVPQAVLPDTVFEAVVRIPYDMQLKQVLANGKKGGLNVGAVLILPEGFELAPPDRISPEMKEKMGNLSFQSYRPNKQNILVIGPVPGQKYSEITFPILAPDPATKKDVHFLKYPIYVGGNRGRGQIYPDGSKSNNTVYNSTATGIVKKIVRKEKGGYEINIADASDGREVVDIIPRGPELLVSEGESIKLDQPLTSNPNVGGFGQGDAEVVLQDPLRIQGLLFFFASVILAQIFLVLKKKQFEKVQLSEMNF

Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic
分子量 formula_weight	24347.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,L

MASFTLSSATPSQLCSSKNGMFAPSLALAKAGRVNVLISKERIRGMKLTCQATSIPADNVPDMQKRETLNLLLLGALSLPTGYMLLPYASFFVPPGGGAGTGGTIAKDALGNDVIAAEWLKTHAPGDRTLTQGLKGDPTYLVVESDKTLATFGINAVCTHLGCVVPFNAAENKFICPCHGSQYNNQGRVVRGPAPLSLALAHCDVDDGKVVFVPWTETDFRTGEAPWWSA

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 6
分子量 formula_weight	3452.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,M

MFTLTSYFGFLLAALTITSALFIGLNKIRLI

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 7
分子量 formula_weight	12953.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,N

MATAAASTTLSSAAVPAISGSRGQRKMNKVVYMSGVNSYGGLKANNAVLGLGQAVCTEQCFANVVSSLRSTATKKGRSGGGGGAGGGALTSTCNAAAEIFRIAAVMNGLTLVGVAIGFVLLRIEATVEEAE

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 5
分子量 formula_weight	4172.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,O

MIEVFLFGIVLGLIPITLAGLFVTAYLQYRRGDQLDL

Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 8
分子量 formula_weight	3170.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,P

MDIVSLAWAALMVVFTFSLSLVVWGRSGL

Entity 9 polymer

描述 description	Thylakoid soluble phosphoprotein
分子量 formula_weight	10608.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,R

MSSLPFVFGAAASSRVVTAAAAKGTAETKQEKSFVDWLLGKITKEDQFYETDPILRGGDVKSSGSTSGKKGGTTSGKKGTVSIPSKKKNGNGGVFGGLFAKKD

Entity 10 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 11 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 12 non-polymer

描述 description	UNDECYL-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	496.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 13 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 14 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 15 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 16 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 17 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 18 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	329

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.94 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1320078

fit	/app/data/saxs_computation/es/9es7/9es7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/es/9es7/9es7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/es/9es7/9es7.dat

Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with water molecules at 1.94 A resolution

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (18)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)